| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,365,243 | G→A | intergenic (+32721/+236557) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,365,243 | 0 | G | A | 98.2% | 180.6 / NA | 54 | intergenic (+32721/+236557) | unknown/unknown | tRNA‑Met‑CAT/tRNA‑Val‑GAC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (27/26); total (27/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGGGCAAAAACAATAATGTTAAACCGCTAAAAATCAGGGCTATAGCCAACTTATCCAACGAAACGCTCACATTTTCAACCGCACTTTTCTCATCCGAAGGGCGGCTACTATGGAAGAAATGGGCGGGGTGTAAAACCGACGGAAGTGAATATTGGAAACTGAATCACAAAAATAAAATTTTTCATCAAAAAAGCTAATAGATGTGTAAATTTTATTTGATAAATAGGATAAGTTCTGCTATTTATGCGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACATGAATGAGCACCAAGTGCTGCATTTCAAGAAGATCCTTCAAGCCTGGCA > 1/1364996‑1365489 | aTCGGGCAAAAACAATAATGTTAAACCGCTAAAAATCAGGGCTATAGCCAACTTATCCAACGAAACGCTCACATTTTCAACCGCACTTTTCTCATCCGAAGGGCGGCTACTATGGAAGAAATGGGCGGGGTGTAAAACCGACGGAAGTGAATATTGGAAACTGAATCACAAAAATAAAATTTTTCATCAAAAAAGCTAATAGATGTGTAAATTTTATTTGATAAATAGGATAAGTTCTGCTATTTATacgc < 1:849991/251‑1 (MQ=255)aTCGGGCAAAAACAATAATGTTAAACCGCTAAAAATCAGGGCTATAGCCAACTTATCCAACGAAACGCTCACATTTTCAACCGCACTTTTCTCATCCGAAGGGCGGCTACTATGGAAGAAATGGGCGGGGTGTAAAACCGACGGAAGTGAATATTGGAAACTGAATCACAAAAATAAAATTTTTCATCAAAAAAGCTAATAGATGTGTAAATTTTATTTGATAAATAGGATAAGTTCTGCTATTTATacgc < 1:244692/251‑1 (MQ=255) ggCAAAAACAATAATGTTAAACCGCTAAAAATCAGGGCTATAGCCAACTTATCCAACGAAACGCTCACATTTTCAACCGCACTTTTCTCATCCGAAGGGCGGCTACTATGGAAGAAATGGGCGGGGTGTAAAACCGACGGAAGTGAATATTGGAAACTGAATCACAAAAATAAAATTTTTCATCAAAAAAGCTAATAGATGTGTAAATTTTATTTGATAAATAGGATAAGTTCTGCTATTTATACGCCtt > 1:647881/1‑250 (MQ=255) ataatGTTAAACCGCTAAAAATCAGGGCTATAGCCAACTTATCCAACGAAACGCTCACATTTTCAACCGCACTTTTCTCATCCGAAGGGCGGCTACTATGGAAGAAATGGGCGGGGTGTAAAACCGACGGAAGTGAATATTGGAAACTGAATCACAAAAATAAAATTTTTCATCAAAAAAGCTAATAGATGTGTAAATTTTATTTGATAAATAGGATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTggg < 1:357865/251‑1 (MQ=255) 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1:724974/250‑1 (MQ=255) gtgtAAAACCGACGGAAGTGAATATTGGAAACTGAATCACAAAAATAAAATTTTTCATCAAAAAAGCTAATAGATGTGTAAATTTTATTTGATAAATAGGATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACAt > 1:328047/1‑174 (MQ=255) gtgtAAAACCGACGGAAGTGAATATTGGAAACTGAATCACAAAAATAAAATTTTTCATCAAAAAAGCTAATAGATGTGTAAATTTTATTTGATAAATAGGATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAacac < 1:709824/184‑1 (MQ=255) gAAGTGAATATTGGAAACTGAATCACAAAAATAAAATTTTTCATCAAAAAAGCTAATAGATGTGTAAATTTTATTTGATAAATAGGATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCt < 1:622695/185‑1 (MQ=255) gAAGTGAATATTGGAAACTGAATCACAAAAATAAAATTTTTCATCAAAAAAGCTAATAGATGTGTAAATTTTATTTGATAAATAGGATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACaaa > 1:713166/1‑227 (MQ=255) 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tAGGATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGAt > 1:355944/1‑93 (MQ=255) tAGGATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAagaaaagaaa > 1:683178/1‑207 (MQ=255) aGGATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACaaaga > 1:512568/1‑199 (MQ=255) ggATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAg > 1:254575/1‑107 (MQ=255) ggATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACaaa > 1:380304/1‑143 (MQ=255) 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gATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGc > 1:544914/1‑187 (MQ=255) gATAAGTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACATGAATGAGCAc > 1:166548/1‑228 (MQ=255) gTTCTGCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTGTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAAGTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACatg < 1:610195/214‑1 (MQ=255) gCTATTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACaaa < 1:226586/132‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACATGAATGAGCACCAAGTGCTGCAt < 1:87290/227‑1 (MQ=255) aTTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACATGAATGAGCACCAAGTGCTGCATTTCAAGAAGATcc > 1:471958/1‑240 (MQ=255) aTTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACATGAATGAGCACCAAGTGCTGCATTTCAAGAAGATCCTTCAAGCCTgg > 1:106320/1‑251 (MQ=255) aTTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACATGAATGAGCACCAAGTGCTGCATTTCAAGAAGATCCTTCAAGCCTgg > 1:160643/1‑251 (MQ=255) aTTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACATGAATGAGCACCAAGTGCTGCATTTCAAGAAGATCCTTCAAGCCTgg > 1:481026/1‑251 (MQ=255) aTTTATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACATGAATGAGCACCAAGTGCTGCATTTCAAGAAGATCCTTCAAGCCTgg > 1:492588/1‑251 (MQ=255) ttATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTttat > 1:694746/1‑114 (MQ=255) ttATACGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACATGAATGAGCACCAAGTGCTGCATTTCAAGAAGATCCTTCAAGCCTGGCa < 1:34981/251‑1 (MQ=255) | ATCGGGCAAAAACAATAATGTTAAACCGCTAAAAATCAGGGCTATAGCCAACTTATCCAACGAAACGCTCACATTTTCAACCGCACTTTTCTCATCCGAAGGGCGGCTACTATGGAAGAAATGGGCGGGGTGTAAAACCGACGGAAGTGAATATTGGAAACTGAATCACAAAAATAAAATTTTTCATCAAAAAAGCTAATAGATGTGTAAATTTTATTTGATAAATAGGATAAGTTCTGCTATTTATGCGCCTTCAAAATTTGGGTCCGTTTTTTAATAGGTTTACTTTGGTAGTAACAACATTAAGCAACACTGGATTGTGGGGGCTTAGCAGTATGAAATGGATGAATTTTTTATTAGGAGATACAAATGAGTAAAGCGTCTTTGAGTTTATTAGCTTTAGCCGGCGTTGAGCCGTACAAAGAAAAGAAAGGCGAAGAATACATGAATGAGCACCAAGTGCTGCATTTCAAGAAGATCCTTCAAGCCTGGCA > 1/1364996‑1365489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |