| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,021,887 | A→G | V127V (GTA→GTG) | unknown → | Probable sugar efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,021,887 | 0 | A | G | 98.9% | 253.5 / NA | 92 | V127V (GTA→GTG) | unknown | Probable sugar efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (41/50); minor base T (1/0); total (42/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CAGCAAGCAGGGCTGATGATCACCGTTTATGCCTGGATTGTTTCCCTGATGTCGCTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTACGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCTTGGACGGGTTATCGGACAGTATTTTGGTTGGCGTGAGGCATTCGGCATTATCGCGTTCCTGGCGTTTGCCGTGTTAGTATTGCTTTATCGCTTCCTGCCGCACTTGGCGAGCCTCAATGCCGGTTCGTTGAAATCCGTTCCTTTGCTGTTTAAACG > 1/1021648‑1022129 | cagcaAGCAGGGCTGATGATCACCGTTTATGCCTGGATTGTTTCCCTGATGTCGCTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCAc < 1:326712/250‑1 (MQ=255) aagcaGGGCTGATGATCACCGTTTATGCCTGGATTGTTTCCCTGATGTCGCTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGaaa > 1:118386/1‑251 (MQ=255) gggCTGATGATCACCGTTTATGCCTGGATTGTTTCCCTGATGTCGCTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTTCCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCCTGCGGTGCGGGGGGCACCGAAAGAT‑aa > 1:769485/1‑251 (MQ=255) ggCTGATGATCACCGTTTATGCCTGGATTGTTTCCCTGATGTCGCTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGGGGCACCGAAAGAT‑aaa > 1:742884/1‑251 (MQ=255) tCACCGTTTATGCCTGGATTGTTTCCCTGATGTCGCTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTTTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGGGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGcacaa > 1:799002/1‑250 (MQ=255) cACCGTTTATGCCTGGATTGTTTCCCTGATGTCGCTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAgg < 1:341/251‑1 (MQ=255) aTGCCTGGATTGTTTCCCTGATGTCGCTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGTTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑ggg < 1:879488/251‑1 (MQ=255) cccTGATGTCGCTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGt < 1:180823/251‑1 (MQ=255) aTGTCGCTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAATCTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAgcg < 1:456803/250‑1 (MQ=255) cTGCCGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTgg < 1:3907/250‑1 (MQ=255) cGTTTATGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑GTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGGGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATg > 1:730318/1‑251 (MQ=255) aTGTTAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGGGGCACCGGAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGGTGCTGGCAATGGGGAGCGCGTTGGCGATGGTggt > 1:99437/1‑249 (MQ=255) tAATGACAGCAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGc < 1:233206/251‑1 (MQ=255) 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cAAAACTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCtt < 1:238773/251‑1 (MQ=255) aaCTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTTGCGTTTTACCC‑CGCAATTTTCTGGTCCATTAACCCCTTCCTTGCGGTGGGGGGGGGACCGAAAGAA‑AAAAAAAAACAGGCGATCGGGGTTGCGGGC‑ATGGGGAGCGCGTTGGCGATGGGGCCAGGCTTGcccccttgg > 1:1396/1‑246 (MQ=255) aaCTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGGGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGGTGCTGGCAATGGGGAGCGCGGTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCTTggg > 1:338877/1‑250 (MQ=255) aCTGGAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATGGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCTTGGAc < 1:780896/251‑1 (MQ=255) gAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGc < 1:513825/234‑1 (MQ=255) gAACGGCGCAGCCTGCTGATTAAACTCTTTATTGTGTTTGTCGCCAGCCATATCCTTTCCGTTGTGGCGTGGGATTTTTGGATTCTGCTGTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGc < 1:224441/234‑1 (MQ=255) 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gctgTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCTTGGACGGGTTATCGGACAGTATTttgg > 1:546934/1‑183 (MQ=255) ctgTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCTTGGACGGGTTATCGGACAGTATTttgg < 1:116321/182‑1 (MQ=255) ctgTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGGTGCTGGCAATGGGGAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCTTGGACGGGTTATCGAACAGTATTTTGGTTGGCGTGAGGCATTCGGCATTATCGCGTTCCTGGCGTTTGCCGTGTTAGTa > 1:444323/1‑234 (MQ=255) gTTATCCCGTATCGGCGTGGCG‑TTTACCCACGCAATTTTCTGGTCCATTACCACATCCCTTGCGGTGCGGGCGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGGTGCTGGCAATGGGGAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCTTGGACGGGTTATCGGACAGTATTTTGGTTGGCGTGAGGCATTCGGCATTATCGCGTTCCTGGCGTTTGCCGTGTTAGTATTGCTTTATCGCTTCCTg > 1:90371/1‑250 (MQ=255) 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ccACATCCCTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCTTGGACGGGTTATCGGACAGTATTTTGGTTGGCGTGAGGCATTCGGCATTATCGCGTTCCTGGCGTTTGCCGTGTTAGTATTGCTTTATCGCTTCCTGCCGCACTTGGCGAGCCTCAATGCCGGTTCGTTGAAATCCGTTCCTTTg > 1:427589/1‑248 (MQ=255) cccTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCTTGGACGGGTTATCGGACAGTATTTTGGTTGGCGTGAGGCATTCGGCATTATCGCGTTCCTGGCGTTTGCCGTGTTAGTATTGCTTTATCGCTTCCTGCCGCACTTGGCGAGCCTCAATGc > 1:57244/1‑217 (MQ=255) cccTTGCGGTGCGGGTGGCACCGAAAGAT‑AAAAAAGCACAGGCGATC‑GGGTTGCTGGCAATGGGTAGCGCGTTGGCGATGGTGCTAGGCTTGCCCCTTGGACGGGTTATCGGACAGTATTTTGGTTGGCGTGAGGCATTCGGCATTATCGCGTTCCTGGCGTTTGCCGTGTTAGTATTGCTTTATCGCTTCCTGCCGCACTTGGCGAGCCTCAATGCCGGTTCGTTGAAATCCGTTCCTTTGCTGTTTaaa < 1:749344/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |