| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | 395936 = | 2 (0.020) | 66 (0.750) +A |
48/428 | 0.5 | 97.1% | intergenic (‑69/‑551) | unknown/unknown | Ketol‑acid reductoisomerase (NADP(+)) (EC 1.1.1.86)/hypothetical protein |
| ? | 1 | = 395943 | NA (NA) | intergenic (‑76/‑544) | unknown/unknown | Ketol‑acid reductoisomerase (NADP(+)) (EC 1.1.1.86)/hypothetical protein | |||||
ATAAGTTGGCATCTCCCTTCGCCCAGTCTTCTATCATCACGCGGGAGAATTCGCCGCTGATAATGTCGTTCATGTGTTTGGCAAATAAGAATGCCAATTTTTCTTTAATTTGTTCCGCTAATTCAAAGGCACGTAATTTTGCGCTGTTGGACAAGCAATTCATCATCAATTTTAGATTGGGGTGATTATAAGGTGTTTTGTTATTGCGTAAAGTGATATTACTTGGATTATGTGTTGCAATTATCTGTGCAGCTAGGGATTTCGCCCTAGGGCGACCTACACGGGGATAGATTCGCTCTTTGAATTTGAAAAAGTGCGGTTAAATTTTTGTGTATTTTTCATTTGAATAAATAATTTTAAAACTGACCGCACTTTTAGAATAACGCTCGAAGAAAAATGGGGTCCCCCTGTAAGACGCCCTTATGGAAATGCAATTTTTAGCTAAATTTCGCCTGTTTGAGCGAAGCG > 1/395702‑396169 | catctcccttcgcccagtcttctatcatcacgcgggagaattcgccgctgataatgtcgttcatgtgtttggcaaataagaatgccaatttttctttaatttgttccgctaattcaaaggcacgtaattttgcgctgttggacaagcaattcatcatcaattttagattggggtgattataaggtgttttgttattgcgtaaagtgatattacttggattatgtgttgcaatttTTGCAATTATCTGTGc > 1:411116‑M1/235‑250 (MQ=255) atctcccttcgcccagtcttctatcatcacgcgggagaattcgccgctgataatgtcgttcatgtgtttggcaaataagaatgccaatttttctttaatttgttccactaattcaaaggcacgtaattttgcgctgttggacaagcaattcatcatcaattttagattggggtgattataaggtgttttgttattgcgtaaagtgatattacttggattatgtgttgcaatttTTGCAATTATCTGTGCAg > 1:338988‑M1/234‑251 (MQ=255) ctcccttcgcccagtcttctatcatcacgcgggagaattcgccgctgataatgtcgttcatgtgtttggcaaataagaatgccaatttttctttaatttgttccgctaattcaaaggcacgtaattttgcgctgttggacaagcaattcatcatcaattttagattggggtgattataaggtgttttgttattgcgtaaagtgatattacttggattatgtgttgcaatttTTGCAATTATCTGTGCAg < 1:709669‑M1/18‑1 (MQ=255) tcccttcgcccagtcttctatcatcacgcgggagaattcgccgctgataatgtcgttcatgtgtttggcaaataagaatgctaatttttctttaatttgttccgctaattcaaaggcacgtaattttgcgctgttggacaagcaattcatcatcaattttagattggggtgattataaggtgttttgttattgcgtaaagtgatattacttggattatgtgttgcaatttTTGCAATTATCTGTGCAGCTa > 1:425050‑M1/231‑251 (MQ=255) cccttcgcccagtcttctatcatcacgcgggagaattcgccgctgataatgtcgttcatgtgtttggcaaataagaatgccaatttttctttaatttgttccgctaattcaaaggcacgtaattttgcgctgttggacaagcaattcatcatcaattttagattggggtgattataaggtgttttgttattgcgtaaagtgatattacttggattatgtgttgcaatttTTGCAATTATCTGTGCAGCTa > 1:691198‑M1/230‑250 (MQ=255) cccttcgcccagtcttctatcatcacgcgggagaattcgccgctgataatgtcgttcatgtgtttggcaaataagaatgccaatttttctttaatttgttccgctaattcaaaggcacgtaattttgcgctgttggacaagcaattcatcatcaattttagattggggtgattataaggtgttttgttattgcgtaaagtgatattacttggattatgtgttgcaatttTTGCAATTATCTGTGCAGCTAg < 1:48944‑M1/22‑1 (MQ=255) gtcttctatcatcacgcgggagaattcgccgctgataatgtcgttcatgtgtttggcaaataagaatgccaatttttctttaatttgttccgctaattcaaaggcacgtaattttgcgctgttggacaagcaattcatcatcaattttagattggggtgattataaggtgttttgttattgcgtaaagtgatattacttggattatgtgttgcaatttTTGCAATTATCTGTGCAGCTAGGGATTTCGcc < 1:624204‑M1/32‑1 (MQ=255) 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gtgttgcaatttTTGCAATTATCTGTGCAGCTAGGGATTTCGCCCTAGGGCGACCTACACGGGGATAGATTCGCTCTTTGAATTTGAAAAAGTGCGGTTAAATTTTTGTGTATTTTTCATTTGAATAAATAATTTTAAAACTGACCGCACTTTTAGAATAACGCTCGAAGAAAAATgg > 1:328186‑M1/13‑178 (MQ=255) tATCTGTGCAGCTAGGGATTTCGCCCTAGGGCGACCTACACGGGGATAGATTCGCTCTTTGAATTTGAAAAAGTGCGGTTAAATTTTTGTGTATTTTTCATTTGAATAAATAATTTTAAAACTGACCGCACTTTTAGAATAACGCTCGAAGAAAAATGGGGTCCCCCTGTAAGACGCCCTTATGGAAATGCAATTTTTAGCTAAATTTCGCCTGTTTGagcgaagcg < 1:345719/227‑1 (MQ=255) | ATAAGTTGGCATCTCCCTTCGCCCAGTCTTCTATCATCACGCGGGAGAATTCGCCGCTGATAATGTCGTTCATGTGTTTGGCAAATAAGAATGCCAATTTTTCTTTAATTTGTTCCGCTAATTCAAAGGCACGTAATTTTGCGCTGTTGGACAAGCAATTCATCATCAATTTTAGATTGGGGTGATTATAAGGTGTTTTGTTATTGCGTAAAGTGATATTACTTGGATTATGTGTTGCAATTATCTGTGCAGCTAGGGATTTCGCCCTAGGGCGACCTACACGGGGATAGATTCGCTCTTTGAATTTGAAAAAGTGCGGTTAAATTTTTGTGTATTTTTCATTTGAATAAATAATTTTAAAACTGACCGCACTTTTAGAATAACGCTCGAAGAAAAATGGGGTCCCCCTGTAAGACGCCCTTATGGAAATGCAATTTTTAGCTAAATTTCGCCTGTTTGAGCGAAGCG > 1/395702‑396169 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |