| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,179,856 | (A)6→7 | intergenic (‑29/+62) | unknown ← / ← unknown | Enoyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase [NADH] (EC 1.3.1.9)/GTP cyclohydrolase 1 type 2 homolog YbgI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,179,850 | 1 | . | A | 98.4% | 179.6 / ‑3.4 | 64 | intergenic (‑23/+68) | unknown/unknown | Enoyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase [NADH] (EC 1.3.1.9)/GTP cyclohydrolase 1 type 2 homolog YbgI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base A (42/21); total (42/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
GCTTTCATCAGTGGCAACGTCCAACGGAAGCACGATGTTCACACCGAATTCTTTGGCAAATTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑G‑AAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTAACGTTCGGTGGCGTGATGACCGGAGGAAAAGAAATAAACCCCTTGTTCTCTGGCGGAATGAATGGTTTGTTCCGAAACTTCACCGGTGAT > 1/1179618‑1180091 | gCTTTCATCAGTGGCAACGTCCAACGGAAGCACGATGTTCACACCGAATTCTTTGGCAAATTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGAtt > 1:567629/1‑251 (MQ=255)gCTTTCATCAGTGGCAACGTCCAACGGAAGCACGATGTTCACACCGAATTCTTTGGCAAATTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGAtt > 1:606002/1‑251 (MQ=255) catcaGTGGCAACGTCCAACGGAAGCACGATGTTCACACCGAATTCTTTGGCAAATTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATtata > 1:860680/1‑249 (MQ=255) gTGGCAACGTCCAACGGAAGCACGATGTTCACACCGAATTCTTTGGCAAATTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCAGTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTg < 1:439965/248‑1 (MQ=255) gTCCAACGGAAGCACGATGTTCACACCGAATTCTTTGGCAAATTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATAc > 1:727968/1‑237 (MQ=255) cGGAAGCACGATGTTCACACCGAATTCTTTGGCAAATTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGc < 1:896177/251‑1 (MQ=255) aTGTTCACACCGAATTCTTTGGCAAATTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGa < 1:334150/251‑1 (MQ=255) aTGTTCACACCGAATTCTTTGGCAAATTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGa > 1:834901/1‑251 (MQ=255) aTTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCgg > 1:270952/1‑251 (MQ=255) gTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCa > 1:722425/1‑202 (MQ=255) gTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATcc > 1:874677/1‑243 (MQ=255) tAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAAt < 1:203949/251‑1 (MQ=255) aaaTAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTg > 1:896800/1‑167 (MQ=255) aaaTAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCaaaa > 1:22491/1‑250 (MQ=255) gTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTa > 1:663902/1‑207 (MQ=255) gTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCg < 1:231507/212‑1 (MQ=255) gTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAAt > 1:297942/1‑232 (MQ=255) gTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATAtt > 1:541996/1‑251 (MQ=255) gTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATAtt > 1:576595/1‑251 (MQ=255) gTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCCCAAAGCCattat > 1:197138/1‑248 (MQ=255) aaaGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCg < 1:356083/250‑1 (MQ=255) gTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGa > 1:670345/1‑178 (MQ=255) gTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTgccag > 1:344088/1‑251 (MQ=255) 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tCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTa > 1:389331/1‑251 (MQ=255) tCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTa > 1:670831/1‑251 (MQ=255) tCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTa > 1:209350/1‑251 (MQ=255) 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1:668314/1‑251 (MQ=255) aCGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAAc > 1:687992/1‑156 (MQ=255) aCGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTAACGTTCGGTGGCGTGATGACCGGAGGAAAAGAAATGAACCCCTTGTtct > 1:534204/1‑248 (MQ=255) tACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTAAc < 1:20491/196‑1 (MQ=255) gTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCAc > 1:715122/1‑183 (MQ=255) 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aaCCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTAACGTTCGGTGGCGtgatg > 1:583495/1‑200 (MQ=255) cccATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTAAc > 1:327795/1‑182 (MQ=255) cccATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTAACGTTCGGTGGCGTGATGACCGGAGGAAAAGAAATGAACCCCTTGTTCTCTGGCGGAATGAATGGTTTGtt > 1:463739/1‑251 (MQ=255) tAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTAACGTTCGGTGGCGTGATGACCGGAGGAAAAGaa < 1:195617/209‑1 (MQ=255) cTATTTGTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCAccc < 1:223368/163‑1 (MQ=255) gTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAGATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTAACGTTCGGTGGCGTGATGACCGGAGGAAAAGAAATGAACCCCTTGTTCTCTGGCGGAATGAATGGTTTGTTCCGAAACTTCACCGGTGAt > 1:191924/1‑251 (MQ=255) gTTTTAGT‑GAAAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTAACGTTCGGTGGCGTGATGACCGGAGGAAAAGAAATGAACCCCTTGTTCTCTGGCGGAATGAATGGTTTGTTCCg < 1:300513/235‑1 (MQ=255) | GCTTTCATCAGTGGCAACGTCCAACGGAAGCACGATGTTCACACCGAATTCTTTGGCAAATTCTTCTACGCGCGGTTGTAATTTTTCATTTAAATAAGTGAAAGCCAGTTCCGCACCTTGTTCTTTCATCGCTTTCGCAATGCCGTAGGCGATGGAACGATTGCTGGCGAGACCTGTGACTAAAATACGTTTACCTGTTAAGAAACCCATAGTTATTCCTATTTGTTTTAGT‑G‑AAAAAATTGGCGAGATTATACTTGTTTTGCCGACCTTGAGCAATGTAACGATTTTTGGTTTAACCAGTTACGCCGGATTATCCATATCCTTAAATTCCACCTCAAAACCATATTCGTTTGCCAGCCATTCGCCTAATGCTTTCACCCCGTAACGTTCGGTGGCGTGATGACCGGAGGAAAAGAAATAAACCCCTTGTTCTCTGGCGGAATGAATGGTTTGTTCCGAAACTTCACCGGTGAT > 1/1179618‑1180091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |