| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 93,902 | A→G | H319H (CAT→CAC) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 93,902 | 0 | A | G | 98.6% | 184.4 / NA | 72 | H319H (CAT→CAC) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (54/17); minor base C (1/0); total (55/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
CGGCGATATAAATCAAGGTAAAAATTGGGCGTGATATAACCGCCCGATTGGTGCGTAACATCCGCTTCTTGATTGCCGATAAAATGCGCGTTATAGACTTTAAACGGGGCTTTAATCCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCATGGCGTCCGCTCGAATCCGGCAACTCTTTAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAGCCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTGAGCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCGTACATGTTTACATGATAACGGTCGGGTACAATGCCCAAG‑CGGGCGTAAGTATCATTGCGCAAATGCGCGGTGATGACGTTAGGATTGGGCATCACCACCTGCCCCAAGGTTGAGTTTGAGAT > 1/93660‑94147 | cgccgATATAAATCCAGGTAAAAATTCGGCGTGATATAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGAAAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGGTTTAATGCGCCATTTATCACCGCGGTAGGTGACCCATCCGGGTTT‑AAAAAATGCCGGACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAAACCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAACCGATAGGCGACACCCTgggggc > 1:634044/4‑246 (MQ=255) gATATAAATCCAGGTAAAAATTCGGCGTGATATAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTcca > 1:315805/1‑247 (MQ=255) gATATAAATCCAGGTAAAAATTCGGCGTGATATAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGGTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTcca > 1:22792/1‑247 (MQ=255) atatAAATCCAGGTAAAAATTCGGCGTGATATACCCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATACCCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTccactgg < 1:775531/251‑6 (MQ=255) atatAAATCCAGGTAAAAATTCGGCGTGATATAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTTCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTccactgg > 1:871238/1‑246 (MQ=255) atatAAATCCAGGTAAAAATTCGGCGTGATATAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGTTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTccactgg > 1:498208/1‑246 (MQ=255) atatAAATCCAGGTAAAAATTCGGCGTGATATAACCGCCCGATTGGCGGGTAACATCCGCTTCGAGATTGCCGATAAACTGCGCGTTATAGACTTTAAACGGAGGTTTAATGCGCCATTTATCACTGCGGGAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAAAGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTccactgg > 1:735671/1‑246 (MQ=255) 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1:685639/1‑248 (MQ=255) aTTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATg > 1:226224/1‑251 (MQ=255) aTTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATg > 1:797499/1‑251 (MQ=255) aTTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATAACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATg > 1:463175/1‑251 (MQ=255) 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cccccATCCCTTACCCCAAAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGc < 1:326713/248‑1 (MQ=255) gCCATCACTTACTCCACAAGCCGACAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGCTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTacgt > 1:785492/1‑206 (MQ=255) cACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGAt > 1:253017/1‑135 (MQ=255) cACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACAt > 1:69805/1‑167 (MQ=255) cACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACgg > 1:93657/1‑175 (MQ=255) cttccccccccaacccGATGGGCGACACCGTGGCGTCCACTGAAATCCGGCACCTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATcactac < 1:388168/237‑4 (MQ=255) cTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATcacta > 1:719373/1‑247 (MQ=255) ttcccccaaaaGCCGATAGGCGACCCCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATcactactt < 1:528128/242‑6 (MQ=255) aGCCGATGGGCGCCACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGACCCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGAt < 1:901653/122‑1 (MQ=255) gCCGATAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGtt > 1:734160/1‑251 (MQ=255) ccGATAGGCGACCCCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGACCCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATcac < 1:296831/234‑1 (MQ=255) aTAGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGt > 1:535475/1‑251 (MQ=255) aGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATGccaagt > 1:266142/1‑169 (MQ=255) aGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATg > 1:761762/1‑199 (MQ=255) aGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGAt < 1:819817/219‑1 (MQ=255) aGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGttt > 1:708082/1‑251 (MQ=255) aGGCGACACCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGttt > 1:475453/1‑251 (MQ=255) acacCGTGGCGTCCACTGGAATCCGGCAACTCTTGAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAACCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTCACCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCATACATGTTTACATGATAACGGTCCGGCACAATG‑CCAAGTCGGGCGTACGTATCATTGCGTAAATGTGCGGTAATCACGTTAGGATTAGGCATCACTACTTGTCCCAAGGTTGAGTTTGAGAt > 1:60546/1‑251 (MQ=255) | CGGCGATATAAATCAAGGTAAAAATTGGGCGTGATATAACCGCCCGATTGGTGCGTAACATCCGCTTCTTGATTGCCGATAAAATGCGCGTTATAGACTTTAAACGGGGCTTTAATCCGCCATTTATCACTGCGGTAGGTGACCAGTCCGGTTTT‑AAATAATGCCGTACCGGCGTTAAGCTTAGTT‑AAAAAATAACCCTGATGCGCTGCCATCACTTACTCCACAAGCCGATAGGCGACACCATGGCGTCCGCTCGAATCCGGCAACTCTTTAACCCGCCAATCCAAATCGTTGTGATAGCCGCTCGCCGGGATAATTAACCATTTTTGAGCATTAATGGTTAAGATTGTGCGCGGGATGATGCCGTACATGTTTACATGATAACGGTCGGGTACAATGCCCAAG‑CGGGCGTAAGTATCATTGCGCAAATGCGCGGTGATGACGTTAGGATTGGGCATCACCACCTGCCCCAAGGTTGAGTTTGAGAT > 1/93660‑94147 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |