| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 258,984 | G→A | intergenic (‑115/+74) | unknown ← / ← unknown | Transposase, IS200 family/SSU ribosomal protein S17p (S11e) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 258,984 | 0 | G | A | 96.6% | 313.6 / 0.1 | 120 | intergenic (‑115/+74) | unknown/unknown | Transposase, IS200 family/SSU ribosomal protein S17p (S11e) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base A (58/57); total (60/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
AATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTTGTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGTTAATTAAGCAATTACTGCTTTCTCAACTACACGAACTAAAGTCCATGATTTAGTTTTAGAAATTGGACGACATTCGCGAACTTCTACTAAATCACCTAATTTAGCTTCGTTGTTTTCATCGTGCACATGTAGTTTGGTTGTGCGACGGATAAACTTGCCATAAAGTGG > 1/258771‑259222 | aaTGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTTATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAg < 1:526958/251‑1 (MQ=17) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |