| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,110,727 | C→T | A73T (GCA→ACA) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,110,727 | 0 | C | T | 100.0% | 49.7 / NA | 19 | A73T (GCA→ACA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (13/6); total (13/6) | |||||||||||
TTTTATCCCAAATAGTGATATCTATGTATTGATCTTTGTTATCTTTTAATAACTGGGGGAATACTCCATAATCACCATATTTTCTAGAAATATTAAATTTAAGAAGAAATTTGGCAAGGTATCCTTTGTGATCTATGTAAACAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGCATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAAAGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAAT > 1/1110484‑1110963 | ttttATCCCAAATAGTGATATCTATGTATTGATCTTTGTTATCTTTTAATAACTGGGGGAATACTCCATAATCACCATATTTTCTAGAAATATTAAATTTAAGGAGAAATTTGGCAAGGTATTCTTTGTGATCTATGTAAACAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTAttt < 1:758324/251‑1 (MQ=255) tCTATGTATTGATCTTTGTTATCTTTTAATAACTGGGGGAATACTCCATAATCACCATATTTTCTAGAAATATTAAATTTAAGAAGAAATTTGGCAAGGTATTCTTTGTGATCTATGTAAACAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTAcc > 1:99653/1‑250 (MQ=255) ccATAATCACCATATTTTCTAGAAATATTAAATTTAAGAAGAAATTTGGCAAGGTATTCTTTGTGATCTATGTAAACAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTAttt < 1:744004/186‑1 (MQ=255) atTTTCTAGAAATATTAAATTTAAGAAGAAATTTGGCAAGGTATTCTTTGTGATCTATGTAAACAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATAtt > 1:182332/1‑251 (MQ=255) gTATTCTTTGTGATCTATGTAAACAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAg < 1:870053/177‑1 (MQ=255) gTATTCTTTGTGATCTATGTAAACAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTc > 1:544605/1‑250 (MQ=255) gATCTATGTAAACAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTc > 1:717948/1‑201 (MQ=255) tATGTAAACAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGtattat > 1:118343/1‑116 (MQ=255) aCAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAg > 1:294448/1‑222 (MQ=255) aggtaggtTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCatat < 1:501123/139‑1 (MQ=255) ggtaggtTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTAttt > 1:470286/1‑54 (MQ=255) ggtTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAg > 1:18652/1‑94 (MQ=255) aaCATCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTta > 1:888326/1‑142 (MQ=255) tCCCATACTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGaa > 1:699456/1‑82 (MQ=255) cTTGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGc < 1:676295/173‑1 (MQ=255) tGAAGATACTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAAAGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGtaat > 1:173441/1‑250 (MQ=255) aCTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAg > 1:719843/1‑58 (MQ=255) aCTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGTTAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAg > 1:776424/1‑125 (MQ=255) aCTCTGTATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATg > 1:309196/1‑142 (MQ=255) aCTCTGTATTATTTAATGTGAAAGTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAg < 1:676877/58‑1 (MQ=255) | TTTTATCCCAAATAGTGATATCTATGTATTGATCTTTGTTATCTTTTAATAACTGGGGGAATACTCCATAATCACCATATTTTCTAGAAATATTAAATTTAAGAAGAAATTTGGCAAGGTATCCTTTGTGATCTATGTAAACAAATAATAAACCAAGAAAAAATGACACTATTCCTGAAGCAATTACTTCATTATAAGGTAGGTTAATACTTGAATTAACATCCCATACTTGAAGATACTCTGCATTATTTAATGTGAAATTTTCGTACCCGATTTTGGCACATTGATTTAATAGCGATAGAATTTGTAATATTAAGTAAGATAATATTCCATATGAAATAACAAACAATGAATATTTATAGTTATTCCATTCTTTATGTTCAGTGAACTTATCTATAAGCATTGTAATTATAATGCCAGGTAATAAAAGCATTACAATTTTTATTGTCAATTCATTCATATGAACTCGCTAAGAGTAAT > 1/1110484‑1110963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |