| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,151,954 | T→C | V265A (GTG→GCG) | unknown → | Molybdenum transport system protein ModD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,151,954 | 0 | T | C | 97.9% | 129.8 / ‑6.3 | 48 | V265A (GTG→GCG) | unknown | Molybdenum transport system protein ModD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (19/28); minor base G (0/1); total (19/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
AGACTGGAAGCTCCGGAAAATAAAATCACCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGTGCCTTACTATGCACCGCCGGAAGATATTAAAGTGGTGATTGAGCGGATGCAGAACAAAAACACTTAAAAAAATGACCGCACTTTTTTTTTAAATAGTTAAAAAACACAACGCAGAAATTCTTAAAAAAAAGTTATTAAAAGTGCGGTTAAAAAACAAATTAAAAATTCACCGTACTTTTTATTCCCCTCCACAATTCAACAAAATAGAATTTATACCCTTAAAT > 1/1151710‑1152178 | agaCGGGAAGCTCCGGAAAATAAAATCACCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCtt < 1:28469/250‑1 (MQ=255) aaGCTCCGGAAAATAAAATCACCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTTACTATGc < 1:500883/250‑1 (MQ=255) gCTCCGGAAAATAAAATCACCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGGAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGGGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTTAc > 1:737065/1‑243 (MQ=255) aaataaaatCACCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTTACTATGCACCGCCGGAAg < 1:109085/251‑1 (MQ=255) aaataaaatCACCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTTACTATGCACCGCCGGAAg > 1:874729/1‑251 (MQ=255) atCACCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGGCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTTACTATGCACCGCCGGAAGATATTaa < 1:437478/251‑1 (MQ=255) cACCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTTACTATGCACCGCCGGAAGATATTAAAg < 1:398428/251‑1 (MQ=255) 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1:870808/208‑1 (MQ=255) atatTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTTACTATGCACCGCCGGAAGATATTAAAGTGGTGATTGAGCGGATGCAGAACAAAAACACTTAAAAAAATGACCGCACttttttt > 1:73125/1‑251 (MQ=255) atatTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTTACTATGCACCGCCGGAAGATATTAAAGTGGTGATTGAGCGGATGCAGAACAAAAACACTTAAAAAAATGACCGCACttttttt > 1:417628/1‑251 (MQ=255) tattatTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTTACTATGCACCGCCGGAAGATATTAAAGTGGTGATTGAGCGGATGCAGAACAAAAACACTTAAAAAAATGACCGCACtttttttt < 1:387208/251‑1 (MQ=255) 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ccAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCCGGCCTAACAAGGCCCCGCCGAAGGATATTAAATTGTTGA‑TGAGCGGATGCAGAACAAAAACACTTAAAAAAATGACCGCAC‑TTTTTTTTAAATAGTTAAAAAACACAACGCAGAAATTCTTAAAAAAAAGTTATTAAAAGTGCGGTTAAAAAACAAATTAAAAATTCACCGTACTTTTTATTCCCCTCCACAATTCAACAAAATAGAATTTATAccc < 1:699015/250‑1 (MQ=255) tAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGCGCCTTACTATGCACCGCCGGAAGATATTAAAGTGGTGATTGAGCGGATGCAGAACAAAAACACTTAAAAAAATGACCGCAC‑TTTTTTTTAAATAGTTAAAAAACACAACGCAGAAATTCTTAAAAAAAAGTTATTAAAAGTGCGGTTAAAAAACAAATTAAAAATTCACCGTACTTTTTATTCCCCTCCACAATTCAACAAAATAGAATTTATACCCTtaaat < 1:57777/251‑1 (MQ=255) aaTTTATTTATCATCTCCGCGCCTTACTATGCACCGCCGGAAGATATTAAAGTGGTGATTGAGCGGATGCAGAACAAAAACACTTAAAAAAATGACCGCAC‑TTTTTTTTAAATAGTTAAAAAACACAACGCAGAAATTCTTAAAAAAAAGTTATTAAAAGTGCGGTTa > 1:784427/1‑168 (MQ=255) tatCATCTCCGCGCCTTACTATGCACCGCCGGAAGATATTAAAGTGGTGATTGAGCGGATGCAGAACAAAAACACTTAAAAAAATGACCGCAC‑TTTTTTTTAAATAGTTAAAAAACACAACGCAGAAATTCTTAAAAAAAAGTTATTAAAAGTGCGGTTAAAAAACAAATTAAAAATTCACCGTACTTTTTATTCCCCTCCACaa < 1:885191/205‑1 (MQ=255) | AGACTGGAAGCTCCGGAAAATAAAATCACCTTGGAAGCTGATAATTTTTCGCAATTTGAACAAATGCTTGCAGCCGAACCGGATATTATTCAGTTGGATAAATGGTCGCCGGAACAGGTTCAACAGGCATTGGCTTTGTTAAAAAAGCAAAGTAAAAAAACGCTCCTTTCTGTTGCCGGCGGGGTGAATAAAAACAACATAGCAGATTATGCCAAGTTAGGGATAAATTTATTTATCATCTCCGTGCCTTACTATGCACCGCCGGAAGATATTAAAGTGGTGATTGAGCGGATGCAGAACAAAAACACTTAAAAAAATGACCGCACTTTTTTTTTAAATAGTTAAAAAACACAACGCAGAAATTCTTAAAAAAAAGTTATTAAAAGTGCGGTTAAAAAACAAATTAAAAATTCACCGTACTTTTTATTCCCCTCCACAATTCAACAAAATAGAATTTATACCCTTAAAT > 1/1151710‑1152178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |