| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 128,021 | C→T | P10L (CCA→CTA) | unknown → | Type IV pilin PilA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 128,021 | 0 | C | T | 100.0% | 255.8 / NA | 89 | P10L (CCA→CTA) | unknown | Type IV pilin PilA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (29/60); total (29/60) | |||||||||||
ATGTCCTGCGGGTCGGGGCGTTGGTCAAAGTGAGGAGAAAGCACCCGTCTTTCATCAAGCAACCAACCGTCTTTAATTTGTCGTTGTTTTTCCGTCATAAGATTTTCTTTTTGCGATCGGGATCCCATAAAAGTGCGGTGGAATTTTACGGTGTTTTTTACCTTAGGCAAAATGCCCGCGCCCAATTTGGCACACATTATTTTTTACAAAGGTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCCAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGTAGCCGTACCATCTTATCAAAATTACACTAAAAAAGCGGCGGTTTCCGAATTATTACAAGCCTCCGCCCCATTACGTTCCGAAGTGGAACTCTGTATTTATAACACCGGTAAGGCTGAAAATTGTAGCGGCGGACAAAACGGCATTCAAGCAGATGTTGCAGATGCTTCGAA > 1/127774‑128267 | aTGTCCTGCGGGTCGGGGCGTTGGTCAAAGTGAGGAGAAAGCACCCGTCTTTCATCAAGCAACCAACCGTCTTTAATTTGTCGTTGTTTTTCCGTCATAAGATTTTCTTTTTGCGATCGGGATCCCATAAAAGTGCGGTGGAATTTTACGGTGTTTTTTACCTTAGGCAAAATGCCCGCGCCCAATTTGGCACACATTATTTTTTACAAAGGTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCTaaa > 1:656803/1‑251 (MQ=255) 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aTTTGGCACACATTATTTTTTACAAAGGTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCTAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGt > 1:354900/1‑139 (MQ=255) aTTTGGCACACATTATTTTTTACAAAGGTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCTAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGTAGCCGTACCATCTTATCAAAATTACACTAAAAAAGCGGCGGTTTCCGAATTATTACAAGCCTCCGCCCCATTACGTTCCGAAGTGGAAc < 1:398348/228‑1 (MQ=255) ttGGCACACATTATTTTTTACAAAGGTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCTAAAATTCGTTAAAAAAGGGGTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGTAGCCGTACCATCTTATCAAAATTACACTAAAAAAGCGGCGGTTTCCGAATTATTACAAGCCTCCGCCCCATTACGTTCCGAAGTGGAACTCTGTATTTATAACACCGGTAAGGc < 1:438257/251‑1 (MQ=255) acaTTATTTTTTACAAAGGTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCTAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGTAGCCGTACCATCTTATCAAAATTACACTAAAAAAGCGGCGGTTTCCGAATTATTACAAGCCTCCGCCCCATTACGTTCCGAAGTGGAACTCTGTATTtata > 1:515619/1‑231 (MQ=255) 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(MQ=255) attTTTTACAAAGGTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCTAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGTAGCCGTACCATCTTATCAAAATTACACTAAAAAAGCGGCGGTTTCCGAATTATTACAAGCCTCCGCCCCATTACGTTCCGAAGTGGAACTCTGTATTTATAACACCgg < 1:812602/233‑1 (MQ=255) attTTTTACAAAGGTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCTAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGTAGCCGTACCATCTTATCAAAATTACACTAAAAAAGCGGCGGTTTCCGAATTATTACAAGCCTCCGCCCCATTACGTTCCGAAGTGGAACTCTGTATTTATAACACCGGTAAGGCTGAAAATTGTAg > 1:657693/1‑251 (MQ=255) ttttACAAAGGTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCTAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGTAGCCGTACCATCTTATCAAAATTACACTAAAAAAGCGGCGGTTTCCGAATTATTACAAGCCTCCGCCCCATTACGTTCCGAAGTGGAACTCTGTATTTATAACACCGGTAAGGCTGAAAATTGTAgcgg < 1:183726/251‑1 (MQ=255) ggTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCTAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTAttg < 1:836530/94‑1 (MQ=255) 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cgTTTATTTCGCTAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGTAGCCGTACCATCTTATCAAAATTACACTAAAAAAGCGGCGGTTTCCGAATTATTACAAGCCTCCGCCCCATTACGTTCCGAAGTGGAACTCTGTATTTATAACACCGGTAAGGCTGAAAATTGTAGCGGCGGACAAAACGGCATTCAAGCAGATGTTGCAGAt < 1:17739/251‑1 (MQ=255) tCGCTAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGTAGCCGTACCATCTTATCAAAATTACACTAAAAAAGCGGCGGTTTCCGAATTATTACAAGCCTCCGCCCCATTACGTTCCGAAGTGGAACTCTGTATTTATAACACCGGTAAGGCTGAAAATTGTAGCGGCGGACAAAACGGCATTCAAGCAGATGTTGCAGATGCTTCGaa > 1:300398/1‑251 (MQ=255) | ATGTCCTGCGGGTCGGGGCGTTGGTCAAAGTGAGGAGAAAGCACCCGTCTTTCATCAAGCAACCAACCGTCTTTAATTTGTCGTTGTTTTTCCGTCATAAGATTTTCTTTTTGCGATCGGGATCCCATAAAAGTGCGGTGGAATTTTACGGTGTTTTTTACCTTAGGCAAAATGCCCGCGCCCAATTTGGCACACATTATTTTTTACAAAGGTATTTTTATGAAAATTCAATCCGCGTTTATTTCGCCAAAATTCGTTAAAAAAGGGTTTACATTAATCGAATTAATGATCGTCATCGCTATTGTTGCTATTCTCGCCACCGTAGCCGTACCATCTTATCAAAATTACACTAAAAAAGCGGCGGTTTCCGAATTATTACAAGCCTCCGCCCCATTACGTTCCGAAGTGGAACTCTGTATTTATAACACCGGTAAGGCTGAAAATTGTAGCGGCGGACAAAACGGCATTCAAGCAGATGTTGCAGATGCTTCGAA > 1/127774‑128267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |