| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,724,447 | T→C | N327N (AAT→AAC) | unknown → | TRAP‑type transport system, periplasmic component, predicted N‑acetylneuraminate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,724,447 | 0 | T | C | 98.9% | 273.3 / ‑3.2 | 91 | coding (981/987 nt) | unknown | TRAP‑type transport system, periplasmic component, predicted N‑acetylneuraminate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (40/50); minor base . (1/0); total (41/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
CGACTTGCCGGAAGATTTACAAAAAGTAGTAAAAGAAGCTGCACAAAAAGCAGCGGAATATCACACCAAACTCTTTGTTGACGGAGAAAAAGAGTTAGTAACTTTCTTTGAAAAACAAGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAATAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAACATGAAAATCTTTAATAAACTTGAAGAATGGATCGGTGGTGTCTTGTTCCTCGTGATATTCTGCATTCTTGTTTTACAAATTCTGTTCAGACAAGTTTTCCAATCTCCATTAATTTGGAGTGAAGAACTGGCAAAACTGCTATTCGTTTATGTGGGTATGCTTGGTATCAGTGT > 1/1724204‑1724689 | cGACTTGCCGGAAGATTTACAAAAAGTAGTAAAAGAAGCTGCACAAAAAGCAGCGGAATATCACACCAAACTCTTTGTTGACGGAGAAAAAGAGTTAGTAACTTTCTTTGAAAAACAAGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAaataat < 1:139205/251‑1 (MQ=255)cGACTTGCCGGAAGATTTACAAAAAGTAGTAAAAGAAGCTGCACAAAAAGCAGCGGAATATCACACCAAACTCTTTGTTGACGGAGAAAAAGAGTTAGTAACTTTCTTTGAAAAACAAGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAaataat < 1:681305/251‑1 (MQ=255) tGCCGGAAGATTTACAAAAAGTAGTAAAAGAAGCTGCACAAAAAGCAGCGGAATATCACACCAAACTCTTTGTTGACGGAGAAAAAGAGTTAGTAACTTTCTTTGAAAAACAAGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACt < 1:607524/251‑1 (MQ=255) gCCGGAAGATTTACAAAAAGTAGTAAAAGAAGCTGCACAAAAAGCAGCGGAATATCACACCAAACTCTTTGTTGACGGAGAAAAAGAGTTAGTAACTTTCTTTGAAAAACAAGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACt > 1:713222/1‑250 (MQ=255) 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acacCAAACTCTTTGTTGACGGAGAAAAAGAGTTAGTAACTTTCTTTGAAAAACAAGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAAc < 1:859923/251‑1 (MQ=255) cacCAAACTCTTTGTTGACGGAGAAAAAGAGTTAGTAACTTTCTTTGAAAAACAAGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAAc > 1:387209/1‑250 (MQ=255) gACGGAGAAAAAGAGTTAGTAACTTTCTTTGAAAAACAAGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAACATGAAAATCTTtaataa > 1:856877/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTAACTTTCTTTGAAAAACAAGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAAc > 1:796096/1‑217 (MQ=255) aaaaaCAAGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAACATGAAAATCTTTAATAAACTTGAAGAATGGATCGGTGGTGTCTTGTTc < 1:51591/251‑1 (MQ=255) aaGGTGTCACCGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAACATGAAAATCTTTAATAAACTTGAAGAATGGATCGGTGGTGTCTTGTTCCTCGTg < 1:300233/251‑1 (MQ=255) 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1:760817/251‑1 (MQ=255) ccGTTACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTCGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAACATGAAAATCTTTAATAAACTTGAAGAATGGATCGGTGGTGTCt < 1:441886/231‑1 (MQ=255) ttACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAACATGAAAATCTTTAATAAACTTgaag < 1:575366/210‑1 (MQ=255) ttACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAACATGAAAATCTTTAATAAACTTGAAGAATGGATCGGTGGTGTCTTGTTCCTCGTGATATTCTGCAt < 1:274656/250‑1 (MQ=255) tACGCATCCTGATTTAACACCGTTTAAAGACGCTATGAAACCTTACTACGCCGAATTTGTAAAACAAACCGGCGCAAAAGGTGAAGAGGTCCTAAAACAGATTCAAGCAATCAACAAATAATTGACTCATACGTGTGCCTGTTTCGGCAGGCATGTCCTCCATTATGATTGAACGGAGTTGAAc < 1:229233/184‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |