| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 90,641 | A→G | L163P (CTA→CCA) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 90,641 | 0 | A | G | 99.2% | 354.5 / NA | 119 | L163P (CTA→CCA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (54/64); total (55/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CTCCAAATTAAGTCCCGCGAGGGCTTTGATATTACCGTTATTAATCCCAATAAGCGCTTGCTGGCAACCAGTTGCCTAGTATTTTTTGCGCATCCTCAATGCTTCCGCCTTCATCAAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTAGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGCTCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGC‑TTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGGTACTTAGCTTCTAATCTCGCTTCTTTAGCTTTTGCCAATTCTTTGGCGTTTGCTTTAAATGCCTCGTGTTCCGCTTTGCGAAATGCTCTTAAAGTTTTGCAACTTTCATCGTCTAAAATTGCGATCCCTTTA > 1/90399‑90886 | cTCCAAATTAAGTCCCGCGAGGGCTTTGATATTACCGTTATTAATCCCAATAAGCGCTTGCTGGCAACCAGTTGCCTAGTATTTTTTGCGCATCCTCAATGCTTCCGCCTTCATCAAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGt > 1:746123/1‑251 (MQ=255) aaGTCCCGCGAGGGCTTTGATATTACCGTTATTAATCCCAATAAGCGCTTGCTGGCAACCAGTTGCCTAGTATTTTTTGCGCATCCTCAATGCTTCCGCCTTCATCAAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTg < 1:642920/251‑1 (MQ=255) tCCCGCGAGGGCTTTGATATTACCGTTATTAATCCCAATAAGCGCTTGCTGGCAACCAGTTGCCTAGTATTTTTTGCGCATCCTCAATGCTTCCGCCTTCATCAAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGa < 1:409419/249‑1 (MQ=255) cccGCGAGGGCTTTGATATTACCGTTATTAATCCCAATAAGCGCTTGCTGGCAACCAGTTGCCTAGTATTTTTTGCGCATCCTCAATGCTTCCGCCTTCATCAAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGc < 1:241975/251‑1 (MQ=255) 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1:113605/183‑1 (MQ=255) cTCAATGCTTCCGCCTTCATCAAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATaa < 1:213314/202‑1 (MQ=255) cctcgtcaAGCAATTTTTTGGCTTTGTCGCCTGCGCTGGCTTTGTCGTAGTTTTCGGCGTTGCTATAACTGTCCGCTTTAAGATACATTGCTGCGCGTGGATATTTTTCGCATAA‑CTCGTAAATATTTGATTGGGGGAAGTGTGGCATATTTACGCCGTCGTTATACTCGTCCTCCATTGTTTTCTGGAATTGCTCTTGATAGTAAGCGTGCTCGTTGTATGC‑TTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGATAc < 1:152134/246‑1 (MQ=255) cTTCATCAAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGCTCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGC‑TTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGTTAc < 1:764865/251‑1 (MQ=255) tcatcaAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGCTCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGC‑TTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGTTACtt < 1:547120/251‑1 (MQ=255) tcatcaAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGAGACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGATCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGC‑TTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGTTACtt < 1:439322/251‑1 (MQ=255) gtcaAGCAATTTTTTGGCTTTGTCGCCTGCGCTGGCTTTGTCGTAGTTTTCGGCGTTGCTATAACTGTCCGCTTTAAGATACATTGCTGCGCGTGGATATTTTTCGCATAA‑CTCGTAAATATTTGATTGGGGGAAGTGTGGCATATTTACGCCGTCGTTATACTCGTCCTCCATTGTTTTCTGGAATTGCTCTTGATAGTAAGCGTGCTCGTTGTATGC‑TTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGATACTTAg > 1:440390/2‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |