| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,497,872 | (C)8→9 | coding (141/168 nt) | unknown → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,497,864 | 1 | . | C | 98.7% | 216.5 / NA | 76 | A45P (GCC→CCC) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); major base C (50/24); minor base T (1/0); total (52/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACGATGGCACGCATCAGGAGACCACTGCTGGTAGAAGCATTGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAG‑‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTAGGTGTGCCGGGACAAATCGTTAAAATCGGCGATAGCGCGTTACAACTCGCCAC > 1/1497614‑1498109 | cACGATGGCACGCATCAGGAGACCACTGCTGGTAGAAGCATTGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTATTATTGATAAACAACCATATTCCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAg < 1:648570/251‑1 (MQ=255) aTGGCACGCATCAGGAGACCACTGCTGGTAGAAGCATTGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAG‑‑c‑cc > 1:815169/1‑250 (MQ=255) cACGCATCAGGAGACCACTGCTGGTAGAAGCATTGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAG‑‑c‑ccccccc < 1:888791/251‑1 (MQ=255) cATCAGGAGACCACTGCTGGTAGAAGCATTGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAG‑‑c < 1:360474/240‑1 (MQ=255) cAGGAGACCACTGCTGGTAGAAGCATTGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCAtt > 1:388518/1‑251 (MQ=255) aCTGCTGGTAGAAGCATTGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCg < 1:722961/251‑1 (MQ=255) gctgGTAGAAGCATTGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGCAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGAc > 1:441272/1‑250 (MQ=255) tgGTAGAAGCATTGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCg < 1:106371/251‑1 (MQ=255) ttGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAActca > 1:274385/1‑251 (MQ=255) gTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAActcaag > 1:595381/1‑251 (MQ=255) 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atTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCgg > 1:592769/1‑133 (MQ=255) ttGATAAACAACCATATACCGACACGAAAATACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCACCTACCGACCCGACTTTAACTCAAGCTCAAGCGGAGCAGCCCCCGCAGGATTGCCCGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATCTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAAAGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCaaaa > 1:518653/1‑250 (MQ=255) aTAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCaaa < 1:613579/247‑1 (MQ=255) aaaCAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAgg > 1:213277/1‑250 (MQ=255) caacCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGAt < 1:831873/141‑1 (MQ=255) caacCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGataaaataa > 1:134497/1‑228 (MQ=255) gacCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAg < 1:310602/71‑1 (MQ=255) acCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACtcaagctcaagc > 1:590813/1‑120 (MQ=255) acCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGc < 1:685502/134‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cacGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGttt < 1:133394/251‑1 (MQ=255) cacGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCCCACGCAGGATTTCCTGCGCCTGAATTTTTCTATTCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGttt > 1:428962/1‑251 (MQ=255) cGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGCCC‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTa > 1:779195/1‑251 (MQ=255) aaaaaaCACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTAgg < 1:833692/250‑1 (MQ=255) aaaaaCACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTAGgtg < 1:46368/251‑1 (MQ=255) aaaaaCACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTAGgtg < 1:825702/251‑1 (MQ=255) ccacAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGCCC‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGCCCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTAGGTGTGCCgg > 1:544956/1‑251 (MQ=255) caAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGataaaata < 1:713875/198‑1 (MQ=255) caAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTAGGTGTGCCGGGACa > 1:202479/1‑251 (MQ=255) aaaaaaaCCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTc > 1:646912/1‑102 (MQ=255) aCTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTAGGTGTGCCGGGACAAATCGTTAAAATCgg > 1:819147/1‑251 (MQ=255) cTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTc < 1:652191/87‑1 (MQ=255) cTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAAtt > 1:561562/1‑212 (MQ=255) cTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTAGGTGTGCCGGGACAAATCGTTAAAATCgg > 1:875637/1‑250 (MQ=255) 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1:118312/1‑251 (MQ=255) gtgtTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTc > 1:403075/1‑68 (MQ=255) gtgtTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTAtg > 1:52217/1‑196 (MQ=255) gtgtTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTAGGTGTGCCGGGACAAATCGTTAAAATCGGCGATAGCGCGTTACAACTCg > 1:514903/1‑251 (MQ=255) gtTGAAGC‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGataaaat > 1:101779/1‑160 (MQ=255) 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CACGATGGCACGCATCAGGAGACCACTGCTGGTAGAAGCATTGTAATATATTGATATTTCAAAAGTATTGTACAACCCAACGAAATGTAAACGATGTCCTTAGGGAAAAATGTAGACGATGTTTTGGTTGTACATCTTTAAGGTTCTGCTATTCTTTAATTTTATTAATATTGATAAACAACCATATACCGACACGAAAAAACACCACAAAAAAACCACCGCACTTTTTACCCCGCTTACCAGTGTTGAAG‑‑C‑CCCCCCCTGCATTCTCCTATCGACCCGAATTTAACTCAAGCTCAAGCGGTGCAGCTCACGCAGGATTGCCTGCGCATGATTTTATCTATGCCAACAAAACAACCGAAATTTGATCCGGATCGCCGAAACCTGTTTAACGCCATGATAAAATAAACGCAATTTGCAAATGGAGTGAATGAATTATGTGTTTAGGTGTGCCGGGACAAATCGTTAAAATCGGCGATAGCGCGTTACAACTCGCCAC > 1/1497614‑1498109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |