| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,127,652 | G→A | R192H (CGT→CAT) | unknown → | Maltoporin (maltose/maltodextrin high‑affinity receptor, phage lambda receptor protein) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,127,652 | 0 | G | A | 98.9% | 255.2 / ‑4.9 | 90 | R192H (CGT→CAT) | unknown | Maltoporin (maltose/maltodextrin high‑affinity receptor, phage lambda receptor protein) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (51/38); total (52/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAATTTGAAAACTTCGCTGACAGCTTACCGGGCGCCAC‑ATTATGGGCAGGTAAACGTTTCTACCAACGTCATGACGTACACATGAACGACTTCTACTACTGGGATATTTCCGGTCCGGGTGCGGGGGTTGAAGGCATTGATTTGGGTTTTGGTAAATTATCTCTTGCGGTAACCCGTAATACAGAAGCAGGCGGTGCATTTAGCTACTACTATGATCGCGCAAATAAAAGATGGGATACTACCCGTAAAGTACAAAAAGATGTTTACAACGATGTATTCGATGTTCGTTTAGCTGAAGTTCAAGTTAGCGAAAACGGTAAATTAGAATTCGGTTTTGATTACGCCCGATCTCATAAAAAAGACGATGCCCGCTATGTAAATGATGACGCGACCAAAAACGGTCACATGTTCACTATCGAACATACTCAAAGCGAGTTCTTCGGCGGCTTCAATAAATTCACCGTGCAATATGCCAAAGATTCCAT > 1/1127408‑1127892 | aaaTTTGAAAACTTCGCTGACAGCTTACCGGGCGCCAC‑ATTATGGGCAGGTAAACGTTTCTACCAACGTCATGACGTACACATGAACGACTTCTACTACTGGGATATTTCCGGTCCGGGTGCGGGGGTTGAAAGCATTGATTTGGGTTTTGGTAAATTATCTCTTGCGGTAACCCGTAATACAGAAGCAGGCGGTGCATTTAGCTACTACTATGATCGCGCAAATAAAAGATGGGATACTACCCATAAAg < 1:39980/250‑1 (MQ=255)aaaTTTGAAAACTTCGCTGACAGCTTACCGGGCGCCAC‑ATTATGGGCAGGTAAACGTTTCTACCAACGTCATGACGTACACATGAACGACTTCTACTACTGGGATATTTCCGGTCCGGGTGCGGGGGTTGAAAGCATTGATTTGGGTTTTGGTAAATTATCTCTTGCGGTAACCCGTAATACAGAAGCAGGCGGTGCATTTAGCTACTACTATGATCGCGCAAATAAAAGATGGGATACTACCCATAAAg < 1:499643/250‑1 (MQ=255) aaaCTTCGCTGACAGCTTACCGGGCGCCACAATTATGGGCAGGTAAACGTTTCTACCAACGTCATGACGTACACATGAACGACTTCTACTACTGGGATATTTCCGGTCCGGGTGCGGGGGTTGAAAGCATTGATTTGGGTTTTGGTAAATTATCTCTTGCGGTAACCCGTAATACAGAAGCAGGCGGTGCATTTAGCTACTACTATGATCGCGCAAATAAAAGATGGGATACTACCCATAAAGTACaaaaa < 1:831771/251‑1 (MQ=255) cGCTGACAGCTTACCGGGCGCCAC‑ATTATGGGCAGGTAAACGTTTCTACCAACGTCATGACGTACACATGAACGACTTCTATTACTGGGATATTTCCGGTCCGGGTGCGGGGGTTGAAAGCATTGATTTGGGTTTTGGTAAATTATCTCTTGCGGTAACCCGTAATACAGAAGCAGGCGGTGCATTTAGCTACTACTATGATCGCGCAAATAAAAGATGGGATACTACCCATAAAGTACAAAAAGATGttt < 1:429392/251‑1 (MQ=255) 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tactaTGATCGCGCAAATAAAAGATGGGATACTACCCATAAAGTACAAAAAGATGTTTACAACGATGTATTCGATGTTCGTTTAGCTGAAGTTCAAGTTAGCGAAAACGGTAAATTAGAATTCGGTTTTGATTACGCCCGATCTCATAAAAAAGACGATGCCCGCTATGTAAATGATGACGCGACCAAAAACGGTCACATGTTCACTATCGAACATACTCAAAGCGAGTTCTTCGGCGGCTTCAATAAAtt > 1:162177/1‑251 (MQ=255) actaTGATCGCGCAAATAAAAGATGGGATACTACCCATAAAGTACAAAAAGATGTTTACAACGATGTATTCGATGTTCGTTTAGCTGAAGTTCAAGTTAGCGAAAACGGTAAATTAGAATTCGGTTTTGATTACGCCCGATCTCATAAAAAAGACGATGCCCGCTa < 1:439341/166‑1 (MQ=255) actaTGATCGCGCAAATAAAAGATGGGATACTACCCATAAAGTACAAAAAGATGTTTACAACGATGTATTCGATGTTCGTTTAGCTGAAGTTCAAGTTAGCGAAAACGGTAAATTAGAATTCGGTTTTGATTACGCCCGATCTCATAAAAAAGACGATGCCCGCTATGTAAATGATGACGCGACCAAAAACg > 1:697611/1‑192 (MQ=255) actaTGATCGCGCAAATAAAAGATGGGATACTACCCATAAAGTACAAAAAGATGTTTACAACGATGTATTCGATGTTCGTTTAGCTGAAGTTCAAGTTAGCGAAAACGGTAAATTAGAATTCGGTTTTGATTACGCCCGATCTCATAAAAAAGACGATGCCCGCTATGTAAATGATGACGCGACCAAAAACGGTCACATGTTCACTATCGAACATACTCAAAGCGAGTTCTTCGGCGGCTTCAATAAAtt > 1:540954/1‑250 (MQ=255) 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AAATTTGAAAACTTCGCTGACAGCTTACCGGGCGCCAC‑ATTATGGGCAGGTAAACGTTTCTACCAACGTCATGACGTACACATGAACGACTTCTACTACTGGGATATTTCCGGTCCGGGTGCGGGGGTTGAAGGCATTGATTTGGGTTTTGGTAAATTATCTCTTGCGGTAACCCGTAATACAGAAGCAGGCGGTGCATTTAGCTACTACTATGATCGCGCAAATAAAAGATGGGATACTACCCGTAAAGTACAAAAAGATGTTTACAACGATGTATTCGATGTTCGTTTAGCTGAAGTTCAAGTTAGCGAAAACGGTAAATTAGAATTCGGTTTTGATTACGCCCGATCTCATAAAAAAGACGATGCCCGCTATGTAAATGATGACGCGACCAAAAACGGTCACATGTTCACTATCGAACATACTCAAAGCGAGTTCTTCGGCGGCTTCAATAAATTCACCGTGCAATATGCCAAAGATTCCAT > 1/1127408‑1127892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |