| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 755,977 | A→C | intergenic (‑135/+178) | unknown ← / ← unknown | SSU ribosomal protein S2p (SAe)/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 755,977 | 0 | A | C | 95.5% | 243.8 / ‑5.7 | 88 | intergenic (‑135/+178) | unknown/unknown | SSU ribosomal protein S2p (SAe)/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/4); new base C (45/39); total (45/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTTGCGTGGTCCGAAAATGAACGGTTTCATTTTTGGGTTCCAGTAACGGGTTTGGTGACCGAAGTGAACACCTGCCTGAAGCATATCGCGCATAGAAACTTGTGCCATAATAATTTTCCTTTTGTTTGGGGTTTAGCCTCCACATACCCAGCCAATCGACCGTTTGGCACCCCGATTTAGCCTTACTGATATGTGTGTGTTTTAGTAAGTTTGATTAAAAATTGAACGTTATTTTTAAACAGAAAAATAACGGCGTGCTTTATACCATAAAGTGCGGTCGGTTTCCAGCGGATTTTTTGACGAGGATAAATAGATAATGATTTGTCCGAAGTACCCCGCCGATGATAAATATCAACACTCCTAAAGCAACTAAAGTCGATGCCGGCGCGGGCGAATTCGTCCTGATCGAATATATCTAGTTCAAAAGGCAGTTGATAAAGAGTGAAATCTTTGTTGACGATGTTGCCCGTGGTGAACAGGCTGTGGA > 1/755734‑756221 | cGTTGCGTGGTCCGAAAATGAACGGTTTCATTTTTGGGTTCCAGTAACGGGTTTGGTGACCGAAGTGAACACCTGCCTGAAGCATATCGCGCATAGAAACTTGTGCCATAATAATTTTCCTTTTGTTTGGGGTTTAGCCTCCACATACCCAGCCAATCGACCGTTTGGCACCCCGATTTAGCCTTACTGATATGTGTGTGTTTTAGTAAGTTTGATTAAAAATTGAACGTTATTTTTAAACAGCAAAATaa < 1:305424/251‑1 (MQ=255) gTTGCGTGGTCCGAAAATGAACGGTTTCATTTTTGGGTTCCAGTAACGGGTTTGGTGACCGAAGTGAACACCTGCCTGAAGCATATCGCGCATAGAAACTTGTGCCATAATAATTTTCCTTTTGTTTGGGGTTTAGCCTCCACATACCCAGCCAATCGACCGTTTGGCACCCCGATTTAGCCTTACTGATATGTGTGTGTTTTAGTAAGTTTGATTAAAAATTGAACGTTATTTTTAAACAGCAAAATaa > 1:536413/1‑250 (MQ=255) tGCGTGGTCCGAAAATGAACGGTTTCATTTTTGGGTTCCAGTAACGGGTTTGGTGACCGAAGTGAACACCTGCCTGAAGCATATCGCGCATAGAAACTTGTGCCATAATAATTTTCCTTTTGTTTGGGGTTTAGCCTCCACATACCCAGCCAATCGACCGTTTGGCACCCCGATTTAGCCTTACTGATATGTGTGTGTTTTAGTAAGTTTGATTAAAAATTGAACGTTATTTTTAAACAGCAAAATAACgg < 1:555431/251‑1 (MQ=255) tGCGTGGTCCGAAAATGAACGGTTTCATTTTTGGGTTCCAGTAACGGGTTTGGTGACCGAAGTGAACACCTGCCTGAAGCATATCGCGCATAGAAACTTGTGCCATAATAATTTTCCTTTTGTTTGGGGTTTAGCCTCCACATACCCAGCCAATCGACCGTTTGGCACCCCGATTTAGCCTTACTGATATGTGTGTGTTTTAGTAAGTTTGATTAAAAATTGAACGTTATTTTTAAACAGCAAAATAACgg < 1:887688/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |