| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,238,508 | T→C | K113R (AAA→AGA) | unknown ← | Formate dehydrogenase formation protein FdhE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,238,508 | 0 | T | C | 98.8% | 240.3 / NA | 81 | K113R (AAA→AGA) | unknown | Formate dehydrogenase formation protein FdhE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (44/36); total (44/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCAGAGCTGCAAACAGGGCAGATGTGCAGGTTTTCGGTGCTTTCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCAAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTTTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAACGCGGATCCTGCGGAATCGGCATGGTTTCCAAGAGTTCCAGCTGCGCATCTGCGATAGCGGCGGCGAACAGCAAATAATTGGCGAGCGGGTGATCTTGCGCCAATTCTCTTAGACG > 1/1238263‑1238734 | gcgcAGAGCTGCAAACAGGGCAGATGTGCAGGTTTTCGGTGCTTTCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAAt > 1:286057/1‑251 (MQ=255) cgcAGAGCTGCAAACAGGGCAGATGTGCAGGTTTTCGGTGCTTTCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAAt < 1:808510/250‑1 (MQ=255) cgcAGAGCTGCAAACAGGGCAGATGTGCAGGTTTTCGGTGCTTTCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAAt < 1:505798/250‑1 (MQ=255) cgcAGAGCTGCAAACAGGGCAGATGTGCAGGTTTTCGGTGCTTTCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAAt < 1:520597/250‑1 (MQ=255) gagCTGCAAACAGGGCAGATGTGCAGGTTTTCGGTGCTTTCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCg > 1:553780/1‑250 (MQ=255) gCTGCAAACAGGGCAGATGTGCAGGTTTTCGGTGCTTTCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCa > 1:819718/1‑251 (MQ=255) cAAACAGGGCAGATGTGCAGGTTTTCGGTGCTTTCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAg < 1:769583/251‑1 (MQ=255) 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cTTTCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGAt < 1:419937/250‑1 (MQ=255) tCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCg < 1:386083/251‑1 (MQ=255) gCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCgg > 1:491701/1‑249 (MQ=255) 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ggACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATggg < 1:198452/217‑1 (MQ=255) tAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTAttt > 1:882809/1‑250 (MQ=255) aTTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTcc > 1:805247/1‑250 (MQ=255) 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(MQ=255) atatAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCgg > 1:130786/1‑251 (MQ=255) atatAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCgg > 1:304869/1‑251 (MQ=255) atatAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGGGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATcc > 1:857943/1‑205 (MQ=255) 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gccCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGAt < 1:144055/187‑1 (MQ=255) cccACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTaaa > 1:889326/1‑251 (MQ=255) cccACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTaaa < 1:697089/251‑1 (MQ=255) cacaCGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAAcg > 1:66274/1‑251 (MQ=255) cacGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCaataat < 1:871684/166‑1 (MQ=255) cacGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAAcgcg > 1:896671/1‑251 (MQ=255) cacGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAAcgcg > 1:17536/1‑251 (MQ=255) cacGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAAcgcg > 1:823842/1‑251 (MQ=255) aaCACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAACGCGGAt > 1:791042/1‑250 (MQ=255) acacCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAACGCGGATcc < 1:824103/251‑1 (MQ=255) 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ccAGCCATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAACGCGGATCCTGCGGAATCGGCATGGTTTCCAAGAGTTCCAGCTGCGCATCTGCGATAGCGGCGGCGAACAGCAAATAATTGGCGAGCGGGTGATCt < 1:458663/251‑1 (MQ=255) ggCCATTCGATGGTTGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAATGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCCTATTTCCCAATTGTTCGGc < 1:127302/136‑1 (MQ=255) cATTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAACGCGGATCCTGCGGAATCGGCATGGTTTCCAAGAGTTCCAGCTGCGCATCTGCGATAGCGGCGGCGAACAGCAAATAATTGGCGAGCGGGTGATCTTgcgc < 1:416828/251‑1 (MQ=255) aTTCGATGGTGGCGAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTCTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAACGCGGATCCTGCGGAATCGGCATGGTTTCCAAGAGTTCCAGCTGCGCATCTGCGATAGCGGCGGCGAACAGCAAATAATTGGCGAGCGGGTGATCTTgcgc < 1:439752/250‑1 (MQ=255) 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gTTTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGACAGAGAGTGCCTGTAAACGCGGATCCTGCGGCATCGGCATGGTTTCCAAGAGTTCCAGCTGCGCATCTGCGATAgc < 1:453098/172‑1 (MQ=255) | GCGCAGAGCTGCAAACAGGGCAGATGTGCAGGTTTTCGGTGCTTTCCTGTTTGGCGTTGTAGGGAATCTGTTGGACTAATTGCAACCAATATAAAGAAAGCGCCGCCCACACGAACACCGCTTTGTCGCTGGAAATCACCGCAAATTCCTGTGCTAAAACCTTATCGGCAAGATTTTCCAATTCGCTGTCTGCCGCTTTTTCCAGCCATTCGATGGTGGCAAGCGTTTGATCGTTGGCGGAAGGTTTTAATTTCGCCAAAAGTGCGGTCAATAATTCGCGCCAAATGGGATCCCGTTGCCGGCTTTTAACGTCTAAAGGCTTATTTCCCAATTGTTCGGCAGAGAGTGCCTGTAAACGCGGATCCTGCGGAATCGGCATGGTTTCCAAGAGTTCCAGCTGCGCATCTGCGATAGCGGCGGCGAACAGCAAATAATTGGCGAGCGGGTGATCTTGCGCCAATTCTCTTAGACG > 1/1238263‑1238734 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |