| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,718,713 | C→T | A44T (GCC→ACC) | unknown ← | N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase (EC 3.5.1.25) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,718,713 | 0 | C | T | 98.8% | 238.2 / ‑3.4 | 85 | coding (130/1146 nt) | unknown | N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase (EC 3.5.1.25) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (34/50); minor base . (0/1); total (34/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
CGCTTGGTTTTTATGCTTGGCTAAATATTCACGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCCGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGCTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAACACACTGTGAATGGCTCTTTCTTCCAATTCGGT > 1/1718474‑1718936 | cgcTTGGTTTTTATGCTTGGCTAAATATTCACGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATAc < 1:307178/248‑1 (MQ=255)cgcTTGGTTTTTATGCTTGGCTAAATATTCACGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATAc < 1:712387/248‑1 (MQ=255) gTTTTTATGCTTGGCTAAATATTCACGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATAc > 1:86343/1‑242 (MQ=255) aTGCTTGGCTAAATATTCACGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCAc < 1:851944/251‑1 (MQ=255) aTGCTTGGCTAAATATTCACGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCAc < 1:57411/251‑1 (MQ=255) ggCTAAATATTCACGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCa > 1:247020/1‑251 (MQ=255) gCTAAATATTCACGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCAc < 1:599187/244‑1 (MQ=255) aaaTATTCGCGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTGAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCGCTTTGCAGAAc < 1:130526/251‑1 (MQ=255) cACGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCt < 1:898230/251‑1 (MQ=255) aTTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTc < 1:547802/224‑1 (MQ=255) aTTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATg > 1:698657/1‑251 (MQ=255) tttAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGtt < 1:809485/251‑1 (MQ=255) tttAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGtt < 1:7513/251‑1 (MQ=255) tttAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGtt < 1:745699/251‑1 (MQ=255) tttAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGtt < 1:279043/251‑1 (MQ=255) cTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATAc > 1:811198/1‑199 (MQ=255) cTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTc > 1:837977/1‑206 (MQ=255) cTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAAt > 1:47724/1‑251 (MQ=255) tttAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAata > 1:266950/1‑235 (MQ=255) gCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAata > 1:395056/1‑229 (MQ=255) gCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACgg > 1:703891/1‑251 (MQ=255) ccTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACgg > 1:157954/1‑250 (MQ=255) ccTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTATAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGtt > 1:447440/1‑232 (MQ=255) ttCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCAt > 1:310092/1‑251 (MQ=255) ttCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCAt > 1:570948/1‑251 (MQ=255) ttCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCAt < 1:263556/251‑1 (MQ=255) ttCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCAt < 1:808126/251‑1 (MQ=255) catcaGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAat < 1:74877/223‑1 (MQ=255) atcaGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAAt < 1:617832/251‑1 (MQ=255) gTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATcc < 1:582570/248‑1 (MQ=255) cGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAac < 1:544240/251‑1 (MQ=255) cGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAac < 1:816248/251‑1 (MQ=255) cGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGCTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAac < 1:426873/251‑1 (MQ=255) gATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGtt < 1:327925/215‑1 (MQ=255) gATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATc < 1:323048/226‑1 (MQ=255) gATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCAt < 1:697345/236‑1 (MQ=255) gATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATcc > 1:592909/1‑241 (MQ=255) gATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAacac > 1:122644/1‑249 (MQ=255) gATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGGTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAacac > 1:621846/1‑249 (MQ=255) gTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATTGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCatat < 1:244421/249‑1 (MQ=255) tCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATAttt < 1:557844/250‑1 (MQ=255) cGGTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAACCCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATTCCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCATGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTtg < 1:335658/251‑1 (MQ=255) gTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATAc < 1:306981/162‑1 (MQ=255) gTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAGTATg > 1:817350/1‑202 (MQ=255) gTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCaa > 1:429811/1‑213 (MQ=255) gTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATc < 1:521042/215‑1 (MQ=255) gTAAGAAACTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTtg > 1:540264/1‑249 (MQ=255) aaaCTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCatat > 1:201594/1‑240 (MQ=255) aaCTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAAt > 1:706478/1‑250 (MQ=255) aaCTGGTGCAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTCATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATc < 1:16676/251‑1 (MQ=255) cAGCCTGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGt < 1:728002/250‑1 (MQ=255) ctgATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGtt < 1:17937/249‑1 (MQ=255) gATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAata > 1:181153/1‑180 (MQ=255) aTTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACAGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAAt > 1:442998/1‑251 (MQ=255) tttCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATcc < 1:265952/185‑1 (MQ=255) ttCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCaa > 1:591535/1‑251 (MQ=255) gTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGG‑TTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCt < 1:800306/237‑1 (MQ=255) aCGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTtg < 1:479911/190‑1 (MQ=255) ggTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCAt > 1:747099/1‑219 (MQ=255) tCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTaa < 1:264947/200‑1 (MQ=255) tCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCa > 1:378151/1‑249 (MQ=255) ttAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTCTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACttt < 1:449426/250‑1 (MQ=255) aCATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTgc < 1:759221/251‑1 (MQ=255) ccgcAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACt < 1:650125/251‑1 (MQ=255) cgcAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACta < 1:72622/251‑1 (MQ=255) cGTTAAGTTGCAAGTCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAacac < 1:533168/251‑1 (MQ=255) cGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAacac < 1:628232/251‑1 (MQ=255) cGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAacac < 1:569996/251‑1 (MQ=255) aaGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAACACACtg < 1:684980/251‑1 (MQ=255) gTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAacacac < 1:50672/247‑1 (MQ=255) tCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCatat > 1:301556/1‑135 (MQ=255) aaTAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTc > 1:666907/1‑173 (MQ=255) aaTAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAACACACtg > 1:14774/1‑239 (MQ=255) aTAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAACACACTGTGAATGGc > 1:657794/1‑246 (MQ=255) gCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTAcc > 1:20362/1‑168 (MQ=255) gCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTa < 1:806508/215‑1 (MQ=255) gCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAACACACTGTGAATGGCTCTTTCTTcc < 1:899044/247‑1 (MQ=255) ccGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAACACACTGTGAATGGCTCTTTCTTCCAAtt < 1:659582/250‑1 (MQ=255) tGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAACACACTGTGAATGGCTCTTTCTTCCAATTCGGt < 1:90800/251‑1 (MQ=255) ggTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAAc < 1:437196/58‑1 (MQ=255) ggTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGtt > 1:262682/1‑75 (MQ=255) ggTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAAc < 1:169046/210‑1 (MQ=255) ggTTATGTCCTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAacac < 1:222778/218‑1 (MQ=255) cTTGTAAATCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAAc > 1:809302/1‑49 (MQ=255) aaTCAATGGTTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATAttt > 1:581334/1‑136 (MQ=255) | CGCTTGGTTTTTATGCTTGGCTAAATATTCACGCATAATTTTAACCGCACTTTTAATGCCTTCATCAGGTGCGGTGATAAAGGTCGGTAAGAAACTGGTGCAGCCCGATTTCAAATTGGTAGCTTGCATGATTTCCAAGGTTTCTACGCTGGTTTGATCGTTAAACATCACGCCGCCGCAGCCGTTAAGTTGCAAATCAATAAACCCTGCCGTGAGGTTATGTCCTTGTAAATCAATGGCTTTAATACCGCGCTCCAATTCACTTTGCAGAACCACGGCTTGAATATGTTCGCCTTCAATCACCACGGCATAATCCCGTAACACCTCATATTTTGTGTAAATCACAGAGTTTGTTAATGCATATTTCATTCTTACCTTCCCAAATTTATCGAAAAAAACAACCGCACTTTCGTGCGGCGTTTAACTATAACACACTGTGAATGGCTCTTTCTTCCAATTCGGT > 1/1718474‑1718936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |