| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,774,880 | 0 | T | . | 77.2% | 166.0 / 70.6 | 79 | coding (430/606 nt) | unknown | Outer membrane receptor proteins, mostly Fe transport |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/10); new base . (25/36); total (33/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCGACAACCAATAATAACATCACCGATTATCTACGTTCCAACCCGCACATTCGTTATGAAGACAGCGACCAAGATGGTTTTCAACGTGGCGAAATTAAGCCGCAAAATATCTCAATTAATGGAGCCGATGCAAACCAAACTGCTTACTTTGTCGATAACGTAAACGTAAATAATGATTTAACCGTCGATAACGAAATCTTTGATGGAGCCATGCAGGTTGTTCCGGGTATTAGTAATACGCAAGCTTATTTTTTTGATGCATCTATGCTATCAAAAGTCGAAGTTCACGATAGCAACATTTCCGCAAGTTTAGGTGGTTTCATGGGAGGTGCAGTCGTAGCTAAAACCAAACAATATAATGGTAAAGACGGTGTTTCACTAAAATATCGCACCACCAACTCCGGTTGGGCAAAAATTAAAAATTAATGCAGATAGCTCAGCAAAAACTCTTTTAGATAAAATTAGGCCTGATGCAGGCGGTGT > 1/1774631‑1775113 | ccGACAACCAATAATAACATCACCGATTATCTACGTTCCAACCCGCACATTTGTTATGAAGACAGCGACCAAGATGATTTTCAACGTGGCGAAATTAAGCCGCAAAATATCTCAATTAATGGAGCCGATGCAAACCAAACTGCTTACTTTGTCGATAACGTAAACGTAAATAATGATTTAACCGTCGATAACGAAATCTTTGATGGAGCCATGCAGGTTGTTCCGGGTATTAGTAATACGCAAGCTTAttt < 1:76033/251‑1 (MQ=255) aataatAACATCACCGATTATCTACGTTCCAACCCGCACATTCGTTATGAAGACAGCGACCAAGATGATTTTCAACGTGGCGAAATTAAGCCGCAAAATATCTCAATTAATGGAGCCGATGCAAACCAAACTGCTTACTTTGTCGATAACGTAAACGTAAATAATGATTTAACCGTCGATAACGAAATCTTTGATGGAGCCATGCAGGTTGTTCCGGGTATTAGTAATACGCAAGCTTAtttttgatgcat > 1:405290/1‑244 (MQ=255) ataataACATCACCGATTATCTACGTTCCAACCCGCACATTCGTTATGAAGACAGCGACCAAGATGATTTTCAACGTGGCGAAATTAAGCCGCAAAATATCTCAATTAATGGAGCCGATGCAAACCAAACTGCTTACTTTGTCGATAACGTAAACGTAAATAATGATTTAACCGTCGATAACGAAATCTTTGATGGAGCCATGCAGGTTGTTCCGGGTATTAGTAATACGCAAGCTTAtttttgatgcat > 1:107161/1‑243 (MQ=255) ataataACATCACCGATTATCTACGTTCCAACCCGCACATTCGTTATGAAGACAGCGACCAAGATGATTTTCAACGTGGCGAAATTAAGCCGCAAAATATCTCAATTAATGGAGCCGATGCAAACCAAACTGCTTACTTTGTCGATAACGTAAACGTAAATAATGATTTAACCGTCGATAACGAAATCTTTGATGGAGCCATGCAGGTTGTTCCGGGTATTAGTAATACGCAAGCTTAtttttgatgcat > 1:525080/1‑243 (MQ=255) 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cTTTGATGGAGCCATGCAGGTTGTTCCGGGTATTAGTAATACGCAAGCTTATTTTT‑‑GATGCATCTATGCTATCAAAAGTCGAAGTTCACGATAGCAACATTTCCGCAAGTTTAGGTGGTTTCATGGGAGGTGCAGTCGTAGCTAAAACCAAACAATATAATGGTAAAGACGGTGTTTCACTAAAATATCGCACCACCAACTCCGGTTGGGAaaaaattaatgcagatagctcagcaaaaactcttttagat < 1:181362‑M2/251‑41 (MQ=255) cTTTGATGGAGCCATGCAGGTTGTTCCGGGTATTAGTAATACGCAAGCTTA‑‑TTTTTGATGCATCTATGCTATCAAAAGTCGAAGTTCACGATAGCAACATTTCCGCAAGTTTAGGTGGTTTCATGGGAGGTGCAGTCGTAGCTAAAACCAAACAATATAATGGTAAAGACGGTGTTTCACTAAAATATCGCACCACCAACTcc < 1:845196/203‑1 (MQ=255) tGATGGAGCCATGCAGGTTGTTCCGGGTATTAGTAATACGCAAGCTTA‑‑TTTTTGATGCATCTATGCTATCAAAAGTCGAAGTTCACGATAGCAACATTTCCGCAAGTTTAGGTGGTTTCATGGGAGGTGCAGTCGTAGCTAAAACCAAACAATATAATgg > 1:786733/1‑160 (MQ=255) gCCATGCAGGTTGTTCCGGGTATTAGTAATACGCAAGCTTA‑‑TTTTTGATGCATCTATGCTATCAAAAGTCGAAGTTCACGATAGCAACATTTCCGCAAGTTTAGGTGGTTTCATGGGAGGTGCAGTCGTAGCTAAAACCAAACAATATAATGGTAAAGACGGTGTTTCACTAAAATATCGCACCACCAACTc < 1:496602/192‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |