| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,539,051 | 0 | A | G | 70.5% | 113.9 / 14.4 | 63 | N3N (AAT→AAC) | unknown | Cyclic pyranopterin monophosphate synthase (EC 4.6.1.17) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (36/7); minor base T (0/18); total (36/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAATTCCCACGTGCGTTTTGCCGCCTGAATGCCGGCAATGCGGGCGGTGGCGAACACATCGCCTTTGTGATGCTGACCGGACAGGATCATTTGTAAGGTTTCGGGCGCCATACAAACATAAGCCTCAGCGCGGGCTTCACGGACGGTTTCGGCTTT‑GGCGGAAACGTCCACCATATTGGCTTCCCC‑ATGGG‑AA‑TTAAT‑GTGAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTATTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGTATTGTAACAAATCGCGTAATTCAATGCCTTCCTCGCCGAATAAACAAAGGTGCAATTTCCCTTTGGCGGAAACCCGTAAACGGTTACAG > 1/1538805‑1539285 | cAATTCCCACGTGCGTTTTGCCGCCTGAATGCCGGCAATGCGGGCGGTGGCGAACACATCGCCTTTGTGATGCTGACCGGACAGGATCATTTGTAAGGTTTCGGGCGCCATACAAACATAAGCCTCAGCGCGGGCTTCACGGACGGTTTCGGCTTT‑GGCGGAAACGTCCACCATATTGGCTTCCCC‑ATGGG‑AA‑TTAAT‑GTGAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGtttt > 1:750914/1‑251 (MQ=255) aTTCCCACGTGCGTTTTGCCGCCTGAATGCCGGCAATGCGGGCGGTGGCGAACACATCGCCTTTGTGATGCTGACCGGACAGGATCATTTGTAAGGTTTCGGGCGCCATACAAACATAAGCCTCAGCGCGGGCTTCACGGACGGTTTCGGCTTT‑GGCGGAAACGTCCACCATATTGGCTTCCCC‑ATGGG‑AA‑TTAAT‑GTGAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGttttt > 1:62263/1‑250 (MQ=255) ttGCCGCCTGAATGCCGGCAATGCGGGCGGTGGCGAACACATCGCCTTTGTGATGCTGACCGGACAGGATCATTTGTAAGGTTTCGGGCGCCATACAAACATAAGCCTCAGCGCGGGCTTCACGGACGGTTTCGGCTTT‑GGCGGAAACGTCCACCATATTGGCTTCCCC‑ATGGG‑AA‑TTAAT‑GTGAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCAt < 1:557684/251‑1 (MQ=255) cgccTGAATGCCGGCAATGCGGGCGGTGGCGAACACATCGCCTTTGTGATGCTGACCGGACAGGATCATTTGTAAGGTTTCGGGCGCCATACAAACATAAGCCTCAGCGCGGGCTTCACGGACGGTTTCGGCTTT‑GGCGGAAACGTCCACCATATTGGCTTCCCC‑ATGGG‑AA‑TTAAT‑GTGAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAAc < 1:69813/251‑1 (MQ=255) ccTGAATGCCGGCAATGCGGGCGGTGGCGAACACATCGCCTTTGTGATGCTGACCGGACAGGATCATTTGTAAGGTTTCGGGCGCCATACAAACATAAGCCTCAGCGCGGGCTTCACGGACGGTTTCGGCTTT‑GGCGGAAACGTCCACCATATTGGCTTCCCC‑ATGGG‑AA‑TTAAT‑GTGAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAAcc < 1:376771/250‑1 (MQ=255) gcgggcggTGGCGAACACATCGCCTTTGTGATGCTGACCGGACAGGATCATTTGTAAGGTTTCGGGCGCCATACAAACATAAGCCTCAGCGCGGGCTTCACGGACGGTTTCGGCTTT‑GGCGGAAACGTCCACCATATTGGCTTCCCC‑ATGGG‑AA‑TTAAT‑GTGAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAAc < 1:372039/233‑1 (MQ=255) ggTGGCAACCACTTCGCTTTTGTGATGCTGCCCGGACAGGATCTTTTGTAAGGTTTCGGGCGCCAAACAAACAAAAGCCTCGGCGCGGGCTTCACGGACGGTTTCGGTTTT‑GGCGGAAACGCCCACCATATTGGCTCCCCC‑ATGGA‑AA‑TTAAT‑GTGAGAAAATGTGACCATGATAATAAAAGTGGGGTTGT‑TTTTCTTGTTTTTTTTA‑AAAAT‑C‑GGGGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACta < 1:281306/250‑1 (MQ=255) 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1:114468/246‑1 (MQ=255) acgttttCGGTTTT‑GGCGAAAACGCCCACCATATTGGCTTCCCC‑ATGGA‑AA‑TTAAT‑GTGAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGTTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATAAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGt < 1:588873/246‑1 (MQ=255) acggTTTCGGTTTT‑GGCGGAACCGCCCACCATATTGGCTCCCCC‑ATGGA‑AA‑TTAAT‑GTGAGAAAATGTGACAATGATAATAAAAGTGCGTTTGT‑TTTTCTTGTTTTTTTTA‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGAAGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGt < 1:15591/250‑1 (MQ=255) cggTTTCGGGTTTGGGAGGAACCTTCCACCATATGGGC‑TCCCC‑AAGGG‑GA‑TTTATGGTGAGTAAATGTGCCAAGGATAATTAAAG‑GGGGTTTT‑TTTTTTTGGTTTTTTTA‑AAAATGC‑GGGTTGAATAAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGt < 1:363804/250‑1 (MQ=255) 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gAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGTATTGTAACAAATCGCGTAATTCAATGCCTTCCTCGCCGAATAAACAAAGGTGCAAttt > 1:749994/1‑250 (MQ=255) gAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGTATTGTAACAAATCGCGTAATTCAATGCCTTCCTCGCCGAATAAACAAAGGTGCAAttt > 1:27230/1‑250 (MQ=255) aataaaaTGTGACCATTATAATAAAGGTGCGGTTGT‑TTTTTTTCCTTTTTTAC‑AAAAC‑C‑GGCGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGTATTGTAACAAATCGCGTAATTCAATGCCTTCCTCGCCGAATAAACAAAGGTGCAATTTc < 1:94136/247‑1 (MQ=255) taataaAAGGGCGGTTTT‑TTTTTTTGTTTTTTTTA‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATAAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAatgat < 1:319922/111‑1 (MQ=255) tAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAatga > 1:705622/1‑110 (MQ=255) tAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGTAt > 1:486251/1‑176 (MQ=255) tAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGTATTGTAACAAATCGCGTAATTCAATGCCTTCCTCGCCGAATAAACAAAGGTGCAATTTCCCTTTGGCGGAAACCCGt > 1:487522/1‑251 (MQ=255) tGA‑TTTTCTTGCTGTTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGTATTGTAACAAATCGCGTAATTCAATGCCTTCCTCGCCGAATAAACAAAGGTGCAATTTCCCTTTGGCGGAAACCCGTAAACGGTTACAg > 1:768266/1‑248 (MQ=255) | CAATTCCCACGTGCGTTTTGCCGCCTGAATGCCGGCAATGCGGGCGGTGGCGAACACATCGCCTTTGTGATGCTGACCGGACAGGATCATTTGTAAGGTTTCGGGCGCCATACAAACATAAGCCTCAGCGCGGGCTTCACGGACGGTTTCGGCTTT‑GGCGGAAACGTCCACCATATTGGCTTCCCC‑ATGGG‑AA‑TTAAT‑GTGAGTAAATGTGACCATGATAATTAAAGTGCGGTTGA‑TTTTCTTGCTATTTTTC‑AAAAT‑C‑GGCGTGCATTAACCGCCGATACTTGCCAAATGACTACGTACGCCACTATCGCCGATGTGCAGATAATGATGTTCACGCTTACCTTGTAACGCAGAAAAAATTCTTGATTGCAAAATGAGTTGCTGCTTATCGTATTGTAACAAATCGCGTAATTCAATGCCTTCCTCGCCGAATAAACAAAGGTGCAATTTCCCTTTGGCGGAAACCCGTAAACGGTTACAG > 1/1538805‑1539285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |