| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 884,858 | G→A | A164V (GCT→GTT) | unknown ← | Flp pilus assembly membrane protein TadE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 884,858 | 0 | G | A | 100.0% | 164.9 / NA | 59 | A164V (GCT→GTT) | unknown | Flp pilus assembly membrane protein TadE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (36/23); total (36/23) | |||||||||||
ATACTAAAAGAATAAGCATAAAAAGAAGCTCAAGCGTAACTGCGCCCTTTTTATTACGAAAAAATTTTTTAATACTAGTGATGATATTTTTTTTCATGTTTTTATACCGGTGATTAACCATTTGCAATTATATTACTCGTGCTTTAAATAATCATGAATTAATTATTTGTTTGACCTACCTGGATGCTGAAATTTAGATCTATTAAATTCTTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAACAAACTGCTAGCGTTATCCCTAGGTAAAAATGGCAGCGAAACCAAAAATTCATACTTGTAGGTTAATGAATACACAGCCAATGTTGCTAACCTACCATTGGGGGGTATAATATTACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTAAACTTACCATCTAATAAAGATTTAATACAAGAGCTCTCACTACCACAATCAACATATTTAACATCAATTTCATAACCGCCATTTTTATCCAAACGGGCAAGATAGCCTAT > 1/884611‑885099 | ataCTAAAAGAATAAGCATAAAAAGAAGCTCAAGCGTAACTGCGCCCTTTTTATTACGAAAAAATTTTTTAATACTAGTGATGATA‑TTTTTTTCATGTTTTTATACCGGTGATTAACCATTTGCAATTATATTACTCGTGCTTTAAATAATCATGAATTAATTATTTGTTTGACCTACCTGGATGCTGAAATTTAGATCTATTAAATTCTTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAACAAACTGCTAACGtt > 1:671344/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) atatTACTCGTGCTTTAAATAATCATGAATTAATTATTTGTTTGACCTACCTGGATGCTGAAATTTAGATCTATTAAATTCTTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAACAAACTGCTAACGTTATCCCTAGGTAAAAATGGCAGCGAAACCAAAAATTCATACTTGTAGGTTAATg < 1:653644/176‑1 (MQ=255) atatTACTCGTGCTTTAAATAATCATGAATTAATTATTTGTTTGACCTACCTGGATGCTGAAATTTAGATCTATTAAATTCTTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAACAAACTGCTAACGTTATCCCTAGGTAAAAATGGCAGCGAAACCAAAAATTCATACTTGTAGGTTAATGAATACACAGCCAATGTTGCTAACCTACCATTGGGGGGTATAATATTACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTaa > 1:162021/1‑251 (MQ=255) atatTACTCGTGCTTTAAATAATCATGAATTAATTATTTGTTTGACCTACCTGGATGCTGAAATTTAGATCTATTAAATTCTTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAACAAACTGCTAACGTTATCCCTAGGTAAAAATGGCAGCGAAACCAAAAATTCATACTTGTAGGTTAATGAATACACAGCCAATGTTGCTAACCTACCATTGGGGGGTATAATATTACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTaa > 1:359190/1‑251 (MQ=255) tatTACTCGTGCTTTAAATAATCATGAATTAATTATTTGTTTGACCTACCTGGATGCTGAAATTTAGATCTATTAAATTCTTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAACAAACTGCTAACGTTATCCCTAGGTAAAAATGGCAGCGAAACCAAAAATTCATACTTGTAGGTTAATGAATacac > 1:127957/1‑182 (MQ=255) 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gCTAACGTTATCCCTAGGTAAAAATGGCAGCGAAACCAAAAATTCATACTTGTAGGTTAATGAATACACAGCCAATGTTGCTAACCTACCATTGGGGGGTATAATATTACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTAAACTTACCATCTAATAAAGATTTAATACAAGAGCTCTCACTACCACAATCAACATATTTAAc > 1:446746/1‑198 (MQ=255) | ATACTAAAAGAATAAGCATAAAAAGAAGCTCAAGCGTAACTGCGCCCTTTTTATTACGAAAAAATTTTTTAATACTAGTGATGATATTTTTTTTCATGTTTTTATACCGGTGATTAACCATTTGCAATTATATTACTCGTGCTTTAAATAATCATGAATTAATTATTTGTTTGACCTACCTGGATGCTGAAATTTAGATCTATTAAATTCTTGTACGGCTACAAACTTACGTGACAACAAACTGCTAGCGTTATCCCTAGGTAAAAATGGCAGCGAAACCAAAAATTCATACTTGTAGGTTAATGAATACACAGCCAATGTTGCTAACCTACCATTGGGGGGTATAATATTACCGTTTCTGTCTTTTGTAGGCTGCCTAAACTTACCATCTAATAAAGATTTAATACAAGAGCTCTCACTACCACAATCAACATATTTAACATCAATTTCATAACCGCCATTTTTATCCAAACGGGCAAGATAGCCTAT > 1/884611‑885099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |