| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 90,754 | 0 | G | T | 76.8% | 385.1 / 130.2 | 185 | Y125* (TAC→TAA) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (54/88); minor base A (18/25); total (72/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
CTTCATCAAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTAGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGCTCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGGTACTTAGCTTCTAATCTCGCTTCTTTAGCTTTTGCCAATTCTTTGGCGTTTGCTTTAAATGCCTCGTGTTCCGCTTTGCGAAATGCTCTTAAAGTTTTGCAACTTTCATCGTCTAAAATTGCGATCCCTTTAACTGGAGAGGTAAATTCAAAGGCATCATAATACTCGTCTTTTTTGATTGTGGTTCTTCTTTCATTTGTTAAGTTTACTGCATTCTTGATGATATCTTTGCCGCTTACTATTGT > 1/90507‑90999 | cTTCATCAAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGCTCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGTTAc < 1:764865/251‑1 (MQ=255) tcatcaAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGCTCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGTTACtt < 1:547120/251‑1 (MQ=255) gtcaAGCAATTTTTTGGCTTTGTCGCCTGCGCTGGCTTTGTCGTAGTTTTCGGCGTTGCTATAACTGTCCGCTTTAAGATACATTGCTGCGCGTGGATATTTTTCGCATAA‑CTCGTAAATATTTGATTGGGGGAAGTGTGGCATATTTACGCCGTCGTTATACTCGTCCTCCATTGTTTTCTGGAATTGCTCTTGATAGTAAGCGTGCTCGTTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGATACTTAg > 1:440390/2‑251 (MQ=255) tcaAGCAGTTTTTTTGCTTTGTCGCCGGCGCTTGCTTTATCGTAGTTTTCCGCGGTGCTATAACTATCCGCTTTAAGATACATTGCCGCACGTGGGTATTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGCTCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGTTACTTAGc < 1:268665/251‑1 (MQ=255) tcaAGCAATTTTTTGGCTTTGTCGCCTGCGCTGGCTTTGTCGTAGTTTTCGGCGTTGCTATAACTGTCCGCTTTAAGATACATTGCTGCGCGTGGATATTTTTCGCATAA‑CTCGTAAATATTTGATTGGGGGAAGTGTGGCATATTTACGCCGTCGTTATACTCGTCCTCCATTGTTTTCTGGAATTGCTCTTGATAGTAAGCGTGCTCGTTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGATACTTAg < 1:645693/250‑1 (MQ=255) caAGCAATTTTTTGGCTTTGTCGCCTGCGCTGGCTTTGTCGTAGTTTTCGGCGTTGCTATAACTGTCCGCTTTAAGATACATTGCTGCGCGTGGATATTTTTCGCATAA‑CTCGTAAATATTTGATTGGGGGAAGTGTGGCATATTTACGCCGTCGTTATACTCGTCCTCCATTGTTTTCTGGAATTGCTCTTGATAGTAAGCGTGCTCGTTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGATACTTAGCt < 1:689147/251‑1 (MQ=255) cGCCTGCGCTGGCTTTGTCGTAGTTTTCGGCGTTGCTATAACTGTCCGCTTTAAGATACATTGCTGCGCGTGGATATTTTTCGCATAA‑CTCGTAAATATTTGATTGGGGGAAGTGTGGCATATTTACGCCGTCGTTATACTCGTCCTCCATTGTTTTCTGGAATTGCTCTTGATAGTAAGCGTGCTCGTTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGATACTTAGCTTCTAATTCCGCTTCttttgcc < 1:563417/251‑5 (MQ=255) 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aTTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGCTCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGTTACTTAGCTTCTAATCTCGCTTCTTTAGCTTTTGCCAATTCTTTGGCGTTTGCTTTAAATGCCTCGTGTTCCGCTTTGCGAAATGCTCTTAAAGTTTTGCAACtt > 1:164753/1‑251 (MQ=255) aTTTAGCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGCTCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGTTACTTAGCTTCTAATCTCGCTTCTTTAGCTTTTGCCAATTCTTTGGCGTTTGCTTTAAATGCCTCGTGTTCCGCTTTGCGAAATGCTCTTAAAGTTTTGCAACtt > 1:162343/1‑251 (MQ=255) gCAC‑TAAGCTCGTCAATGTCTGATTTTGGTGGGCGTGGCATATTGACGCCGTCGTTATATTCGTCCGCCATTGCGCGATAAAGTTGCTCATGATAATAATCAACTTCGCTGTATGCTTTTTGTAATTCTTTAATGCCTGGTTACTTAGCTTCTAATCTCGCTTCTTTAGCTTTTGCCAATTCTTTGGCGTTTGCTTTAAAt > 1:12524/1‑201 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |