| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 2,058,448 | C→G | intergenic (+19/‑588) | unknown → / → unknown | tRNA‑Cys‑GCA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 2,058,448 | 0 | C | G | 100.0% | 167.5 / NA | 57 | intergenic (+19/‑588) | unknown/unknown | tRNA‑Cys‑GCA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (26/31); total (26/31) | |||||||||||
TTTTTTAATTGTTTGTTGACAGTTTTAGATAAGTCAGTAAAATGCACCGCACTAAAGACAAACGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACAACCTTGCCAAGGTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAAACTAACGGCGTGTTAGCAAAGCGGTTATGCACTGGATTGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTACCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAGGAATTGAAAAGATTTAATGTTTATAAAGCAAATGAACTCACAGTCAATCGCCATAAACTGACGGAGTAATAAACAAAGTTAATTTATATAGTTTTGCTTGTTTAAATCTTCTTAAACTTTAAAAATGGAATGGCTATAGAATATAAAACAGTGAAAATTTCATATATAAGGGTTATACTAGGTTTATAG > 1/2058209‑2058676 | ttttttAATTGTTTGTTGACAGTTTTAGATAAGTCAGTAAAATGCACCGCACTAAAGACAAACGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACAACCTTGCCAAGGTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAAACTAACGGCGTGTTAGCAAAGCGGTTATGCACTGGATTGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCa > 1:55001/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) gTAGAGCACAACCTTGCCAAGGTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAAACTAACGGCGTGTTAGCAAAGCGGTTATGCACTGGATTGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAGGAATTGAAAAGATTTAATGTTTATAAAGCAAATGAACTCACAGTCAATCGCCa > 1:555660/1‑251 (MQ=255) gTAGAGCACAACCTTGCCAAGGTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAAACTAACGGCGTGTTAGCAAAGCGGTTATGCACTGGATTGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAGGAATTGAAAAGATTTAATGTTTATAAAGCAAATGAACTCACAGTCAATCGCCa > 1:499916/1‑251 (MQ=255) gagCACAACCTTGCCAAGGTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAAACTAACGGCGTGTTAGCAAAGCGGTTATGCACTGGATTGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAGGAATTGAAAAGATTTAATGTTTATAAAGCAAATGAACTCACAGTCAATCGCCATaa > 1:709170/1‑251 (MQ=255) 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tGCCAAGGTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAAACTAACGGCGTGTTAGCAAAGCGGTTATGCACTGGATTGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAGGAATTGAAAAGATTTAATGTTTATAAAGCAAATGAACTCACAGTCAATCGCCATAAACTGACGGAGt > 1:87192/1‑251 (MQ=255) ggTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAAACTAACGGCGTGTTAGCAAAGCGGTTATGCACTGGATTGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAgg < 1:503891/179‑1 (MQ=255) ggTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAAACTAACGGCGTGTTAGCAAAGCGGTTATGCACTGGATTGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAgg > 1:219118/1‑179 (MQ=255) gTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAAACTAACGGCGTGTTAGCAAAGCGGTTATGCACTGGATTGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAGGAATTGAAAAGATTTAATGTTTATAAAGCAAATGAACTCACAGTCAATCGCCATAAACTGACGGAGtaataa < 1:500975/249‑1 (MQ=255) 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1:709608/106‑1 (MQ=255) ttGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAGGAATTGAAAAGATTTAATGTTTATAAAGCAAATGAACTCACAGTCAATCGCCATAAACTGACGGAGTAATAAACAAAGTTAATTTATATAGTTTTGCTTGTTTAAATCTTCTTAAACTTTAAAAATGGAATGGCTATAGAATATAAAAc < 1:877545/251‑1 (MQ=255) ttGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAGGAATTGAAAAGATTTAATGTTTATAAAGCAAATGAACTCACAGTCAATCGCCATAAACTGACGGAGTAATAAACAAAGTTAATTTATATAGTTTTGCTTGTTTAAATCTTCTTAAACTTTAAAAATGGAATGGCTATAGAATATAAAAc < 1:228677/251‑1 (MQ=255) tCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAGGAATTGAAAAGATTTAATGTTTATAAAGCAAATGAACTCACAGTCAATCGCCATAAACTGACGGAGTAATAAACAAAGTTAATTTATATAGTTTTGCTTGTTTAAATCTTCTTAAACTTTAAAAATGGAATGGCTATAg > 1:89229/1‑234 (MQ=255) aTGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTAGCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAg > 1:744538/1‑92 (MQ=255) 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TTTTTTAATTGTTTGTTGACAGTTTTAGATAAGTCAGTAAAATGCACCGCACTAAAGACAAACGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACAACCTTGCCAAGGTTGGGGTCGCGAGTTCGAGCCTCGTTTCCCGCTCCAAAACTAACGGCGTGTTAGCAAAGCGGTTATGCACTGGATTGCAAATCCATGTAGCTCGGTTCGACTCCGGGACACGCCTCCATAACTCCCTACGCAGCTACCCAGTCACTCAGCTCGAGTGGTGGAGTCGTGGGTATAAGGAATTGAAAAGATTTAATGTTTATAAAGCAAATGAACTCACAGTCAATCGCCATAAACTGACGGAGTAATAAACAAAGTTAATTTATATAGTTTTGCTTGTTTAAATCTTCTTAAACTTTAAAAATGGAATGGCTATAGAATATAAAACAGTGAAAATTTCATATATAAGGGTTATACTAGGTTTATAG > 1/2058209‑2058676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |