| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,095,214 | Δ1 bp | intergenic (+229/‑315) | unknown → / → unknown | Hydroxypyruvate reductase (EC 1.1.1.81)/Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,095,213 | 0 | T | . | 100.0% | 299.4 / NA | 70 | intergenic (+228/‑316) | unknown/unknown | Hydroxypyruvate reductase (EC 1.1.1.81)/Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (40/30); total (40/30) | |||||||||||
TAAGTAATTTCCCCTGTGCTATATATGGCGCCGGAAACGGGCGCCATATTTTTTATATCTCACTGTGAAACTTGAAGACAACATAAAATGAGGAAAAATCTGATTACAACCGCGATTTAAAGTTATTTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATTAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTG > 1/1094979‑1095455 | taagtaaTTTCCCCTGTGCTATATATGGCGCCGGAAACGGGCGCCATATTTTTTATATCTCACTGTGAAACTTGAAGACAACATAAAATGAGGAAAAATCTGATTACAACCGCGATTTAAAGTTATTTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTc < 1:672410/251‑1 (MQ=255) 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tAACTATAGTGGGAGGAGTATTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATAc > 1:117478/1‑212 (MQ=255) cTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTAc > 1:818758/1‑181 (MQ=255) cTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGtt > 1:127085/1‑241 (MQ=255) cTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTAttt > 1:501322/1‑251 (MQ=255) cTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTAttt > 1:769607/1‑251 (MQ=255) gTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGc < 1:741696/104‑1 (MQ=255) tGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCAtg < 1:323334/251‑1 (MQ=255) tGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCAtg < 1:209227/251‑1 (MQ=255) tGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCAtg < 1:173734/251‑1 (MQ=255) gTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGtat > 1:869197/1‑102 (MQ=255) gTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCAt > 1:900224/1‑251 (MQ=255) gTCTTAGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCAt > 1:122881/1‑251 (MQ=255) cTTCGGTTCATCAATGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATga > 1:303924/1‑251 (MQ=255) tGTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTg < 1:564837/251‑1 (MQ=255) gTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATAc < 1:698512/178‑1 (MQ=255) gTTAAAAA‑TAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCg < 1:834219/215‑1 (MQ=255) | TAAGTAATTTCCCCTGTGCTATATATGGCGCCGGAAACGGGCGCCATATTTTTTATATCTCACTGTGAAACTTGAAGACAACATAAAATGAGGAAAAATCTGATTACAACCGCGATTTAAAGTTATTTTTAAGTAAAATATTCTTACATTTACGATAAATAGGATTATCCATGCACTGGTTATTCCTGGCATTAACTATAGTGGGAGGAGTCTTCGGTTCATCAATGTTAAAAATTAAGTAGCGGTTTTGTCCGTGCTTTTTATTTTTTGTCTATTGCGCTGCGCTAAAAAATATTCTGCTCGGCACTGTATATGCCATTTGGACTGGCATAGGTTTGGCACCACTTGAGCAGAGTTTTACATTATTTGGTGTCTACTTGTCGATTTCTTCGAATGCTATTATACGACTACCGCTGCGTCGTATTTCAGCACTGGTTTGGCGTATTTTTCATGTGTGGCATGAGAAACTTCTTGCTG > 1/1094979‑1095455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |