| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | = 247821 | 16 (0.180) | 124 (1.430) | 70/424 | 0.1 | 94.0% | coding (374/453 nt) | unknown | Transposase, IS200 family |
| ? | 1 | 428709 = | 0 (0.000) | intergenic (‑97/+695) | unknown/unknown | hypothetical protein/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GCGGAATAAGATTCCTGTAAATAACAATCCGCACGTAAAACGTGCGGTTTTTAGGCTACTCTATAAGGACCTAGTACTTCACATGCCCTTCAAAGGGCATATGAAAACCAACAACCGTGAAATAACTCTATGACCTACCCCTTAAAGGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > 1/247608‑247821‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACAA > 1/428709‑428953 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ATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGC > 1:694463/1‑134 TGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATAT > 1:888379/1‑196 GTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTC > 1:364617/1‑189 TCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGT < 1:200055/251‑1 TCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTT > 1:166503/1‑167 CTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGAC > 1:251045/1‑110 CCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCGTACGCtatgcgtatggaatcaaag < 1:416073/251‑20 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTTCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAG > 1:751098/4‑179 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATA > 1:673076/4‑222 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTC > 1:358920/4‑210 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCT > 1:349061/4‑209 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTG > 1:136013/4‑197 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGT < 1:77317/192‑1 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGT > 1:520300/4‑195 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGT > 1:580187/4‑195 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTT < 1:147992/188‑1 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTT < 1:796573/186‑1 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAG > 1:310529/4‑179 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAG < 1:698394/176‑1 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATAT < 1:281015/174‑1 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATAT < 1:548562/174‑1 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCC > 1:709867/4‑136 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCC > 1:523168/4‑136 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCAT > 1:360907/4‑126 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAG < 1:829944/93‑1 accTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTT < 1:873057/69‑1 CCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAAT > 1:188811/1‑151 CCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAG < 1:343973/76‑1 ccTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTgttt < 1:551573/241‑5 TTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTGTTATAGCTAGACAA < 1:398054/251‑1 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCAAATGCATAGC > 1:740698/1‑225 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAG < 1:336969/174‑1 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATAT > 1:407798/1‑172 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTC < 1:512824/166‑1 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCT > 1:647217/1‑141 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATAC > 1:352561/1‑65 GCGGAATAAGATTCCTGTAAATAACAATCCGCACGTAAAACGTGCGGTTTTTAGGCTACTCTATAAGGACCTAGTACTTCACATGCCCTTCAAAGGGCATATGAAAACCAACAACCGTGAAATAACTCTATGACCTACCCCTTAAAGGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > 1/247608‑247821‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACAA > 1/428709‑428953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |