| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 457,523 | 2 bp→CA | intergenic (+882/‑13) | unknown → / → unknown | Uncharacterized protein YnbE/Integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 457,523 | 0 | T | C | 100.0% | 280.5 / NA | 92 | intergenic (+882/‑14) | unknown/unknown | Uncharacterized protein YnbE/Integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (53/39); total (53/39) | |||||||||||
| * | 1 | 457,524 | 0 | G | A | 100.0% | 259.0 / NA | 92 | intergenic (+883/‑13) | unknown/unknown | Uncharacterized protein YnbE/Integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (53/39); total (53/39) | |||||||||||
CCTTGAAAATATTAACCCCAAGGGCTTTTTTATATCCTAAGCGTTCCTACCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGATATAACTAAAATCGCACAAAACCTGTTAGAAAAAAGTGTTACCGATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTTGGAAAGAAGCGATATGGCACGCATAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGATAAAGCTAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAGCCCAATGGGGCTAAGTTATGGCGG‑TTTAACTATTACAAGCCTTTCACGCAACCAAAGAAAAGAGCGTTAATTGGCGTTGGCAAATACCCTGATATTTCCTTACAACAAGCAAGAGCAAT > 1/457288‑457763 || ccTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATg > 1:845765/1‑251 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1:185195‑M1/18‑239 (MQ=255) agcaaaaggttttactcaTGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACGAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATGGGGCTAAGTTATgg < 1:683896/215‑1 (MQ=255) gcaaaaggttttactcatgttttagctatacctGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAAGGGGGCTAAGTTATGGCGG‑TTTcccgttttagtttt > 1:615660‑M1/17‑237 (MQ=255) gttttactcaTGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATc < 1:217279/183‑1 (MQ=255) 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CCTTGAAAATATTAACCCCAAGGGCTTTTTTATATCCTAAGCGTTCCTACCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGATATAACTAAAATCGCACAAAACCTGTTAGAAAAAAGTGTTACCGATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTTGGAAAGAAGCGATATGGCACGCATAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGATAAAGCTAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTA‑CCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAGCCCAATGGGGCTAAGTTATGGCGG‑TTTAACTATTACAAGCCTTTCACGCAACCAAAGAAAAGAGCGTTAATTGGCGTTGGCAAATACCCTGATATTTCCTTACAACAAGCAAGAGCAAT > 1/457288‑457763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |