| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | 247632 = | 110 (1.250) | 89 (1.030) | 55/420 | 0.3 | 62.4% | intergenic (+16/+110) | unknown/unknown | DNA‑directed RNA polymerase beta' subunit (EC 2.7.7.6)/Transposase, IS200 family |
| ? | 1 | = 1570453 | 0 (0.000) | intergenic (+30/+604) | unknown/unknown | Na+/H+ antiporter/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA | |||||
CCACTGTTCACCAGTGTCGGACACTACTATTCTGTCTTCCACCGGTGCAAAATGCGACCACATGGATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGGGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACCAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGG > 1/1570204‑1570668 | ccACTGTTCACCAGTGTCGGACACTACTATTCTGTCTTCCACCGGTGCAAAATGCGACCACATGGATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAAc > 1:385701/1‑250 (MQ=255) 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gTTCACCAGTGTCGGACACTACTATTCTGTCTTCCACCGGTGCAAAATGCGACCACATGGATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatc < 1:227956‑M2/250‑6 (MQ=255) ctactaTTCTGTCTTCCACCGGTGCAAAATGCGACCACATGGATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggt < 1:108852‑M2/251‑25 (MQ=255) ctactaTTCTGTCTTCCACCGGTGCAAAATGCGACCACATGGATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggt < 1:521896‑M2/251‑25 (MQ=255) ctactaTTCTGTCTTCCACCGGTGCAAAATGCGACCACATGGATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggt < 1:648620‑M2/251‑25 (MQ=255) ctactaTTCTGTCTTCCACCGGTGCAAAATGCGACCACATGGATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggt < 1:698262‑M2/251‑25 (MQ=255) gTCTTCCACCGGTGCAAAATGCGACCACATGGATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggtttttaggcta < 1:10430‑M2/251‑35 (MQ=255) 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caTGGATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggtttttaggctactctataaggacctagtacttcacatg < 1:541001‑M2/251‑62 (MQ=255) gATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggtttttaggctactctataaggacctagtacttcacatgccc > 1:618755‑M2/1‑186 (MQ=255) gATCATGTCACTTCCCAATTGCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggtttttaggctactctataaggacctagtacttcacatgcc < 1:97755‑M2/249‑64 (MQ=255) 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gCCTTATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggtttttaggctactctataa < 1:416616‑M2/208‑43 (MQ=255) ttATGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggtttttaggctactctataaggacctagtacttcacatgcccttcaaagggcatatgaaaaccaac > 1:873799‑M2/1‑163 (MQ=255) aTGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcccgtaaaacgtgcggtttttagg < 1:423375‑M2/192‑32 (MQ=255) aTGCTATCACCATCGCCACCGCGAGCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggtttttaggctactctataagga < 1:480612‑M2/206‑46 (MQ=255) 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> 1:275988‑M2/1‑129 (MQ=255) cTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggtttttaggctactctataaggacctagtacttcacatgcccttcaaagggcatatgaaaaccaacaaccgtgaaataactctatgacctaccccttaaagg < 1:841083‑M2/251‑125 (MQ=255) cTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggtttttaggctactctataaggacctagtacttcacatgcccttcaaagggcatatgaaaaccaacaaccgtgaaataactctatgacctaccccttaaagg > 1:710915‑M2/1‑127 (MQ=255) cTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGAGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACcaatccgcacgtaaaacgtgcggtttttaggctactctataaggacctagtacttcacatgcccttcaaagggcatatgaaaaccaacaaccgtgaaataactctatgacctaccccttaaagg > 1:539602‑M2/1‑127 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |