| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,295,791 | T→C | intergenic (‑1/+54) | unknown ← / ← unknown | Phage protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,295,791 | 0 | T | C | 100.0% | 138.6 / NA | 46 | intergenic (‑1/+54) | unknown/unknown | Phage protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (22/24); total (22/24) | |||||||||||
ACTTTATACAATCGCCATTTGTATTTAAGAGGTATTTTTGTGCTTGGACCATTTTTAATTGATATTTCCATTTCGCAGAAATGTTGGAACCCACGAATTGTTAATTCTTTTGATTTATGCTGAAGGTAATAACCATCAAAATCCCATTCCTCTGCATGCCTAGAAAGGCTAGTGCATAGCTCAAGATATACACCGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATTTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGATAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACGAGCAGCTTTTGGTTTAGACCCGACCCCAAATAGTACAAATATTCTGCACCATCCGGTAT > 1/1295546‑1296027 | aCTTTATACAATCGCCATTTGTATTTAAGAGGTATTTTTGTGCTTGGACCATTTTTAATTGATATTTCCATTTCGCAGAAATGTTGGAACCCACGAATTGTTAATTCTTTTGATTTATGCTGAAGGTAATAACCATCAAAATCCCATTCCTCTGCATGCCTAGAAAGGCTAGTGCATAGCTCAAGATATACACCGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAAt > 1:797137/1‑251 (MQ=255)aCTTTATACAATCGCCATTTGTATTTAAGAGGTATTTTTGTGCTTGGACCATTTTTAATTGATATTTCCATTTCGCAGAAATGTTGGAACCCACGAATTGTTAATTCTTTTGATTTATGCTGAAGGTAATAACCATCAAAATCCCATTCCTCTGCATGCCTAGAAAGGCTAGTGCATAGCTCAAGATATACACCGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAAt > 1:685722/1‑251 (MQ=255)aCTTTATACAATCGCCATTTGTATTTAAGAGGTATTTTTGTGCTTGGACCATTTTTAATTGATATTTCCATTTCGCAGAAATGTTGGAACCCACGAATTGTTAATTCTTTTGATTTATGCTGAAGGTAATAACCATCAAAATCCCATTCCTCTGCATGCCTAGAAAGGCTAGTGCATAGCTCAAGATATACACCGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAAt > 1:405842/1‑251 (MQ=255) cAATCGCCATTTGTATTTAAGAGGTATTTTTGTGCTTGGACCATTTTTAATTGATATTTCCATTTCGCAGAAATGTTGGAACCCACGAATTGTTAATTCTTTTGATTTATGCTGAAGGTAATAACCATCAAAATCCCATTCCTCTGCATGCCTAGAAAGGCTAGTGCATAGCTCAAGATATACACCGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTg < 1:143379/251‑1 (MQ=255) 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aGATATACACCGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGctc > 1:109119/1‑226 (MQ=255) gATATACACCGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAAc > 1:399900/1‑143 (MQ=255) gATATACACCGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGAtt < 1:704226/177‑1 (MQ=255) gATATACACCGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGc > 1:604100/1‑202 (MQ=255) 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ccGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAgat > 1:527903/1‑249 (MQ=255) ccGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAgat > 1:861604/1‑249 (MQ=255) ccGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAgat > 1:154325/1‑249 (MQ=255) ccGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAgat > 1:604989/1‑249 (MQ=255) ccGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAgat > 1:239978/1‑249 (MQ=255) gTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAgatccg > 1:267404/1‑251 (MQ=255) aaCATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAGATCCGACCCCAAATAGTACAAatat < 1:243246/251‑1 (MQ=255) aaCATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAGATCCGACCCCAAATAGTACAAata < 1:28989/250‑1 (MQ=255) aaCATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAGATCCGACCCCAAATAGTACAAata < 1:635794/250‑1 (MQ=255) ccAAGATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAGATCCGACCCCAAATAGTACAAATATTCTGCAc < 1:488604/251‑1 (MQ=255) gATATAAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAgatc > 1:32459/1‑216 (MQ=255) tataAAATATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAGATCCGACCCCAAATAGTAc < 1:385155/232‑1 (MQ=255) aaaTATTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAGATCCGACCCCAAATAGTACAAATATTCTGCACCATCCGGTAt < 1:755179/251‑1 (MQ=255) atTTTAACATCTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGGTAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACCAGCAGCTTCTGGCTTAgatc < 1:90260/208‑3 (MQ=255) | ACTTTATACAATCGCCATTTGTATTTAAGAGGTATTTTTGTGCTTGGACCATTTTTAATTGATATTTCCATTTCGCAGAAATGTTGGAACCCACGAATTGTTAATTCTTTTGATTTATGCTGAAGGTAATAACCATCAAAATCCCATTCCTCTGCATGCCTAGAAAGGCTAGTGCATAGCTCAAGATATACACCGTTAAGTGGATAGATAAAAGAACATAACCAAGATATAAAATATTTTAACATTTGAATTTCTCCTGTTTTGATAAAAATAAAAAACCGCACTTTCGCGGTCTGTTGTTACTCTTGATACCGTTTACCAGTTAACATCTCAATAACTTGGATTACGTCGTCTTTTGATTTGTAATATCTGCCATGCTCTAGTGCCGAGTGATAATGCTCTTTGGCTCTTACGCTTTTTACGAGCAGCTTTTGGTTTAGACCCGACCCCAAATAGTACAAATATTCTGCACCATCCGGTAT > 1/1295546‑1296027 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |