| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 955,347 | G→T | P156H (CCC→CAC) | unknown ← | DNA repair protein RecN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 955,347 | 0 | G | T | 99.0% | 283.3 / NA | 97 | P156H (CCC→CAC) | unknown | DNA repair protein RecN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (51/45); total (51/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTTAACAGTTGTAATACGGATTGGGAAAGCTGGGTCAATTCTTCGCTATTGGACAAACGGTTATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGGGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATCATGCGGCGTAAAATACACTCTTCGGGATTGTCTTGATCCTGTAAGTCGTGCTCCAACAGAAATTGGTAGGCGGGAT > 1/955100‑955593 | gCTTAACAGTTGTAATACGGATTGGGAAAGCTGGGTCAATTCTTCGCTATTGGACAAACGGTTATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGt > 1:554698/1‑251 (MQ=255) cTTAACAGTTGTAATACGGATTGGGAAAGCTGGGTCAATTCTTCGCTATTGGACAAACGGTTATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCgtggtg < 1:31815/251‑1 (MQ=255) cTTAACAGTTGTAATACGGATTGGGAAAGCTGGGTCAATTCTTCGCTATTGGACAAACGGTTATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCgtggtg > 1:479541/1‑251 (MQ=255) cAGTTGTAATACGGATTGGGAAAGCTGGGTCAATTCTTCGCTATTGGACAAACGGTTATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGtgatga > 1:84545/1‑250 (MQ=255) gTTGTAATACGGATTGGGAAAGCTGGGTCAATTCTTCGCTATTGGACAAACGGTTATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACaa > 1:148831/1‑251 (MQ=255) gTTGTAATACGGATTGGGAAAGCTGGGTCAATTCTTCGCTATTGGACAAACGGTTATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACaa > 1:811588/1‑251 (MQ=255) gTTGTAATACGGATTGGGAAAGCTGGGTCAATTCTTCGCTATTGGACAAACGGTTATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACaa > 1:833427/1‑251 (MQ=255) 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gTTATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGa > 1:511561/1‑249 (MQ=255) gTTATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAg > 1:672502/1‑251 (MQ=255) ttATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAg < 1:7046/250‑1 (MQ=255) ttATGATCCGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAg < 1:352096/250‑1 (MQ=255) cGCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTc < 1:788159/251‑1 (MQ=255) gCCTCCAATTCTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTc > 1:252002/1‑250 (MQ=255) 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cTGCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTg < 1:139543/202‑1 (MQ=255) gCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGtga < 1:341833/171‑1 (MQ=255) gCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAAt > 1:479440/1‑251 (MQ=255) gCATATTCATTGGCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAAt > 1:128697/1‑251 (MQ=255) gCTTTCAAATTGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGcc < 1:538425/250‑1 (MQ=255) tGAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATCTCTTTg < 1:418139/251‑1 (MQ=255) gAATTCATCCAGTTCGCTGACTTGATATTGCAAGAGTTGCTTTCGGGCTTCATTTCCCGCACATTTTTGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGa > 1:587637/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTTATGCTGCAAGGTTTGCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAATGGGCGGTGTGCTTACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTGTGTTAATAACAGTGGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATc < 1:67827/251‑1 (MQ=255) tttttGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATCa < 1:125546/251‑1 (MQ=255) tttttGCTGAAAGGTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATCa < 1:212446/251‑1 (MQ=255) ggTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGAtt < 1:314821/148‑1 (MQ=255) ggTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATCATGCGGCGTaaaa > 1:358780/1‑251 (MQ=255) gTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGa > 1:166057/1‑128 (MQ=255) gTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCtt > 1:887215/1‑172 (MQ=255) gTTTTCATTTGCTGTTGCAGATCGCGCCAGCGTTGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATCa < 1:829959/238‑1 (MQ=255) 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ttGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATCATGCGGCGTAAAATACACTCTTCGGGATTGTCTTGATCCTGTAAGt < 1:171449/251‑1 (MQ=255) ttGGTAATCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATCATGCGGCGTAAAATACACTCTTCGGGATTGTCTTGATCCTGTAAGt > 1:692178/1‑251 (MQ=255) aaTCTGTTTGCATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATCATGCGGCGTAAAATACACTCTTCGGGATTGTCTTGATCCTGTAAGt > 1:537622/1‑246 (MQ=255) 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cATTTGTTGTAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATCATGCGGCGTAAAAt < 1:614628/204‑1 (MQ=255) gttgtAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAAc < 1:79040/159‑1 (MQ=255) gttgtAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCACGGCGGCGACGGGAATGCCGTTAATAAAACTTTTGGAGCGTCCATCATGATTAATCATGCGGCGTAAAATACACTCTTCGGGATTGTCTTGATCCTGTAAGTCGTGCTCCAACAGAAATTgg > 1:892854/1‑251 (MQ=255) ttgtAAAAGGGCGTGGTGATGACAAAAACTGTCCACCAGTTGTAGCTGATATTCGTTTTTTAATAACAGTTGTGAAGCGTGTTGTCCGCTGATTTGAATCAGGTGTTGCCCGATTTCTTTGAGCTGCAcggc < 1:440190/132‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |