| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,083,709 | T→G | E258D (GAA→GAC) | unknown ← | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase (EC 3.5.1.28) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,083,709 | 0 | T | G | 100.0% | 170.2 / NA | 60 | E258D (GAA→GAC) | unknown | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase (EC 3.5.1.28) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (32/28); total (32/28) | |||||||||||
TGTTTTCCTTCGTGTTGGTCGCGTTGTTTTTGCCATTATCAGGGATTTTAATGGTTTCGCCCACCCACAATTTTTTGCGTTTTAATTTGTTTAACGCAATGACATCCGCGATGTTAACATGGTATTTTTCAGCCAGTTTGCCTAAGCCTTCGCCTGATTTCACCTTATGACGAATGCCACTGTCCGTCACTTCAAGTGCGGTGGATTTTTCAGGTGTTTTTACGGTCGGAATTTTTGGCTCTTCTTTATAATTTTGACGACGATATTCGACCAAACCGTTATAAATGGCTTTTGCAATTTTTTTGCGGTAGGCGGGCGTGCTTAATTTCAGTTCTTCATCTTGATTGGAGAGAAAGCCCGTTTCTACCAAAATGGATGGAATATCCGGCGAACGTAAGACGCCAAGGCTTGCATGGCGTGGTGTCGGGCGGCTTAAAGAAGCAATTTGGGAAAAATGGCGCAGCACGATATTGCCTAATTCATAACC > 1/1083468‑1083954 | tgtTTTCCTTCGTGTTGGTCGCGTTGTTTTTGCCATTATCAGGGATTTTAATGGTTTCGCCCACCCACAATTTTTTGCGTTTTAATTTGTTTAACGCAATGACATCCGCGATGTTAACATGGTATTTTTCAGCCAGTTTGCCTAAGCCTTCGCCTGATTTCACCTTATGACGAATGCCACTGTCCGTCACTTCAAGTGCGGTGGATTTTTCAGGTGTTTTTACGGTCGGAATTTTTGGCTCGTCTTTATaa < 1:878246/251‑1 (MQ=255)tgtTTTCCTTCGTGTTGGTCGCGTTGTTTTTGCCATTATCAGGGATTTTAATGGTTTCGCCCACCCACAATTTTTTGCGTTCTAATTTGTTTAACGCAATGACATCCGCGATGTTAACATGGTATTTTTCAGCCAGTTTGCCTAAGCCTTCGCCTGATTTCACCTTATGACGAATGCCACTGTCCGTCACTTCAAGTGCGGTGGATTTTTCAGGTGTTTTTACGGTCGGAATTTTTGGCTCGTCTTTATaa < 1:423471/251‑1 (MQ=255) ccTTCGTGTTGGTCGCGTTGTTTTTGCCATTATCAGGGATTTTAATGGTTTCGCCCACCCACAATTTTTTGCGTTTTAATTTGTTTAACGCAATGACATCCGCGATGTTAACATGGTATTTTTCAGCCAGTTTGCCTAAGCCTTCGCCTGATTTCACCTTATGACGAATACCACTGTCCGTCACTTCAAGTGCGGTGGATTTTTCAGGTGTTTTTACGGTCGGAATTTTTGGCTCGTCTTTATAATTTTga > 1:451451/1‑251 (MQ=255) cgTTGTTTTTGCCATTATCAGGGATTTTAATGGTTTCGCCCACCCACAATTTTTTGCGTTTTAATTTGTTTAACGCAATGACATCCGCGATGTTAACATGGTATTTTTCAGCCAGTTTGCCTAAGCCTTCGCCTGATTTCACCTTATGACGAATGCCACTGTCCGTCACTTCAAGTGCGGTGGATTTTTCAGGTGTTTTTACGGTCGGAATTTTTGGCTCGTCTTTATAATTTTGACGACGATATTCGAc < 1:798690/250‑1 (MQ=255) 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gCTCGTCTTTATAATTTTGACGACGATATTCGACCAAACCGTTATAAATGGCTTTTGCAATTTTTTTGCGGTAGGCGGGCGTGCTTAATTTCAGTTCTTCATCTTGATTGGAGAGAAAGCCCGTTTCTACCAAAATGGATGGAATATCCGGCGAACGTAAGACGCCAAGGCTTGCATGGCGTGGTGTCGGGCGGCTTAAAGAAGCAATTTGGGAAAAATGGCGCAGCACGATATTGCCTAATTCATAacc < 1:364486/250‑1 (MQ=255) | TGTTTTCCTTCGTGTTGGTCGCGTTGTTTTTGCCATTATCAGGGATTTTAATGGTTTCGCCCACCCACAATTTTTTGCGTTTTAATTTGTTTAACGCAATGACATCCGCGATGTTAACATGGTATTTTTCAGCCAGTTTGCCTAAGCCTTCGCCTGATTTCACCTTATGACGAATGCCACTGTCCGTCACTTCAAGTGCGGTGGATTTTTCAGGTGTTTTTACGGTCGGAATTTTTGGCTCTTCTTTATAATTTTGACGACGATATTCGACCAAACCGTTATAAATGGCTTTTGCAATTTTTTTGCGGTAGGCGGGCGTGCTTAATTTCAGTTCTTCATCTTGATTGGAGAGAAAGCCCGTTTCTACCAAAATGGATGGAATATCCGGCGAACGTAAGACGCCAAGGCTTGCATGGCGTGGTGTCGGGCGGCTTAAAGAAGCAATTTGGGAAAAATGGCGCAGCACGATATTGCCTAATTCATAACC > 1/1083468‑1083954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |