Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ 1 258577–258690 258822–258757 68–246 25 [23] [23] 24 unknown Transposase, IS200 family

AATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑GTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGTTAATTAAGCAATTACTGCT  >  1/258771‑259073
                                                    |                                                                                                                                                                                                                                                           
aaTGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAg                                                      <  1:526958/251‑1 (MQ=17)
        ttcttcTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGAt                                              <  1:159722/251‑1 (MQ=25)
           ttctATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATaaaaccgtacgctatgca                                           <  1:105846/251‑15 (MQ=9)
             ctATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAat                                         <  1:802147/251‑1 (MQ=38)
              tataTTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAatc                                        <  1:458364/251‑1 (MQ=38)
               atatTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTTATTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAatc                                        <  1:819174/251‑1 (MQ=255)
                tatTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTT‑GTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTAT‑AATaaaaaggctgaataaatgttattc                                     <  1:311444/251‑20 (MQ=11)
                tatTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTT‑GTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTAT‑AATaaaaaggctgaataaatgttattc                                     <  1:740269/251‑20 (MQ=11)
                       gggTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCtt                                <  1:153353/250‑1 (MQ=255)
                        ggTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTT‑GTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTAT‑AATaaaaaggctgaataaatg                                           >  1:576858/1‑224 (MQ=2)
                          tGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTAt                            <  1:624551/251‑1 (MQ=255)
                            aaGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTAttt                          <  1:882608/251‑1 (MQ=255)
                                  aTGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGtt                    >  1:318599/1‑251 (MQ=255)
                                  aTGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGtt                    >  1:748456/1‑251 (MQ=255)
                                  aTGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTT‑GTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTAT‑AATaaaaaggctgaataaatg                                           >  1:420563/1‑214 (MQ=255)
                                    gtgATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGttaa                  >  1:65735/1‑251 (MQ=255)
                                      gATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGttaatt                >  1:396766/1‑251 (MQ=255)
                                           ttACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTataaat                                                             <  1:257447/201‑1 (MQ=11)
                                                gTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGTTAATTAAGCAATTa       >  1:379062/1‑250 (MQ=255)
                                                gTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGTTAATTAAGCAATTa       >  1:864593/1‑250 (MQ=255)
                                                gTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGTTAATTAAGCAATTa       >  1:894113/1‑250 (MQ=255)
                                                  tCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAat                                         >  1:321730/1‑214 (MQ=255)
                                                  tCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGTTAATTAAGCAATTACTg    <  1:275681/251‑1 (MQ=255)
                                                    cATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑ATTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGTTAATTAAGCAATTACTGCt  <  1:652798/251‑1 (MQ=255)
                                                    |                                                                                                                                                                                                                                                           
AATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTT‑GTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAATAAAAAAGCCAATGATAAAATCATCGGCTTCTATTTATCGTTAATTAAGCAATTACTGCT  >  1/258771‑259073

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑