| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 457,418 | T→C | intergenic (+777/‑119) | unknown → / → unknown | Uncharacterized protein YnbE/Integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 457,418 | 0 | T | C | 100.0% | 258.0 / NA | 85 | intergenic (+777/‑119) | unknown/unknown | Uncharacterized protein YnbE/Integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (44/41); total (44/41) | |||||||||||
GACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAATAACAATCCAAAGCAAACTTATCAAATCCCAAAAGCCCTTGAAAATATTAACCCCAAGGGCTTTTTTATATCCTAAGCGTTCCTACCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGATATAACTAAAATCGCACAAAACCTGTTAGAAAAAAGTGTTACCGATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTTGGAAAGAAGCGATATGGCACGCATAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGATAAAGCTAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAGCCCAATGGGGC > 1/457183‑457655 | gACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAATAACAAACCAAAGCAAACTTATCAAATCCTAAAAGCCCTTGAAAGTATTAACTTTAAGGGC‑TTTTTATATCCTAAGCGTTCCTATCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTa > 1:661077/1‑251 (MQ=255) 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ttATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGc < 1:54179/250‑1 (MQ=255) ataCTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTAccc < 1:10230/230‑1 (MQ=255) ataCTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCttt > 1:791832/1‑251 (MQ=255) aCTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGc < 1:478322/239‑1 (MQ=255) aCTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTAt > 1:810921/1‑251 (MQ=255) cTGATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATc < 1:171987/251‑1 (MQ=255) gATAGCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCg < 1:780110/231‑1 (MQ=255) gCCGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAg > 1:882528/1‑177 (MQ=255) ccGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATgg < 1:575303/151‑1 (MQ=255) ccGTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCg < 1:350616/226‑1 (MQ=255) gTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAAc > 1:179572/1‑172 (MQ=255) gTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGac < 1:351965/187‑2 (MQ=255) gTATAACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTa > 1:861209/1‑251 (MQ=255) taACAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTc > 1:216964/1‑110 (MQ=255) aCAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAAtt < 1:717413/92‑1 (MQ=255) aCAAAATCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAAccc < 1:530648/251‑1 (MQ=255) aaTCGGTATAACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTAcc < 1:680824/208‑1 (MQ=255) cggtataACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTaaacc < 1:351680/240‑4 (MQ=255) cggtataACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATgggg > 1:778197/4‑251 (MQ=255) gtataACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATGGGGc < 1:626641/249‑1 (MQ=255) gtataACTAAAACCATACAAAACCTGTTAGCAAAAGGTTTTACTCATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTCAGAACTAAGCGATATGGCACGCACAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGACAAAGCCAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAACCCAATGGGGc < 1:131982/249‑1 (MQ=255) | GACTAAACGTGTAGTGCTAACGGCAGAGGAATTTCGGACGGGGGTTCAACTCCCCCCAGCTCCACCAAATAACAATCCAAAGCAAACTTATCAAATCCCAAAAGCCCTTGAAAATATTAACCCCAAGGGCTTTTTTATATCCTAAGCGTTCCTACCCAATCCTATAAAATCCTTGAATTTTAGTTATACGTTTAGTTATACTGATAGCCGTATAACAAAATCGATATAACTAAAATCGCACAAAACCTGTTAGAAAAAAGTGTTACCGATGTTTTAGCTATACCTGATTTTTTAAAAGTCTGAATTGCCGTCAGAGTTATTCAGAATAATTTTCAACTCTTGGAAAGAAGCGATATGGCACGCATAATCACACCGCTAAACAGCACGAAAATAGATAAAGCTAAGCCGCAGGAAAAGGAATTTACCCTATCCGATGGCAAAGGGCTTTATCTGTTGGTTAAGCCCAATGGGGC > 1/457183‑457655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |