Predicted mutation
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RA	1	601,427	C→T	S230N (AGC→AAC)	unknown ←	Phage repressor protein cI

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*	1	601,427	0	C	T	100.0%	118.7 / NA	44	S230N (AGC→AAC)	unknown	Phage repressor protein cI
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GGACAGAATCAATGAAATAAAGGGCTGAAAGAAATTTTGGCCCTTTTTTATTGGGTGGTTTTGTCGTTAAAGTTAGTTTTAGAAAAAAAGTGGCTAAAATCTAAAAAGGGCGGTTTTAGCCACTTAATTGTAGAAAAACAAAAAGGCGTTTAAAAAACGTTTAAAGACCGTTTAAATTACGCTTTTGCCGATGTAGGCAACTTGTCCGATTATCTCCAATTTGTCCGCTTCCTCTTTGGTTAGCGTTATCGGGGCGTACTCTTCTTTGTTGTCTGAAATGAGCTCTATGCCGTTCCAGTTGAGTTTTACGCGCTTAACCCATACGCTTTCGCGGTTTTGCACTAAATAGATTTTATCG  >  1/601246‑601603                                                                                                                                                                                      |                                                                                                                                                                                 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                                                           tttGTCGTTAAAGTTAGTTTTAGAAAAAAAGTGGCTAAAATCTAAAAAGGGCGGTTTTAGCCACTTAATTGTAGAAAAACAAAAAGGCGTTTAAAAAACGTTTAAAGCCCGTTTAAATAAGGTTTTTCCCGATGTgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatattcttctttattgtctgaaatgagctctaacccgtcccaattgattttaacg                                                  <  1:709294‑M1/251‑117 (MQ=255)                                                               gTCGTTAAAGTTAGTTTTAGAAAAAAAGTGGCTAAAATCTAAAAAGGGCGGTTTTAGCCACTTAATTGTAGAAAAACAAAAAGGCGTTTAAAAAACGTTTAAAGCCCGTTTAAATAAGGTTTTTCCCGATGTgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatattcttctttattgtctgaaatgagctctaacccgtcccaattgattttaacgcg                                                >  1:357640‑M1/1‑132 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑