| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 983,524 | A→G | intergenic (+33317/+19474) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Leu‑CAG/tRNA‑Lys‑TTT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 983,524 | 0 | A | G | 99.0% | 332.5 / NA | 99 | intergenic (+33317/+19474) | unknown/unknown | tRNA‑Leu‑CAG/tRNA‑Lys‑TTT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (47/51); total (48/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TTTGTAAGGAATCCCCTTGTTTCCATGCCAATTCCTGCCCTTCTTTGGATAACGCCCAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGAGTGACGCCGGATTTGGTGTATTGGGAAACGTTCGGATGTAAGGCTTTTAAAAAATCAAAGGCTTGTTCTGTGCCCCACAATTGTACGAAAGTAGCTAACGCAGTGTAAGCAGTACCTGCGCTTTGCGGATCGGCAATTTGTACTTCACCTTTAAAACGTGGATCCGTTAGGTCTTTCCAGCATTTCGGTATGTCTTTAATACCTAACTTTGCAAGACGTTCGGTGTTCACACCGAAGCCCAAAAT > 1/983277‑983769 | tttGTAAGGAATCCCCTTGTTTCCATGCCAATTCCTGCCCTTCTTTGGATAACGCCCAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGGGTg > 1:572236/1‑251 (MQ=255) gTAAGGAATCCCCTTGTTTCCATGCCAATTCCTGCCCTTCTTTGGATAACGCCCAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGGGTGACg > 1:598245/1‑251 (MQ=255) tAAGGAATCCCCTTGTTTCCATGCCAATTCCTGCCCTTCTTTGGATAACGCCTAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGGGTGACGc < 1:11616/251‑1 (MQ=255) gAATCCCCTTGTTTCCATGCCAATTCCTGCCCTTCTTTGGATAACGCCCAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGGGTGACGCCGGa > 1:278422/1‑251 (MQ=255) cccTTGTTTCCATGCCAATTCCTGCCCTTCTTTGGATAACGCCCAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGGGTGACGCCGGATTTgg > 1:716755/1‑251 (MQ=255) cccTTGTTTCCATGCCAATTCCTGCCCTTCTTTGGATAACGCCCAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGGGTGACGCCGGATTTgg > 1:670994/1‑251 (MQ=255) tGCCAATTCCTGCCCTTCTTTGGATAACGCCCAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGGGTGACGCCGGATTTGGTGTATTGGGaaa < 1:336249/251‑1 (MQ=255) ttCCTGCCCTTCTTTGGATAACGCCCAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGGGTGACGCCGGATTTGGTGTATTGGGAAACGTTCg > 1:736966/1‑251 (MQ=255) tGCCCTTCTTTGGATAACGCCCAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGGGTGACGCCGGATTTGGTGTATTGGGAAACGTTCGGATg < 1:116527/251‑1 (MQ=255) tcttTGGATAACGCCCAATCCACGAACAATTTGGCATTGTCGAGGTTGCGCGCGCCTTTCAAGATGCTCACGCCGCCTAATTCATAACCGGTGCCTTCACACGGAACCACCAATTCCAACGGTGCACCTTGGCGCTTTTCCAGAGCATAATCGTGTAAGAAACCGATTCCTACTGCGGTTTCGCCACGGGCGGCGTTACGGGATGGGGTGACGCCGGATTTGgt < 1:503819/224‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |