| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | 1 | 1,388,607 | (TGCCT)4→5 | intergenic (+183/‑63) | unknown → / → unknown | Threonyl‑tRNA synthetase (EC 6.1.1.3)/Type III restriction‑modification system restriction subunit (EC 3.1.21.5) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | = 1388585 | 0 (0.000) | 24 (0.280) +CTTGC |
16/376 | 2.9 | 100% | intergenic (+161/‑85) | unknown/unknown | Threonyl‑tRNA synthetase (EC 6.1.1.3)/Type III restriction‑modification system restriction subunit (EC 3.1.21.5) |
| ? | 1 | 1388586 = | 0 (0.000) | intergenic (+162/‑84) | unknown/unknown | Threonyl‑tRNA synthetase (EC 6.1.1.3)/Type III restriction‑modification system restriction subunit (EC 3.1.21.5) | |||||
TTCACCGTGGAAGAATTTTTAGACATTCTGAAAAAACAAGTGAGAAATCGCGAATTGAAATTATTGGGTGAGGCGTAGTTCTGACAATTAAATGAGCTGAAATTACGCTAGCAGGAATCATCATTCAATAGATTTATTGATTTTTCCGACCGGCGTAGTTTCAGCTTTTTAACACTCGATATTGTATAAAACAAAGTACACTTTGTACTTGACAACCAGTAATAGGAGTAAAAAATATG‑‑‑‑‑CTTGCCTTGCCTTGCCTTGCCTAAACTAAACGTTAATTGCAAGCAAAATCTATCACTTTTCTTAAAAATTTATTCGGAGGATAAATGATCTCCGAAGAACTTTTCTCTCGTGACGGCGTTTCCGCTAACTCTGCACAACTTACCCAACTTAAAGCTCTTTTCCCGAATTGTTTCGATGTAAGCGGTCAATTTTTATTAGAAAAATTCCAATCTGAAATTGC > 1/1388347‑1388806 | ttCACCGTGGAAGAATTTTTAGACATTCTGAAAAAACAAGTGAGAAATCGCGAATTGAAATTATTGGGTGAGGCGTAGTTCTGACAATTAAATGAGCTGAAATTACGCTAGCAGGAATCATCATTCAATAGATTTATTGATTTTTCCGACCGGCGTAGTTTCAGCTTTTTAACACTCGATATTGTATAAAACAAAGTACACTTTGTACTTGACAACCATTAATAGGAGTAAAAAATATGcttgccttgcct < 1:483973‑M1/251‑13 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |