| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 623,696 | T→C | intergenic (‑47/+74) | unknown ← / ← unknown | Transcriptional regulator, MerR family/Zn‑ribbon‑containing, possibly RNA‑binding protein and truncated derivatives |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 623,696 | 0 | T | C | 99.0% | 299.9 / NA | 104 | intergenic (‑47/+74) | unknown/unknown | Transcriptional regulator, MerR family/Zn‑ribbon‑containing, possibly RNA‑binding protein and truncated derivatives |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (45/58); minor base A (1/0); total (46/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
ATTTGATTTCTTTAAGAGACATATCCAAGGAGCGGCAATAACAAATAAACGACAGGCGTTGCAGGTGCTCGTCCGTGTATAAACGAAAACCGCCGGCGGAACGGGGCGGGCATGGCATTAAGCCTTTTTGTTCGTAAAATCGGATGGCTTCCACGCTGCATCCTACGGCTTTGGCTAATTTCCCTATTTTCATGTTATCTCCGTAAAAACGTCCGTGAAAACGACCGCACAAAAAGCAATGCTTTTTGAACGTCGGTTCTACCGACGG‑CCCCGAAAGGGTGAACAATCAAGCCAGCCTTGATTGTGAATACTTTTAGGCACCGCGGCGAAATTCGGGGTTGATGTAAAAGGTTAATTGCGTGATTTCCGGCAAATGTTGCTGAATTAAACGTAATAATTCCCGCTGACGAAACAAAAAACTTTGCCGCACCATGGCATTCGCCACTTCAATGCGCAAACTGTTTTGTTCTATATTGGCAAT > 1/623457‑623937 | aTTTGATTTCTTTAAGAGACATATCCAAGGAGCGGCAATAACAAATAAACGACAGGCGTTGCAGGTGCTCGTCCGTGTATAAACGAAAACCGCCGGCGGAACGGGGCGGGCATGGCATTAAGCCTTTTTGTTCGTAAAATCGGATGGCTTCCACGCTGCACCCTACGGCTTTGGCTAATTTCCCTATTTTCATGTTATCTCCGTAAAAACGTCCGTGAAAACGACCGCACAAAAAGCAACGCTTTTTGaa > 1:122347/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |