| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 38,675 | A→G | intergenic (‑255/+322) | unknown ← / ← unknown | Cytochrome c552 precursor (EC 1.7.2.2)/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 38,675 | 0 | A | G | 93.3% | 35.3 / ‑4.4 | 15 | intergenic (‑255/+322) | unknown/unknown | Cytochrome c552 precursor (EC 1.7.2.2)/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (6/8); minor base C (0/1); total (6/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAATCAGGTTAACTGTAGTTTTGTTAAGGAAATGTCTATACCGCCCGCATCATAAAAATGATAACTTTTATCATGAAAAACAATGCGATATAAGGTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTATCAACTACCTATTTATTAGTATAAAAATATCATTAAAGGGGAAAATTAAATGAAGCAGAAATATATAACTATAAAGAGGTATATTTACATTTTATGCTACAAAAAAGAATTATTTTTATTTGAATATTTTATCGAAGAAGAAATACCCTAATTA > 1/38431‑38829 | ccAATCAGGTTAACTGTAGTTTTGTTAAGGAAATGTCTATACCGCCCGCATCATAAAAATGATAACTTTTATCATGAAAAACAATGCGATATAAGGTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCaa > 1:371152/1‑249 (MQ=255) tCAGGTTAACTGTAGTTTTGTTAAGGAAATGTCTATACCGCCCGCATCATAAAAATGATAACTTTTATCATGAAAAACAATGCGATATAAGGTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCt < 1:34413/251‑1 (MQ=255) cTGTAGTTTTGTTAAGGAAATGTCTATACCGCCCGCATCATAAAAATGATAACTTTTATCATGAAAAACAATGCGATATAAGGTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCTATTTATTAg < 1:290844/251‑1 (MQ=255) gTAGTTTTGTTAAGGAAATGTCTATACCGCCCGCATCATAAAAATGATAACTTTTATCATGAAAAACAATGCGATATAAGGTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATACCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAAc < 1:508797/235‑1 (MQ=255) ccgcccgcATCATAAAAATGATAACTTTTATCATGAAAAACAATGCGATATAAGGTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCt < 1:865113/214‑1 (MQ=255) atatAAGGTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACt > 1:81658/1‑163 (MQ=255) ataAGGTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCTATTTATTAGTATAAAAATATCATTAAAGGGGAAAATTAAATGAAGCAGAAATATATAAc < 1:273020/224‑1 (MQ=255) ggTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTTATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCTATTTATTAg < 1:46715/170‑1 (MQ=255) gTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCTATTTATTAGTATAAAAATATCATTAAAgg < 1:219940/189‑1 (MQ=255) gTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTCTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCTATTTATTAg > 1:205387/1‑169 (MQ=255) aaaGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCtattta > 1:402543/1‑160 (MQ=255) ggTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCTATTTATTAGTATAAAAATATCATTAAAGGGGAAAATTAAATGAAGCAGAAATATATAACTATAAAGAGGTATATTTACATTTTATGCTACAAAAAAGAatta > 1:813777/1‑251 (MQ=255) aaCCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTTTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTCTCAACTACCtatttatt < 1:186378/137‑1 (MQ=255) ccAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCTATTTATTAGTATaaaaa > 1:519461/1‑145 (MQ=255) aTGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTGTCAACTACCTATTTATTAGTATAAAAATATCATTAAAGGGGAAAATTAAATGAAGCAGAAATATATAACTATAAAGAGGTATATTTACATTTTATGCTACAAAAAAGAATTATTTTTATTTGAATATTTTATCGAAGAAGAAATACCCTAATTa < 1:217793/251‑1 (MQ=255) | CCAATCAGGTTAACTGTAGTTTTGTTAAGGAAATGTCTATACCGCCCGCATCATAAAAATGATAACTTTTATCATGAAAAACAATGCGATATAAGGTATAAAAGGGGGTTAAACGAGTTTAACATAACCAAATATCCGCGCTCATTCCATGGTTATTTTACATTTTCTTGTTTTTGATCAATTTTTCCAATTTAATTTTCTATTTTAGTGAAATTTTGTAGCATGAAAATTTCTCCTAAAATGTATCAACTACCTATTTATTAGTATAAAAATATCATTAAAGGGGAAAATTAAATGAAGCAGAAATATATAACTATAAAGAGGTATATTTACATTTTATGCTACAAAAAAGAATTATTTTTATTTGAATATTTTATCGAAGAAGAAATACCCTAATTA > 1/38431‑38829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |