| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 308,365 | T→C | I196V (ATA→GTA) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 308,365 | 0 | T | C | 100.0% | 157.3 / NA | 57 | I196V (ATA→GTA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (33/24); total (33/24) | |||||||||||
TAATTTGTTTGGAGTGGGAGTTGCTATTTTCGGTAGAAATACTGTCCCATGATAGTGCCTGAGTACTCTTTCTTTTTCTAAATATATTTGTTGTCAGCATCATATCATACCAAATAGTAGCATCCAATTCTGAAGTACGCACCCCAAGTGCTTGGGCAAATTCTAAAAACTGCTCCTCTAAC‑TTTAAATAATTTTTTTCAACTGTTAAATTAGTATCAAAAAACTTCGCTATCCTT‑CCCGCTCTTAATATATGGACATCTAAGATAGCAACATCATCAGCATCAAGCCAATTTCTTGCTATCCAAGACGCCGTTTTATAACCAATTCCTTGTATTTGTAATAACCAATTTCTTAATTGTTTACCATTACCAAATGGTGGGTTGGTTTCTTTCAGAAATTTTAGAGCTTCAGCGAGATAATATGATTTTTGTTTTGCAAAACGATATTTAACTTTTTTTCCATTAATTTGTAATG > 1/308134‑308607 | tAATTTGTTTGGAGTGGGAGTTGCTATTTTCGGTAGAAATACTGTCCCATGATAGTGCCTGAGTACTCTTTCTTTTTCTAAATATATTTGTTGTCAGCATCATATCATACCAAATAGTAGCATCCAATTCTGAAGTACGCACCCCAAGTGCTTGGGCAAATTCTAAAAACTGCTCCTCTAAC‑TTTAAATAATTTTTTTCAACTGTTAAATTAGTATCAAAAAACTTCGCTACCCTT‑CCCGCTCTTAatata < 1:116677/251‑1 (MQ=255)tAATTTGTTTGGAGTGGGAGTTGCTATTTTCGGTAGAAATACTGTCCCATGATAGTGCCTGAGTACTCTTTCTTTTTCTAAATATATTTGTTGTCAGCATCATATCATACCAAATAGTAGCATCCAATTCTGAAGTACGCACCCCAAGTGCTTGGGCAAATTCTAAAAACTGCTCCTCTAAC‑TTTAAATAATTTTTTTCAACTGTTAAATTAGTATCAAAAAACTTCGCTACCCTT‑CCCGCTCTTAatata < 1:785084/251‑1 (MQ=255) ttgtttgGAGTGGGAGTTGCTATTTTCGGTAGAAATACTGTCCCATGATAGTGCCTGAGTACTCTTTCTTTTTCTAAATATATTTGTTGTCAGCATCATATCATACCAAATAGTAGCATCCAATTCTGAAGTACGCACCCCAAGTGCTTGGGCAAATTCTAAAAACTGCTCCTCTAAC‑TTTAAATAATTTTTTTCAACTGTTAAATTAGTATCAAAAAACTTCGCTACCCTT‑CCCGCTCTTAATATATGGa < 1:138357/251‑1 (MQ=255) tGGGAGTTGCTATTTTCGGTAGAAATACTGTCCCATGATAGTGCCTGAGTACTCTTTCTTTTTCTAAATATATTTGTTGTTAGCATCATATCATACCAAATAGTAGCATCCAATTCTGAAGTACGCACCCCAAGTGCTTGGGCAAATTCTAAAAACTGCTCCTCTAAC‑TTTAAATAATTTTTTTCAACTGTTAAATTAGTATCAAAAAACTTCGCTACCCTT‑CCCGCTCTTAATATATGGACATCTAAGa < 1:430259/250‑1 (MQ=255) 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TAATTTGTTTGGAGTGGGAGTTGCTATTTTCGGTAGAAATACTGTCCCATGATAGTGCCTGAGTACTCTTTCTTTTTCTAAATATATTTGTTGTCAGCATCATATCATACCAAATAGTAGCATCCAATTCTGAAGTACGCACCCCAAGTGCTTGGGCAAATTCTAAAAACTGCTCCTCTAAC‑TTTAAATAATTTTTTTCAACTGTTAAATTAGTATCAAAAAACTTCGCTATCCTT‑CCCGCTCTTAATATATGGACATCTAAGATAGCAACATCATCAGCATCAAGCCAATTTCTTGCTATCCAAGACGCCGTTTTATAACCAATTCCTTGTATTTGTAATAACCAATTTCTTAATTGTTTACCATTACCAAATGGTGGGTTGGTTTCTTTCAGAAATTTTAGAGCTTCAGCGAGATAATATGATTTTTGTTTTGCAAAACGATATTTAACTTTTTTTCCATTAATTTGTAATG > 1/308134‑308607 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |