| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,633,397 | C→G | intergenic (‑7272/‑66147) | unknown ← / → unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,633,397 | 0 | C | G | 98.9% | 292.3 / NA | 88 | intergenic (‑7272/‑66147) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Ser‑GGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (44/43); total (45/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGCAGGGTCATAGCCAACCTAAACCTTTTCGTTTAACTTAAAAATAATAAGGTGAAATCTTATGGCAATTAAAATTGGTATCAATGGTTTCGGTCGTATCGGCCGTATCGTATTCCGTGCAGCTCAACTTCGTGATGACATTGAAGTAGTAGGTATCAACGACTTAATCGACGTTGAATACATGGCGTATATGTTGAAATACGATTCAACTCACGGTCGGTTCGACGGCACAGTTGAAGTGAAAGACCGCAACTTAGTCGTAAACGGTAAAGCGATTCGCGTAACGGCTGAACGTGAT‑CCGGCAAACTTAAACTGGGGTGCAATCGGTGTTGATGTTGCAGTTGAAGCAACCGGTTTATTCTTAACTGACGAAACTGCCCGTAAACACATCACTGCCGGCGCGAAAAAAGTGGTTTTAACCGGTCCTTCCAAAGACAGCACACCAATGTTCGTACGCGGTGTAAACTTTGATGCTTATAAAGG > 1/1633149‑1633632 | aGGCAGGGTCATAGCCAACCTAAACCTTTTCGTTTAACTTAAAAATAATAAGGTGAAATCTTATGGCAATTAAAATTGGTATCAATGGTTTCGGTCGTATCGGCCGTATCGTATTCCGTGCAGCTCAACTTCGTGATGACATTGAAGTAGTAGGTATCAACGACTTAATCGACGCTGAATACATGGCGTATATGTTGAAATACGATTCAACTCACGGTCGGTTCGACGGCACAGTTGAAGTGAAAGACCg > 1:407907/1‑250 (MQ=255) 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1/1633149‑1633632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |