| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,303,039 | G→A | C410Y (TGC→TAC) | unknown → | Type III restriction‑modification system methylation subunit (EC 2.1.1.72) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,303,039 | 0 | G | A | 100.0% | 47.5 / NA | 18 | C410Y (TGC→TAC) | unknown | Type III restriction‑modification system methylation subunit (EC 2.1.1.72) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (14/4); total (14/4) | |||||||||||
ACTTTATTGATATTTTTTCTTGGCAAAAGACAACCACACCACCTAATTTATCTAAACAAACAAAACAATCTTGCGAATACATTTTAGCTTATCAAAGTGAGAATAGAATATCTCTTACTGGTATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTAAATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTGCGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAAC > 1/1302793‑1303192 | aCTTTATTGATATTTTTTCTTGGCAAAAGACAACCACACCACCTAATTTATCTAAACAAACAAAACAATCTTGCGAATACATTTTAGCTTATCAAAGTGAGAATAGAATATCTCTTACTGGTATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACgg > 1:213946/1‑250 (MQ=255) tAATTTATCTAAACAAACAAAACAATCTTGCGAATACATTTTAGCTTATCAAAGTGAGAATAGAATATCTCTTACTGGTATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTa > 1:33059/1‑251 (MQ=255) tATCTAAACAAACAAAACAATCTTGCGAATACATTTTAGCTTATCAAAGTGAGAATAGAATATCTCTTACTGGTATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGc > 1:83758/1‑203 (MQ=255) caaacaaaACAATCTTGCGAATACATTTTAGCTTATCAAAGTGAGAATAGAATATCTCTTACTGGTATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGcac < 1:245928/197‑1 (MQ=255) caaTCTTGCGAATACATTTTAGCTTATCAAAGTGAGAATAGAATATCTCTTACTGGTATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAAcc < 1:491940/251‑1 (MQ=255) aGTGAGAATAGAATATCTCTTACTGGTATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAg > 1:742613/1‑251 (MQ=255) gaataTCTCTTACTGGTATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACgg > 1:625393/1‑145 (MQ=255) ctctTACTGGTATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTagaaga > 1:859345/1‑172 (MQ=255) tATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATGATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATtcaatca < 1:442962/251‑1 (MQ=255) gagTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAgg > 1:749614/1‑248 (MQ=255) gTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGCTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAAc > 1:796758/1‑250 (MQ=255) caaTATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAat > 1:69099/1‑104 (MQ=255) caaTATAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTaaaa > 1:266782/1‑160 (MQ=255) atatAGGGGTTCTTACATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGt > 1:274843/1‑121 (MQ=255) tacaTTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTa > 1:753140/4‑155 (MQ=255) ttattaCTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAg < 1:235861/129‑1 (MQ=255) gCTGGTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTaa > 1:817327/1‑77 (MQ=255) ggTATGTACGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTattatt > 1:717418/1‑156 (MQ=255) | ACTTTATTGATATTTTTTCTTGGCAAAAGACAACCACACCACCTAATTTATCTAAACAAACAAAACAATCTTGCGAATACATTTTAGCTTATCAAAGTGAGAATAGAATATCTCTTACTGGTATTAGAAAAAACAGTAAGAGTTCAAATGGTTTAATGAATCAGACAAACAATATAGGGGTTCTTAAATTTCCTTCAGATATTATTACTACAAAATTACCAGATGGGATTTATAAGGCTGGTATGTGCGGCACATCAAGTTATAAAATTGAATTATTAGAAGATACCGAAGTTAAAAATAATAAGTTTATTAAACCTATTGTGTTAAAAGGAAAATTTAAATGGAGCCAAAAATATTTGGATGATTCAATCAAGAGTGGAGTAAAGGTTATTATTCAAAC > 1/1302793‑1303192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |