| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 777,279 | C→T | intergenic (+42406/+44554) | unknown → / ← unknown | tRNA‑Asn‑GTT/tRNA‑Thr‑GGT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 777,279 | 0 | C | T | 98.9% | 295.1 / ‑4.4 | 89 | intergenic (+42406/+44554) | unknown/unknown | tRNA‑Asn‑GTT/tRNA‑Thr‑GGT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (49/39); total (50/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
GTGGGATATGCGCCAAAAAAGCCTTACTGATATGACACTGACTTACGCCAATCTACTACGTTTACACGCAGGTTTTGACGAAACGCAAGAAGACGGGTCAATAGAACATATCGATTTTGCGCAACACGCGCGGTTATGCGTTCAATCCGGCATTGCTCACCAAACTACCGCCGATAAACTCAATATTTATTTAATGGCGTGCGAATCCGGTAAAACAAAAAGTAGTATCGATTCAACTTTTACCAGTCCGTTAACCATTTTTCAAAATGAAATTGTTGAACATGCGACTTCTGCCAGTGATTTTGATTTACGCGCCTTGCGCCGGGAAAAAATCACGATTTATTTCCACATTTCAGCAAATGATTTAATCCTGGCTCCGCAAGTCGCTAATCTGTTTATGAGCATGGTTATTGCCAACAATATTGACGAACTACCGGAAACCAACCCGGCATTAAAATATCAGTTATTACTACTCATGGATGAATT > 1/777037‑777522 | gtgGGATATGCGCCAAAAAAGCCTTACCGATATGATACTGACCTATGCCAATCTATTACGCTTACATGCCGGTTTTGATGAAACTCAAGAAGACGGTTCGATAGAACATATCGATTTTGCACAACATGCGCGCTTATGCGTTCAATCCGGCATTGCTCACCAGACTACTGCCGATAAACTCAATATTTATTTAATGGCGTGTGAATCCGGTAAACCAAAAAGCAGTATCGATTCAACCTTTATCAGTCCGt > 1:518286/1‑251 (MQ=255)gtgGGATATGCGCCAAAAAAGCCTTACCGATATGATACTGACCTATGCCAATCTATTACGCTTACATGCCGGTTTTGATGAAACTCAAGAAGACGGTTCGATAGAACATATCGATTTTGCACAACATGCGCGCTTATGCGTTCAATCCGGCATTGCTCACCAGACTACTACCGATAAACTCAATATTTATTTAATGGCGTGTGAATCCGGTAAAACAAAAAGCAGTATCGATTCAACCTTTATCAGTCCGt > 1:438555/1‑251 (MQ=255) atatGCGCCAAAAAAGCCTTACCGATATGATACTGACCTATGCCAATCTATTACGCTTACATGCCGGTTTTGATGAAACTCAAGAAGACGGTTCGATAGAACATATCGATTTTGCACAACATGCGCGCTTATGCGTTCAATCCGGCATTGCTCACCAGACTACTGCCGATAAACTCAATATTTATTTAATGGCGTGTGAATCCGGTAAAACAAAAAGCAGTATCGATTCAACCTTTATCAGTCCGTTAAc < 1:95731/250‑1 (MQ=255) accgATATGATACTGACCTATGCCAATCTATTACGCTTACATGCCGGTTTTGATGAAACTCAAGAAGACGGTTCGATAGAACATATCGATTTTGCACAACATGCGCGCTTATGCGTTCAATCCGGCATTGCTCACCAGACTACTGCCGATAAACTCAATATTTATTTAATGGCGTGTGAATCCGGTAAAACAAAAAGCAGTATCGATTCAACCTTTATCAGTCCGTTAACCATTTTTCAAAATGAAAttgt > 1:365137/4‑251 (MQ=255) 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atacTGACCTATGCCAATCTATTACGCTTACATGCCGGTTTTGATGAAACTCAAGAAGACGGTTCGATAGAACATATCGATTTTGCACAACATGCGCGCTTATGCGTTCAATCCGGCATTGCTCACCAGACTACTGCCGATAAACTCAATATTTATTTAATGGCGTGTGAATCCGGTAAAACAAAAAGCAGTATCGATTCAACCTTTATCAGTCCGTTAACCATTTTTCAAAATGAAATTGTTGAATATg > 1:223346/3‑250 (MQ=255) atacTGACCTATGCCAATCTATTACGCTTACATGCCGGTTTTGATGAAACTCAAGAAGACGGTTCGATAGAACATATCGATTTTGCACAACATGCGCGCTTATGCGTTCAATCCGGCATTGCTCACCAGACTACTGCCGATAAACTCAATATTTATTTAATGGCGTGTGAATCCGGTAAAACAAAAAGCAGTATCGATTCAACCTTTATCAGTCCGTTAACCATTTTTCAAAATGAAATTGTTGAATATg > 1:894784/3‑250 (MQ=255) tgacctatgCCAATCTATTACGCTTACATGCCGGTTTTGATGAAACTCAAGAAGACGGTTCGATAGAACATATCGATTTTGCACAACATGCGCGCTTATGCGTTCAATCCGGCATTGCTCACCAGACTACTGCCGATAAACTCAATATTTATTTAATGGCGTGTGAATCCGGTAAAACAAAAAGCAGTATCGATTCAACCTTTATCAGTCCGTTAACCATTTTTCAAAATGAAATTGTTGAATATGCGACt < 1:737168/243‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |