| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 142,359 | A→G | C144R (TGT→CGT) | unknown ← | FIG140336: TPR domain protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 142,359 | 0 | A | G | 99.2% | 374.5 / ‑6.5 | 130 | C144R (TGT→CGT) | unknown | FIG140336: TPR domain protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (66/63); total (66/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CGCGTTGCCACGCCTGCCAGCCACCGATACGTGTACCCGCTTTTGGTGCATTACTGACGTTCGATTCATTTAAAAAACTAATACCGCCGCTGATTCTCCATTGATCACGTTGGTTGATCGCCGTTAAATACTGATCGATCACGTGCTGCGATTGTTCATCATTCACTTCCGCACGGAGTTTTTGGAACTGATCTTTTGCTGCTTCGTTATCATTATTCAAAAATAACGCGTGCGCTAATTGATAACACAACTGCAAAATATCGGGACGTTGTGCAAACAAAATGCGATATTCCTGCACCGCACGGGAATAATTCCCTTGTTTGGTCGCTATAATGGCCTCCGCCCAAGCTAATAAAAATGGATCCTGCTGTGGCAGATTCTGGTATAACGGCAACAGCAGTTCCACCGCCTCCGTATTATTCTGCAGCACCGCCGGAATCAACCCGCGAATAATTAAGTCAGGATGCTTTGCCAGCTCTTCTTTGGTGATGGA > 1/142113‑142605 | cgcgTTGCCACGCCTGCCAGCCACCGATACGTGTACCCGCTTTTGGTGCATTACTGACGTTCGATTCATTTAAAAAACTAATACCGCCGCTGATTCTCCATTGATCACGTTGGTTGATCGCCGTTAAATACTGATCGATCACGTGCTGCGATTGTTCATCATTCACTTCCGCACGGAGTTTTTGGAACTGATCTTTTGCTGCTTCGTTATCATTATTCAAAAATAACGCGTGCGCTAATTGATAACGCaa > 1:569286/1‑250 (MQ=255) 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CGCGTTGCCACGCCTGCCAGCCACCGATACGTGTACCCGCTTTTGGTGCATTACTGACGTTCGATTCATTTAAAAAACTAATACCGCCGCTGATTCTCCATTGATCACGTTGGTTGATCGCCGTTAAATACTGATCGATCACGTGCTGCGATTGTTCATCATTCACTTCCGCACGGAGTTTTTGGAACTGATCTTTTGCTGCTTCGTTATCATTATTCAAAAATAACGCGTGCGCTAATTGATAACACAACTGCAAAATATCGGGACGTTGTGCAAACAAAATGCGATATTCCTGCACCGCACGGGAATAATTCCCTTGTTTGGTCGCTATAATGGCCTCCGCCCAAGCTAATAAAAATGGATCCTGCTGTGGCAGATTCTGGTATAACGGCAACAGCAGTTCCACCGCCTCCGTATTATTCTGCAGCACCGCCGGAATCAACCCGCGAATAATTAAGTCAGGATGCTTTGCCAGCTCTTCTTTGGTGATGGA > 1/142113‑142605 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |