| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 490,790 | G→A | intergenic (‑76491/‑35) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 490,790 | 0 | G | A | 100.0% | 269.1 / NA | 76 | intergenic (‑76491/‑35) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑SeC(p)‑TCA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (44/32); total (44/32) | |||||||||||
ATTGGGCGCCGCAATTCAAGCCATGTGGGCAAATAAACAGGGTTCGCTGGCGGAATTATGCCGAGCTTTCGTACAGTTAAATGAAGCGACGCGCACAGCGCCGATAGCGGAAAATGCGGAACAATATCAATCCGTTTACCAACGCTATCGCCAACATTTAAACGCCCAATATTCCGTATAAAATTAATGGATTATTTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGGGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTT > 1/490570‑491035 | aTTGGGCGCCGCAATTCAAGCCATGTGGGCAAATAAACAGGGTTCGCTGGCGGAATTATGCCGAGCTTTCGTACAGTTAAATGAAGCGACGCGCACAGCGCCGATAGCGGAAAATGCGGAACAATATCAATCCGTTTACCAACGCTATCGCCAACATTTAAACGCCCAATATTCCGTATAAAATTAATGGATTATTTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTc > 1:780181/1‑250 (MQ=255) 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cccAATATTCCGTATAAAATTAATGGATTATTTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGCAAGATCGTCGTTTCCGTTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGGTCAACTCCTACGACCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGa > 1:584498/1‑251 (MQ=255) tatTCCGTATAAAATTAATGGATTATTTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATc < 1:31464/251‑1 (MQ=255) ccGTATAAAATTAATGGATTATTTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCt < 1:700695/251‑1 (MQ=255) gTATAAAATTAATGGATTATTTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGa > 1:319168/1‑165 (MQ=255) gTATAAAATTAATGGATTATTTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCtt > 1:684963/1‑250 (MQ=255) aaaTTAATGGATTATTTTTCCGCCTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAattt > 1:531704/1‑178 (MQ=255) ttAATGGATTATTTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAg < 1:753560/251‑1 (MQ=255) gATTATTTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGa > 1:349248/1‑151 (MQ=255) ttattTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCa < 1:585517/251‑1 (MQ=255) attTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCaaa > 1:374331/1‑101 (MQ=255) cACTTGAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGc > 1:404451/1‑249 (MQ=255) gAATCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCa > 1:139282/1‑251 (MQ=255) tCGCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATgg < 1:42914/251‑1 (MQ=255) cGCACGAGCTTTTGCGTTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGt < 1:492526/251‑1 (MQ=255) gCACGAGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGtt > 1:712125/1‑251 (MQ=255) | ATTGGGCGCCGCAATTCAAGCCATGTGGGCAAATAAACAGGGTTCGCTGGCGGAATTATGCCGAGCTTTCGTACAGTTAAATGAAGCGACGCGCACAGCGCCGATAGCGGAAAATGCGGAACAATATCAATCCGTTTACCAACGCTATCGCCAACATTTAAACGCCCAATATTCCGTATAAAATTAATGGATTATTTTTCCGCTTCACTTGAATCGCACGGGCTTTTGCGCTAAAGTTCGCATCAATTTCCAAGAGGAAGATCGTCGTTTCCGGTGAGGCGGCAGGACTTCAAATCCTGTTGAGGCTGCCAGCAGTCTCGGGTAGGTTCAACTCCTACGATCTTCCGCCACTCAATTTTATTTTTAAAAAACACTTCATAAAATGACCGCACTTTTGACCGAAATTGATTGCCGACTATCAGCTTCGGTTGCAGCGTTGTCACCCGATAGAAGCCATCGCATGGTT > 1/490570‑491035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |