| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 102,011 | C→T | G143D (GGC→GAC) | unknown ← | DNA transposition protein Mup03, A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 102,011 | 0 | C | T | 99.1% | 297.6 / NA | 105 | G143D (GGC→GAC) | unknown | DNA transposition protein Mup03, A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (46/58); minor base G (1/0); total (47/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGCACTTGCCGCACGTTTCAAGCGTTCATAACAAGATCCAAACTGAGGGCGCTCATTACGGAAATAGTCGGCGCGGAAAAATGCCCAAGCTTCAGGGGTAAAAGCGGCCTCACGGCTTTCGCTGTGCGCACCGTAGCTATCCATCAAAAGCGGTAGCCACAAACTACGATCAGCGTCTTTAACTTGATACCACCAAGACTTAAGAGCACTCACTGTTACCGGTTTCTCGCCCGGTTGCAGGCCATCTTGGTTGTGTTTATGGCATACCAATGCCAACGCATCCAAAATCTTCATGCCACCGTTGACCAATTCAGCCACCGCAAACATAATGCCAAGCTTCATCTGCGCTTTTTGTTGTTGCTTTGCAGTGCCTTGTTCATGGCTTGCCCACAA‑CAACTGCGCATCAACAGGCGCACTTTCCTCGGCCAAAACAGGGAGATTTTTCACCGCACTTTTGCCAAGTTTCACCACGATTTCAGCTTGCAC > 1/101770‑102255 | tgCACTTGCCGCACGTTTCAAGCGTTCATAGCAAGATCCAAACTGAGGGCGCTCATTGCGAAAATAGTCAGCGCGGAAAAATGCCCAGGCTTCAGGGGTAAAAGCGGCCGCGCGGCTTTCGCTGTGCGCACCGTAGCTATCCATTAAAAGCGGTAGCCACAAACTACGATCAGCGTCTTTAACTTGATACCACCAAGACTTAAGTGCACTCACCGTGACCGGTTTCTCGCCCGGTTGCAGGTCATCTTGGt < 1:390855/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |