Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA 1 1,204,933 T→C intergenic (+371/+206) unknown → / ← unknown [NiFe] hydrogenase metallocenter assembly protein HypE/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*11,204,9330TC100.0% 58.7 / NA 22intergenic (+371/+206)unknown/unknown[NiFe] hydrogenase metallocenter assembly protein HypE/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (6/16);  total (6/16)

AAATTAGAAAAAAAGCGGCTAAATTTAAAAATGTGCAATTTAACCACTTAATTTAAGAAATTTAAAGAAAGGCTTTAAAAAGTGTTTAAAAATCGTTTAAAGCCCGTTTAAATAAGGTTTTTCCCGATGTGTACGACTTGCCCGATGATTTGCAGGTTTTCCGCCTCTTGTTGGGTTAAATGGATCGGTGGGCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAAGCCATCCCAGTTGATTTTAACGCGTTTAACCCATACGCTGGCGCCATTTTGCACTAAGTAAATCTTATCGCCTTTAATCTCTTTCTTTAAT  >  1/1204689‑1204999
                                                                                                                                                                                                                                                    |                                                                  
aaagttagttttagaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAAcc                                                              <  1:131576‑M2/60‑1 (MQ=255)
aaagttagttttagaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAAcc                                                              <  1:869468‑M2/60‑1 (MQ=255)
aaagttagttttagaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAAcc                                                              <  1:371631‑M2/60‑1 (MQ=255)
aaagttagttttagaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATCGATTTTAACGCGCTTAAcc                                                              <  1:105680‑M2/60‑1 (MQ=255)
     tagttttagaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATAc                                                         <  1:500973‑M2/65‑1 (MQ=255)
        ttttagaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGc                                                       <  1:226887‑M2/67‑1 (MQ=255)
          ttagaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTgg                                                    <  1:554379‑M2/70‑1 (MQ=255)
             gaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAAcc                                                              <  1:12802‑M2/60‑1 (MQ=255)
             gaaaaaaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGgcg                                                  >  1:169566‑M2/179‑250 (MQ=255)
                  aaagtggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagctcgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTggcgccgttc                                            <  1:438476‑M2/78‑5 (MQ=255)
                       ggctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATAcgctggcgccgttctgta                                        >  1:866388‑M2/169‑242 (MQ=255)
                        gctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATacgctggcgccgttctgtac                                       <  1:398859‑M2/83‑10 (MQ=255)
                        gctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATacgctggcgccgttctgtac                                       <  1:811454‑M2/83‑10 (MQ=255)
                        gctaaaatctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATacgctggcgccgttctgtac                                       <  1:837640‑M2/83‑10 (MQ=255)
                              atctaaaaagggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATacgctggcgccgttctgtac                                       <  1:899699‑M2/83‑10 (MQ=255)
                                        ggcggttttagccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTaacgcgcttaacccatacgctggcgccgttctgtaccaaatagattttatcg                       <  1:598048‑M2/99‑26 (MQ=255)
                                                   ccacttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATacgctggcgccgttctgtac                                       <  1:565327‑M2/83‑10 (MQ=255)
                                                      cttaattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggttgttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATacgctggcgccgttctgtac                                       <  1:542837‑M2/83‑10 (MQ=255)
                                                        taattgtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGcttaacccatacgctggcgccgttctgtaccaaatagatt                             >  1:355366‑M2/136‑209 (MQ=255)
                                                             gtagaaaaacaaaaaggcgtttaaaaaacgtttaaagcccgtttaaataaggtttttcccgatgtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCa                                                            >  1:64992‑M2/131‑192 (MQ=255)
                                                                                                                            gtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGgcgc                                                 >  1:437355‑M2/68‑140 (MQ=255)
                                                                                                                            gtgcacgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAATCtcttt         >  1:178073‑M2/68‑180 (MQ=255)
                                                                                                                                 cgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtgggtatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTggcgccgttc                                            >  1:313664‑M2/63‑136 (MQ=255)
                                                                                                                                 cgacttgcccgatgatttgcaggttttcggcttcagcttgggttagttggattggtggatatTCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAACCCGTCCCAATTGATTTTAACGCGCTTAACCCATACGCTGGCGCCGTTCTGTACCAAATAGATTTTATCGCCTTTAAtctctttctttgat  <  1:263522‑M2/120‑4 (MQ=255)
                                                                                                                                                                                                                                                    |                                                                  
AAATTAGAAAAAAAGCGGCTAAATTTAAAAATGTGCAATTTAACCACTTAATTTAAGAAATTTAAAGAAAGGCTTTAAAAAGTGTTTAAAAATCGTTTAAAGCCCGTTTAAATAAGGTTTTTCCCGATGTGTACGACTTGCCCGATGATTTGCAGGTTTTCCGCCTCTTGTTGGGTTAAATGGATCGGTGGGCTTCTTTATTGTCTGAAATGAGCTCTAAGCCATCCCAGTTGATTTTAACGCGTTTAACCCATACGCTGGCGCCATTTTGCACTAAGTAAATCTTATCGCCTTTAATCTCTTTCTTTAAT  >  1/1204689‑1204999

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑