| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 439,587 | A→G | intergenic (‑56/+529) | unknown ← / ← unknown | Transposase, IS200 family/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 439,587 | 0 | A | G | 87.8% | 80.6 / 2.9 | 41 | intergenic (‑56/+529) | unknown/unknown | Transposase, IS200 family/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/1); new base G (11/25); total (15/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATACCAAATCAGCGACCTTATTGCCCATTATTCGAGAGCAATTCAAGCCTGATAGCACCGTTTATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCC > 1/439348‑439747 | ggtccacatatcctttcttcgataaattatcctgaatcatgtcttccttttcctgattccttatatCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTAt > 1:389451‑M2/67‑251 (MQ=255) tcctttcttcgataaattatcctgaatcatgtcttccttttcctgattccttatatCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCg > 1:776683‑M2/57‑249 (MQ=255) 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1:555390/231‑1 (MQ=14) ttCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTGTTATAGCTAGACAACGTCTAGCt < 1:683253/251‑1 (MQ=255) ttCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTGTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTAT‑AACaaaa > 1:423367/1‑251 (MQ=255) ttcttcTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGc > 1:733964/1‑190 (MQ=31) cttctATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACg < 1:823261/187‑1 (MQ=14) cttctATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTGTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTAT‑AACAAAAAGCCCCGATGCTCTca > 1:697884/1‑250 (MQ=255) ctATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTGTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTAT‑AACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATc < 1:431610/251‑1 (MQ=255) ctATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTGTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTAT‑AACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATc < 1:383538/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=17) aTGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTGTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTAT‑AACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATc < 1:864807/230‑1 (MQ=255) gtgATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGt < 1:406391/174‑1 (MQ=17) ttACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGt > 1:605431/1‑167 (MQ=32) gTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGt < 1:11793/162‑1 (MQ=17) 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tgATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCCCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTGTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTAT‑AACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGccc < 1:677476/251‑1 (MQ=12) | AATACCAAATCAGCGACCTTATTGCCCATTATTCGAGAGCAATTCAAGCCTGATAGCACCGTTTATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCC > 1/439348‑439747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |