| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 2,104,655 | G→A | intergenic (‑570/‑6786) | unknown ← / → unknown | tRNA‑Ser‑TGA/tRNA‑Gly‑GCC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 2,104,655 | 0 | G | A | 98.7% | 263.2 / ‑3.4 | 78 | intergenic (‑570/‑6786) | unknown/unknown | tRNA‑Ser‑TGA/tRNA‑Gly‑GCC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (39/38); minor base T (1/0); total (40/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
CACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAGGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTTACTACAATCTCTTCTT > 1/2104410‑2104897 | cACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAATGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTAt > 1:441179/1‑251 (MQ=255) 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ggATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGccc < 1:127258/249‑1 (MQ=255) gATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCAt > 1:490039/1‑251 (MQ=255) tACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGt < 1:751712/251‑1 (MQ=255) 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ttgattTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGat < 1:122499/251‑1 (MQ=255) tttGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGatcaatc < 1:752578/251‑1 (MQ=255) ttgttgCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACAACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGatcaatca < 1:74241/251‑1 (MQ=255) 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ttCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTtactac < 1:267507/249‑1 (MQ=255) ttCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTtactac < 1:228711/249‑1 (MQ=255) ttCATCAACAGATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTtactac < 1:541334/249‑1 (MQ=255) 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gATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGa < 1:129580/219‑1 (MQ=255) gATAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTTACTACAATCTcttctt > 1:784171/1‑250 (MQ=255) aTAAGAAGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCTATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCAt < 1:445598/207‑1 (MQ=255) | CACTTCAGCTGTCGCTTCCATTGGAGCGGATACCACATTGTTATTTAAGCGTTGTAACGATGCTTGTACTTTTTTCTTAACGGAATCATTTGCCGGTTGGATAATAAATTCCGTTAATGGCTGAACATCATTTTTACTTTTTTCAACAATCATATCCAACGCCGGCATAGTGACAGTGATACTTTGCTCCGGTTCGCCTGCATCAGATTGATTTTGTTGCTCAAGAAGTTCATCAACAGATAAGAGGCTATTTTCTTTTGATTGAACGGACTGCCCCATGTCGATCCACACTTTACCGCTCGCTAATTCCGGTGAAGCCACTGCCGCAAATAATGGCATCGGCGATTTTTCTTGCGTATTGCGACGACGGCGCTGATTATTGACGCGCAAATGACGTGGCAAACGACGTTGACGTGAATTATCGCGCCCTTTATCGACTTCAGCATTATCATCAAGATCAATCACGTCCGTTACTACAATCTCTTCTT > 1/2104410‑2104897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |