| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,807,617 | C→T | S340N (AGC→AAC) | unknown ← | dNTP triphosphohydrolase, putative |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,807,617 | 0 | C | T | 98.9% | 260.4 / NA | 93 | S340N (AGC→AAC) | unknown | dNTP triphosphohydrolase, putative |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (44/48); total (45/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAACCAGCGGTTGGCGGTGTTGGTGGGGAGCAGGCGTTGCGGATCCGATTCAAAAATTTGGAACATTTCCGTCAAAATGCGTTGACCTTTATATTCCACGCGCTGGGTTTCCACACTATTGATGACATACTTCAACACGAATTTTTTGAACACGTTGAGTACGTCCACCACTTCTTGCGGTAATTCGGCGTTATAACGCAACAGCGGATCGCTGAATTCCGGCTGAATTTTCCAACGTACGCTGGTGATGAAATAGTTGACCAAGGCGCCGATGGCATTTTTGCGTAAGTAATGTTGATCGGAAAACAGTTTTTCGCTGATGTGTTCGATATGTTGACGCATCCACTCCGATTGGCTATTTTTCAGTGCGTTCAGCGCTTCTTGCCATTGCTGCACATTCACCACGCCCACCACGATAGCATCTTCCAAATCGTGCACGCCGTAGGCGATGTCGTCTGCCAGCTCCATAATGCTGCAATCCAAGGAT > 1/1807376‑1807862 | cAACCAGCGGTTGGCGGTGTTGGTGGGGAGCAGGCGTTGCGGATCCGATTCAAAAATTTGGAACATTTCCGTCAAAATGCGTTGACCTTTATATTCCACGCGCTGGGTTTCCACACTATTGATGACATACTTCAACACGAATTTTTTGAACACGTTGAGTACGTCCACCCCTTCTTGCGGTAATTCGGCGTTATAACGCAACAGCGGATCGCTGAATTCCGGCTGAATTTTCCAACGTACGTTGGtgatga > 1:448924/1‑251 (MQ=255) cGGTGTTGGTGGGGAGCAGGCGTTGCGGATCCGATTCAAAAATTTGGAACATTTCCGTCAAAATGCGTTGACCTTTATATTCCACGCGCTGGGTTTCCACACTATTGATGACATACTTCAACACGAATTTTTTGAACACGTTGAGTACGTCCACCACTTCTTGCGGTAATTCGGCGTTATAACGCAACAGCGGATCGCTGAATTCCGGCTGAATTTTCCAACGTACGTTGGTGATGAAATAGTTGACCaa < 1:363626/250‑1 (MQ=255) gtgtTGGTGGGGAGCAGGCGTTGCGGATCCGATTCAAAAATTTGGAACATTTCCGTCAAAATGCGTTGACCTTTATATTCCACGCGCTGGGTTTCCACACTATTGATGACATACTTCAACACGAATTTTTTGAACACGTTGAGTACGTCCACCACTTCTTGCGGTAATTCGGCGTTATAACGCAACAGCGGATCGCTGAATTCCGGCTGAATTTTCCAACGTACGTTGGTGATGAAATAGTTGACCAAgg > 1:397237/1‑250 (MQ=255) gtgtTGGTGGGGAGCAGGCGTTGCGGATCCGATTCAAAAATTTGGAACATTTCCGTCAAAATGCGTTGACCTTTATATTCCACGCGCTGGGTTTCCACACTATTGATGACATACTTCAACACGAATTTTTTGAACACGTTGAGTACGTCCACCACTTCTTGCGGTAATTCGGCGTTATAACGCAACAGCGGATCGCTGAATTCCGGCTGAATTTTCCAACGTACGTTGGTGATGAAATAGTTGACCAAgg > 1:308366/1‑250 (MQ=255) 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CAACCAGCGGTTGGCGGTGTTGGTGGGGAGCAGGCGTTGCGGATCCGATTCAAAAATTTGGAACATTTCCGTCAAAATGCGTTGACCTTTATATTCCACGCGCTGGGTTTCCACACTATTGATGACATACTTCAACACGAATTTTTTGAACACGTTGAGTACGTCCACCACTTCTTGCGGTAATTCGGCGTTATAACGCAACAGCGGATCGCTGAATTCCGGCTGAATTTTCCAACGTACGCTGGTGATGAAATAGTTGACCAAGGCGCCGATGGCATTTTTGCGTAAGTAATGTTGATCGGAAAACAGTTTTTCGCTGATGTGTTCGATATGTTGACGCATCCACTCCGATTGGCTATTTTTCAGTGCGTTCAGCGCTTCTTGCCATTGCTGCACATTCACCACGCCCACCACGATAGCATCTTCCAAATCGTGCACGCCGTAGGCGATGTCGTCTGCCAGCTCCATAATGCTGCAATCCAAGGAT > 1/1807376‑1807862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |