| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 524,745 | 0 | C | T | 64.7% | 126.3 / 139.4 | 184 | T11I (ACT→ATT) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/39); new base T (62/57); total (88/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
GCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTAATGGCGTAAAATCCCCTTATATAAACCCTCAACGCCCTAAAATAGTGAAGCCAAAGATGAAAAAGAAAGCGATTGAAATCCCGGAACAAATTACGTCAAATGGGTTTCCATTTGAATCA > 1/524501‑524975 | gCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCaa > 1:698424/1‑251 (MQ=255) ggattgtagatctcggccctgaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCaaa < 1:261979‑M1/65‑1 (MQ=255) ggattgtagatctcggccctgaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCaaa < 1:211211‑M1/65‑1 (MQ=255) ggattgtagatctcggccctgaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCaaa < 1:792303‑M1/65‑1 (MQ=255) ggattgtagatctcggccctgaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCaaa < 1:163099‑M1/65‑1 (MQ=255) gattgtagatctcggccctgaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAAc > 1:98741‑M1/185‑250 (MQ=255) gattgtagatctcggccctgaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAAc > 1:470985‑M1/185‑250 (MQ=255) gatctcggccctgaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCaa < 1:896379‑M1/64‑1 (MQ=255) atctcggccctgaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAACAGGTCACCg < 1:492406‑M1/75‑1 (MQ=255) atctcggccctgaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAACAGGTCACCg > 1:625345‑M1/177‑251 (MQ=255) cctgaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGAt > 1:711596‑M1/169‑251 (MQ=255) gaaggcggcagcggcggcggacaaattatcgcgaccggcacaccggaacaggttgccaaaatggagggctcgcacaccgcccgcttcctcaaagagattttggcaaaaggctaaaaacgctgcattttccgaccgcactttgatctgcaccccaaaacctggacaCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTACCAATTTCGTTTAAAAACTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGAtttt < 1:385843‑M1/86‑1 (MQ=255) gTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGt > 1:442439/1‑251 (MQ=255) 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cGATAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGAGCAGGATTTTGGTATCCGTGAg > 1:199425/1‑251 (MQ=255) aTAGAAGCCATCGCATGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAGGTCACCGa < 1:304500/227‑1 (MQ=255) tGGTTACATTTGGCATTTGAATCCATTCACCCATTTTGTTGATGGCAACGGGCGACAGGTAGGCTATTGCTAAACTTTGAATTAATGAAAAACGGTTATTTTCCTTATAAACACCTATGATCTGCCCCCCAAAACCCGGACACCTAATTTGAGGTGCAGATTATGTCTTACTCTTATCAATTTCGTTTAAAAATTATCAAACAgg > 1:41959/1‑205 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |