| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 160,973 | G→A | intergenic (+664/+9) | unknown → / ← unknown | Catalase KatE (EC 1.11.1.6)/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 160,973 | 0 | G | A | 99.4% | 454.0 / NA | 165 | intergenic (+664/+9) | unknown/unknown | Catalase KatE (EC 1.11.1.6)/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (93/71); minor base C (1/0); total (94/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
ATGTAAGGCCAAATAATACAAATAGAAAGTGATCTGCCCCCCCAAAAAGTTGGACAGGTTAGTTAACTTAAATATTGAGCTCAGTATTGTATCGGGCTCAATCCTTTTAAATCGGTTTAATTCGTTTTTGGTTGTAATACACAAATTTACCCGGCTCTAATCCTGCCTGTTGATAATAAAAGGTTGAATGAGGCATTTCAGACACTTGCAGCAGGTCATTTAAGGCATGTTTTTCCTTTAACTTTTCGATGACTTTTCTTTTTTCTGCCGTCGTTTTTGATTGTCTAATTCCACTAACTTTTTTAGATTATCAATCTCCTCTTTTGCAAGGGCAGGTTCCCGTTTCAGTTTTTTAAAGGCTTGTGGTGAAAAGTCGCTTGTTTCAAGCCACTTCAATCTGCGTTTTTTTCATTTTGGGTTTCATAATTTTGGAGGTTTTAGGTTTGTGTAAGGTGATTTTACGCCATCAAGCCC > 1/160745‑161218 | aTGTAAGGCCAAATAATACAAATAGAAAGTGATCTGCCCCCCCAAAAAGTTGGACAGGTTAGTTAACTTAAATATTGAGCTCAGTATTGTATCGGGCTCAATCCTTTTAAATCGGTTTAATTCGTTTTTGGTTGTAATACACAAATTTACCCGGCTCTAATCCTGCCTGTTGATAATAAAAGGTTGAATGAGGCATTTCAGACACTTGCAGCAGGTCATTTAAGGCATATTTTTCCTTTAACTTTTCGATg > 1:509036/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |