| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,219,121 | A→T | Q78L (CAA→CTA) | unknown → | Arginine pathway regulatory protein ArgR, repressor of arg regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,219,121 | 0 | A | T | 100.0% | 235.4 / NA | 81 | Q78L (CAA→CTA) | unknown | Arginine pathway regulatory protein ArgR, repressor of arg regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (49/32); total (49/32) | |||||||||||
AGACAAACCTATGTTGAATAAAAATCCGGACAATCTGGTCAAAGCATTTAAAACTTTATTACGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCAAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCAGGATTTATTCGAAAACGCCTTTTAATTCATCAACCA > 1/1218879‑1219367 | agaCAAACCTATGTTGAATAAAAATCCGGACAATCTGGTCAAAGCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACg < 1:844515/247‑1 (MQ=255)agaCAAACCTATGTTGAATAAAAATCCGGACAATCTGGTCAAAGCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCAt > 1:878204/1‑251 (MQ=255) aaaCCTATGTTGAATAAAAATCCGGACAATCTGGTCAAAGCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAag < 1:115094/251‑1 (MQ=255) aaCCTATGTTGAATAAAAATCCGGACAATCTGGTCAAAGCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAaga > 1:575379/1‑251 (MQ=255) aaTAAAAATCCGGACAATCTGGTCAAAGCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGc < 1:111567/250‑1 (MQ=255) aTCCGGACAATCTGGTCAAAGCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACAtt > 1:611585/1‑251 (MQ=255) ggACAATCTGGTCAAAGCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGAc > 1:784060/1‑250 (MQ=255) aTCTGGTCAAAGCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAAc < 1:373906/251‑1 (MQ=255) ggTCAAAGCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGt > 1:846742/1‑212 (MQ=255) ggTCAAAGCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCa > 1:446686/1‑251 (MQ=255) gCATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAAc > 1:773630/1‑203 (MQ=255) cATTTAAAACTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTaa < 1:409564/249‑1 (MQ=255) aaaCTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAag < 1:732152/205‑1 (MQ=255) aaaCTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGc < 1:123193/216‑1 (MQ=255) aCTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAAt < 1:588682/242‑1 (MQ=255) aCTTTATTATGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCg > 1:283961/1‑251 (MQ=255) ttattaTGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGaa > 1:423823/1‑250 (MQ=255) attaTGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACtt > 1:326801/1‑251 (MQ=255) gcgAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTcccc > 1:210739/1‑250 (MQ=255) gaaAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAag > 1:270507/1‑188 (MQ=255) gaaAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTg > 1:92573/1‑250 (MQ=255) cGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGc < 1:625617/251‑1 (MQ=255) gTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACgg > 1:585561/1‑208 (MQ=255) gTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCt < 1:484466/250‑1 (MQ=255) ttCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTg < 1:265703/250‑1 (MQ=255) caAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCGGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGc < 1:516279/244‑1 (MQ=255) cGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATcgcccg > 1:545523/1‑250 (MQ=255) gAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATcgcccgcc < 1:495002/250‑1 (MQ=255) aTTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAaga > 1:606822/1‑165 (MQ=255) ttttCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGc < 1:132243/250‑1 (MQ=255) tCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCAttt > 1:634916/1‑251 (MQ=255) aaTCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCg > 1:44227/1‑251 (MQ=255) cGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGc > 1:885359/1‑129 (MQ=255) aaaGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTgg < 1:256352/223‑1 (MQ=255) aaaGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGcga > 1:872648/1‑251 (MQ=255) aTCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGacgata > 1:675187/1‑251 (MQ=255) cccGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACgg < 1:237178/139‑1 (MQ=255) cccGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGacgatacg > 1:843312/1‑251 (MQ=255) cccGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGacgatacg > 1:602408/1‑251 (MQ=255) cGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGacgatacgat > 1:122894/1‑251 (MQ=255) aTGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGAtttt > 1:792299/1‑251 (MQ=255) aTTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACaccaa > 1:776017/1‑251 (MQ=255) gTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAaca > 1:431812/1‑250 (MQ=255) gcgcACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCg > 1:841415/1‑251 (MQ=255) cgcACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGCGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCg < 1:600232/250‑1 (MQ=255) cACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAagag < 1:609523/80‑1 (MQ=255) cccGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATc > 1:678539/1‑152 (MQ=255) cccGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCGATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACAt > 1:439492/1‑250 (MQ=255) cccGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGacgatacgat < 1:797992/220‑1 (MQ=255) cccGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACAt > 1:847945/1‑250 (MQ=255) cccGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACAt > 1:467646/1‑250 (MQ=255) tAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGATGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAAt < 1:881772/250‑1 (MQ=255) tAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACaccaacca > 1:734/1‑233 (MQ=255) acGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACtt < 1:770260/251‑1 (MQ=255) gTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTgg > 1:874398/1‑171 (MQ=255) tATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATACCGGCATATTAATCGTCATTCAAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGt < 1:276488/251‑1 (MQ=255) tATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTgg > 1:216532/1‑170 (MQ=255) tATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATg < 1:207412/250‑1 (MQ=255) tATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGt > 1:827654/1‑251 (MQ=255) tATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGt < 1:417332/251‑1 (MQ=255) tATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGt > 1:366730/1‑251 (MQ=255) tGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTc < 1:42354/154‑1 (MQ=255) gAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATAtt < 1:862306/95‑1 (MQ=255) gAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTg < 1:664848/132‑1 (MQ=255) aaaTGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAat < 1:622427/182‑1 (MQ=255) ggTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATg > 1:115080/1‑241 (MQ=255) gtgtATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCa > 1:196974/1‑251 (MQ=255) gtgtATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACAATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACtt > 1:866312/1‑236 (MQ=255) gtATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCAgg > 1:7539/1‑251 (MQ=255) gtATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCAgg > 1:216232/1‑251 (MQ=255) tATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCAGGa < 1:655229/251‑1 (MQ=255) aCCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACtt > 1:206822/1‑225 (MQ=255) aGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGc > 1:494311/1‑231 (MQ=255) gCCGAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGt > 1:52599/1‑212 (MQ=255) gAATACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGt < 1:345136/209‑1 (MQ=255) aTACTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCAGGATTTAtt > 1:234411/1‑226 (MQ=255) aCTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAgg > 1:896844/1‑137 (MQ=255) aCTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCAGGATTTATTCGAAAACGCCTTTTAATtcat < 1:66986/245‑1 (MQ=255) aCTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCAGGATTTATTCGAAAACGCCTTTTAATTCATCAACCa < 1:157233/251‑1 (MQ=255) aCTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCAGGATTTATTCGAAAACGCCTTTTAATTCATCAACCa > 1:258929/1‑251 (MQ=255) aCTCTAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCAGGATTTATTCGAAAACGCCTTTTAATTCATCAACCa > 1:324337/1‑251 (MQ=255) | AGACAAACCTATGTTGAATAAAAATCCGGACAATCTGGTCAAAGCATTTAAAACTTTATTACGCGAAGAAAAATACGGTTCACAAACGGAAATTGCCGCCGAGCTTCAAAAACTTGGTTTTCGTAGCGTAAACCAATCGAAAGTATCCCGTATGCTCAGCAAATTCGGCGCCGTGCGCACCCGTAACACGCGTATGGAAATGGTGTATTGCCTACCGAGCGAACTCAGCGTGCCGAATACTCAAACGTCATTAAGAGATTTAGTGCTGGACATTGACCATAACGGCATATTAATCGTCATTCGAACTTCCCCCGGTGCGGCACAGCTGATCGCCCGCCTGCTTGATTCAATCAGTAAAGTGGAAGGCATTTTAGGCAATATTGCGGGCGACGATACGATTTTTGTCACACCAACCAAAAACACCGACATCAATAACTTAATGTTACGCATTCAGGATTTATTCGAAAACGCCTTTTAATTCATCAACCA > 1/1218879‑1219367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |