| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 93,931 | T→G | K310Q (AAA→CAA) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 93,931 | 0 | T | G | 98.6% | 199.2 / NA | 72 | K310Q (AAA→CAA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (57/14); total (58/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
GCGTGATATAACCGCCCGATTGGTGCGTAACATCCGCTTCTTGATTGCCGATAAAATGCGCGTTATAGACTTTAAACGGGGCTTTAATCCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCATGGCGTCCGCTCGAATCCGGCAACTCTTTAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAGCCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTGAGCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCGTACATGTTTACATGATAACGGTCGGGTACAATGCCCAAG‑CGGGCGTAAGTATCATTGCGCAAATGCGCGGTGATGACGTTAGGATTGGGCATCACCACCTGCCCCAAGGTTGAGTTTGAGATAGCGGTTAGCACATCATCGGCAGTATGCCC > 1/93688‑94177 | gCGTGATATAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGGGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTTAACCCg > 1:295843/1‑250 (MQ=255) tGATATAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCaa > 1:225424/1‑251 (MQ=255) gATATAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCaaa > 1:11273/1‑250 (MQ=255) gATATAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCaa > 1:655130/1‑250 (MQ=255) atatAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGAGACCAGTCCGGGTTT‑AAAAAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACCGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCCCCAAt > 1:568145/1‑250 (MQ=255) ataACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAAc > 1:289341/1‑240 (MQ=255) cttcgagATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATa > 1:114020/7‑251 (MQ=255) ccGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAAc > 1:735866/1‑200 (MQ=255) gATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCg > 1:96294/1‑214 (MQ=255) cgTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATg > 1:569211/1‑251 (MQ=255) 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1:685639/1‑248 (MQ=255) aTTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATAc > 1:887061/1‑248 (MQ=255) aTTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATg > 1:226224/1‑251 (MQ=255) aTTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATg > 1:797499/1‑251 (MQ=255) 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aGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGttt > 1:708082/1‑251 (MQ=255) aGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGttt > 1:475453/1‑251 (MQ=255) acacCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGTTTGAGAt > 1:60546/1‑251 (MQ=255) ccgtGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGAt > 1:646513/4‑107 (MQ=255) gtccactggAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGTTTGAGATAGCGGTTAg > 1:96831/9‑250 (MQ=255) ccactggAATCCGGCAACTCTTGAACCCGACAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGTTTGAGATAGCGGTTAGca > 1:642226/7‑250 (MQ=255) cactggAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATcactacttgtccc > 1:514740/6‑211 (MQ=255) cactggAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGTTTGAGATAGCGGTTAGcaca > 1:30108/6‑251 (MQ=255) ctggAATCCGGCAACTCTTGACCCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATcactacttgtcc < 1:207562/215‑10 (MQ=255) ctggAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCCCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATcactac > 1:728011/4‑209 (MQ=255) aTCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGTTTGAGATAGCGGTTAGCACATCATCgg > 1:223497/1‑251 (MQ=255) ctctTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGc < 1:397686/98‑1 (MQ=255) ctctTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGAt > 1:779684/1‑185 (MQ=255) ctctTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGTTTGAGATAGCGGTTAGCACATCATCGGCAGTATGc > 1:21997/1‑250 (MQ=255) tctTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGTTTGAGATAGCGGTTAGCACATCATCGGCAGTATGccc < 1:468642/251‑1 (MQ=255) | GCGTGATATAACCGCCCGATTGGTGCGTAACATCCGCTTCTTGATTGCCGATAAAATGCGCGTTATAGACTTTAAACGGGGCTTTAATCCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCATGGCGTCCGCTCGAATCCGGCAACTCTTTAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAGCCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTGAGCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCGTACATGTTTACATGATAACGGTCGGGTACAATGCCCAAG‑CGGGCGTAAGTATCATTGCGCAAATGCGCGGTGATGACGTTAGGATTGGGCATCACCACCTGCCCCAAGGTTGAGTTTGAGATAGCGGTTAGCACATCATCGGCAGTATGCCC > 1/93688‑94177 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |